Note-DragonStar-Lecture-19.md

目录

2019年龙星计划学习笔记

• Day-1
  • 1. Data-format & Variant-call
    • 1.1. 不同文件格式采用的坐标系统
    • 1.2. Coverage的两个含义
    • 1.3. 测序量与覆盖率的关系：泊松分布建模
    • 1.4. Variant calling的基本思路
  • 2. Genetic technology
    • 2.1. 基因组变异与影响
    • 2.2. 测序技术
      • 2.2.1. 华大测序仪及其测序原理
      • 2.2.2. SMRT测序
• Day-2
  • 1. Alignment
    • 1.1. Blast
    • 1.2. BWT
    • 1.3. Minimap2
  • 2. Genome Assembly
    • 2.1. 拼接算法
      • 2.1.1. OLC
      • 2.1.2. de Bruijn Graph
    • 2.2. Lander-Waterman statistcs：建模测序覆盖率和gaps数

2019年龙星计划学习笔记

Day-1 ^目录

1. Data-format & Variant-call ^目录

1.1. 不同文件格式采用的坐标系统 ^目录

1.2. Coverage的两个含义 ^目录

1.3. 测序量与覆盖率的关系：泊松分布建模 ^目录

1.4. Variant calling的基本思路 ^目录

2. Genetic technology ^目录

2.1. 基因组变异与影响 ^目录

2.2. 测序技术 ^目录

2.2.1. 华大测序仪及其测序原理 ^目录

2.2.2. SMRT测序 ^目录

Day-2 ^目录

1. Alignment ^目录

1.1. Blast ^目录

1.2. BWT ^目录

1.3. Minimap2 ^目录

2. Genome Assembly ^目录

2.1. 拼接算法 ^目录

2.1.1. OLC ^目录

2.1.2. de Bruijn Graph ^目录

2.2. Lander-Waterman statistcs：建模测序覆盖率和gaps数 ^目录

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参考资料：

2019-DragonStar Bioinformatics ppt