Finding low-energy conformations of lattice protein models by quantum annealing

[minatoyuichiro]

一言でいうと

量子アニーリングマシンを使ってイジングモデルに落とし込んだタンパク質折りたたみ問題を解いた。

論文リンク

https://www.nature.com/articles/srep00571

著者/所属機関

Alejandro Perdomo-Ortiz1
, Neil Dickson2
, Marshall Drew-Brook2
, Geordie Rose2 & Ala´n Aspuru-Guzik1
1
Department of Chemistry and Chemical Biology, Harvard University, 12 Oxford Street, Cambridge, MA 02138, USA, 2
D-Wave
Systems, Inc., 100-4401 Still Creek Drive, Burnaby, British Columbia V5C 6G9, Canada.

投稿日付(yyyy/MM/dd)

2012/5/10

概要

タンパク質折りたたみ問題のMJモデルをイジングモデルで回転を表現してハミルトニアンを構成し、安定基底状態の構造を探索するという試み。イジングマシンの実機を使って行なっており、ハミルトニアンも実機に合わせて構造を工夫している。

新規性・差分

イジングモデルで無理やり解いているのがすごい。多体問題の２体問題への分解を真正面から取り掛かっている。

手法

回転を00,01,10,11という４種類をバイナリ値で表現し、その組合せ最適化問題で実装している。

結果

多体問題の実装により正解率は大幅に減ってはいるが、イジングマシンで解けている。

コメント

真正面から難題に向かって結果を出しているのが正直すごい。