utils.c

#include "utils.h"


/* La fonction extract_sequence a pour but de copier les données d'un fichier
et de les mettres dans une chaine de caractère. Ici on fait en sorte de
selectionner uniquement les données du fichier qui nous interressent. En entrée,
nous avons le nom du fichier à lire ainsi qu'une séquence initialisée à la taille
du fichier. En sortie, on récupère une séquence de lettres sans retour chariot. */


void extract_sequence(const char* path_input, char* sequence) {

    char buffer[SIZE_MAX]; // Variable tampon pour accueillir le fichier brut temporairement
    int i = 0;

    FILE* fichier = fopen(path_input,"r");
    if (! fichier ) {
      printf ( " L'ouverture a échoué\n Veuillez spécifier un chemin d'accès valide pour le fichier\n" ) ;
      exit ( EXIT_FAILURE ) ;
    }

    // Tant que le caractère EOF n'est pas atteint, on déplace le curseur fgetc le long du fichier
    // Le contenu du fichier est versé dans buffer[]

    while (! feof(fichier)) {
        int currentChar = fgetc(fichier);
        buffer[i] = currentChar;
        i++;
    }

    fclose(fichier);


  /*  ______________________________________

    Seconde partie du code, on traite le buffer
    en fonction de la nature du fichier d'origine.
    ______________________________________*/



    // DANS LE CAS OU FORMAT FASTA

    // Si le fichier est au format fasta, on retire la première ligne
    // On ne traite pas le cas d'un fichier MultiFasta

    if (buffer[0] == '>') {

      // Tant que le premier retour à la ligne n'est pas atteint, on incrémente i depuis 0

      i = 0;
      do {
        i++;
      } while ( buffer[i] != '\n');


      i += 1;       // i prend désormais la valeur de la position du caractère
                    // apparaissant juste après le premier retour chariot



      int k, n = 0; // Variables de comptage


      // On parcourt buffer[] à l'aide de k, on ajoute son contenu
      // dans sequence si celui ci est différent d'un retour à la ligne


      for ( k = i ; k < strlen(buffer); k++) {

        if (buffer[k] != '\n') { // On ne conserve pas les retours chartiot

          sequence[n] = buffer[k];
          n++;

        }
      }
    }



    // DANS LE CAS OU NON FORMAT FASTA

    // Si le fichier n'est pas au format fasta
    // On transfère buffer[] dans sequence[] sans
		// sauter la première ligne

    else {

      int k, n = 0; // Variables de comptage

      for ( k = 0; k < strlen(buffer); k++) {

        if (buffer[k] != '\n') { // On ne conserve pas les retours chartiot

          sequence[n] = buffer[k];
					n++;

        }
      }
    }

    //Pour une raison inconnue, la lecture de fichier implique
    //que la chaine buffer[] se termine toujours par un caractère
    //spécial, on le supprime donc en le remplaçant par \0

    sequence[strlen(sequence)-1] = '\0';

}


/* La fonction taille nous permet de determiner la taille du fichier que
l'utilisateur a choisi. Cela nous permet d'initiliser des chaines de caractère
en connaissant la vraie taille des fichiers et non une taille approximative.
Cette fonction est importante car elle est présente dans tous les modules.
En entrée, nous avons le nom fichier qui sera lu et une variable taille.
La variable taille est modifiée hors de la procédure par un passage par pointeur*/

void taille(const char* path_input, int* taille_fasta) {

    FILE* openfile= fopen(path_input, "r");

    while(fgetc(openfile) != EOF)
      (*taille_fasta)++;

    fclose(openfile);
}

/* La fonction save_sequence permet a l'utilisateur de sauvegarder dans un
nouveau fichier les éléments d'une chaine de caratère*/

void save_sequence(const char* path_output, char* sequence) {

    int i;
    FILE* fichier = fopen(path_output,"w");


    // Verification de la bonne ouverture du fichier
    if (! fichier) {

        printf("L'ouverture du fichier a échoué. \n");
        exit(EXIT_FAILURE);
    }


    // Bloc de code où on inscrit dans le fichier la séquence entrée dans la
    // procédure. Retour à la ligne dès que 80 caractères sont ajoutés.

    int k = 0;  // k sert de compteur réinitialisable pour le nombre de caractère ajouté.


    for ( i = 0; i < strlen(sequence); i++) {
        if (k == 80) {

            fputc('\n',fichier);
            k = 0;  // k est réinitialisé à 0 après un retour à la ligne
        }

        fputc(sequence[i],fichier);
        k++;

    }
}

/* La fonction get_path_user permet a l'utilisateur de stocker le nom du fichier
qu'il veut lire dans un module et de verifier que ce fichier est réellement
accessible */

void get_path_user(char* path_input) {


		printf("Entrez ici votre chemin d'accès au fichier FASTA \n");
		printf("Si le fichier à lire n'est pas dans le répertoire courant,\n");
		printf("veuillez utiliser le chemin absolu vers le fichier\n");

  	scanf("%s",path_input);

  	FILE* fichier = fopen(path_input,"r");
  	if ( !fichier ) {

  		printf("\nLe chemin spécifié ne permet pas l'ouverture du fichier\n");
  		printf("Le programme va maintenant se fermer \n");
  }
}