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초음파 이미지 추론 모델 기능 구현 #236

Closed
6 tasks done
BEOKS opened this issue Mar 30, 2022 · 0 comments · Fixed by #241
Closed
6 tasks done

초음파 이미지 추론 모델 기능 구현 #236

BEOKS opened this issue Mar 30, 2022 · 0 comments · Fixed by #241
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@BEOKS

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BEOKS commented Mar 30, 2022 •
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Epic : #232
Tasks

  • 추론 모델 서비스 인터페이스 정의
  • 파일 업로드/다운로드 API 생성하기 #239
  • 서버에 cuda toolkit 및 드라이버 세팅하기
  • 추론 모델 테스트를 통한 입출력 포맷 확인
  • 모델 추론 서버를 구현
  • 모델 추론 서버의 API와 인터페이스 정의를 이용해서 추론 모델 서비스 구현
@BEOKS BEOKS self-assigned this Mar 30, 2022
BEOKS added a commit that referenced this issue Mar 30, 2022
@BEOKS
Feat : DicomInferenceMLService Interface(#232/#236)
bf8163e
@LDEV4966 LDEV4966 mentioned this issue Apr 1, 2022
Merged
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 2, 2022
@BEOKS
Feat : DicomInferenceMLService Interface(#232/#236)
275ba50
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Feat : FormatChooseDialog(#236)
0b35bab 
업로드를 하기 전에 Dicom으로 할지 파일로 할 지 결정하는
FormatChooseDialog 코드를 추가하였습니다. 선택지에 따라
DicomUploadDialog.js와 FileUploadDialog.tsx 중 하나를
적절히 고르도록 적용할 예정입니다.
@BEOKS BEOKS linked a pull request Apr 5, 2022 that will close this issue
Feat : FormatChooseDialog(#236) #241
Merged
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Feat : FileUploadDialog.tsx(#236)
ca6a499 
파일 업로드를 하기 위한 Dialog의 기초 뷰를 생성하였습니다.
아직 FileUploadBox 부분이 미완성이며 곧 완성 예정입니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Fix : Change Snackbar info handler to redux method(#236)
8bff758 
이제 스낵바에 정보를 표시할때는 Redux를 사용합니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Fix : ImageFileUploadBox.tsx view create(#236)
56d7d2d 
ImageFileUploadBox의 뷰를 완성했습니다.
이제 이미지 파일을 업로드할 수 있습니다.
그러나 아직 업로드 기능과 업로그 가능 여부 파악 기능은
추가되지 않았습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Fix : ImageFileUploadBox.tsx view create(#236)
5fc0cd7 
이제 ImageFileUploadBox에선 로컬 파일에서 데이터를 가져올때,
스낵바로 로딩 상태를 알려줍니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 5, 2022
@BEOKS
Feat : csv upload feature in UploadFiles.ts (#236)
a9150e4 
csv 데이터를 업로드하는 기능을 일부 구현
현재 서버에서 Bson 에러를 출력하여 트러블 슈팅이 필요하다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Faet : add sample file and malgnancy classification model(#236)
a506382 
머신러닝 추론을 위한 모델 정보와
테스트를 위한 샘플 파일을 추가했습니다.
민감한 정보이므로 함부로 유출하지 않도록 합니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Feat : Temporary diable dicom dialog(#236)
7caca99 
임시적으로 Dicom을 업로드하는 다이얼로그를
비활성화하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Feat : Tooltip for tablecell(#236)
9a3fdd6 
이제 장문의 문장의 경우 테이블에서는
요약되어 출력되고 해당 셀에 커서를 올리면
전체내용을 볼 수 있도록 조정하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Fix : Tooptip Messege(#236)
086150a 
툴팁에서 메시지를 출력할 때
줄바꿈을 무시하는 버그를 수정
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Feat : csv file uploader attribute checking(#236)
b5734e5 
이제 csv 데이터를 업로드 할 때, ananoymized_id와 image_name 속성 여부를 파악,
속성이 존재하지 않으면 업로드를 제한합니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Fix : 참가자 정보 출력을 수정(#236)
89fbe3a
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 7, 2022
@BEOKS
Merge pull request #241 from BEOKS/DSM-236
727cec8 
Feat : FormatChooseDialog(#236)
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 8, 2022
@BEOKS
Feat : Upload image files api (#236)
31f0e3a 
이미지를 업로드하는 API를 호출기능을 추가하였습니다.
그러나 현재 서버가 제대로 동작하지 않아 추후 테스트가 필요합니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 8, 2022
@BEOKS
Fix : 이미지 저장소 영속성 문제(#236)
7ee2268 
저장소 서비스를 제공할 때, 컨테이너에
볼륨을 설정하지 않아서 컨테이너가 재실행될 경우
저장소 데이터가 모두 삭제되었었다. 이를 막기 위해
볼륨으로 호스트에 데이터가 저장되도록 하여 컨테이너
재실행 후에도 데이터를 유지하도록 하였다.

이 과정에서 볼륨 디렉토리 접근권한 이슈로 인해
스프링 컨테이너의 유저권한을 수정하였다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 9, 2022
@BEOKS
Fix : 헤더에 요약 정보 출력(#236)
17721d3 
헤더가 너무 길 경우, 아래로 일자 출력이 되는 현상이 발생,
이를 방지하기 위해 너무 긴 헤더의 경우 SummarizeComponent를
이용하여 요약 출력
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 9, 2022
@BEOKS
Fix : 스낵바 진행률 출력 버그 수정(#236)
7f065af
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 11, 2022
@BEOKS
Feat : Append Collapse for row (#236)
4acdd86 
1. DicomTable.js
이제 DicomRow component가 뷰에서 호출될때,
해당 프로젝트에 저장된 파일들 리스트를 로딩합니다.

2. DicomRow.js
이제 Collapse를 누르면 ML에 사용된 이미지와
결과 Component를 확인할 수 있습니다. 현재는 미완성으로
추후 완성예정입니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Fix : Malignancy Model(#236)
a0e66a6 
Malignancy 모델 추론을 진행할 때,
에러가 발생하는 부분을 보완하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Fix : change model and post process(#236)
a9da539
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Feat : MLResultTable (#236)
3994b46
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Feat : graph with button group(#236)
3a7562e 
버튼을 통해서 통계 컴포넌트를 호출할 수 있습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Fix : 표현할 데이터 결정 및 정렬기능 추가(#236)
190f260 
임상시험 데이터에 맞추어 통계 자료에 표현할 데이터를 결정,
나이 데이터에 대해서는 정렬기능을 추가하였음.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Fix : 이미지 데이터 표현(#236)
e744f7b 
axios로 데이터를 가져와서 이미지를 표시할 때
발생하는 에러를 수정하였습니다. 또한, 이미지의 크기를
80%로 설정하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Feat : cam result case(#236)
e202bbe 
cam결과가 없는 경우 세부 내용을
출력해주는 뷰를 추가하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Feat : disable dicom download(#236)
bb95bd3 
이미지 데이터 처리를 위해서 일시적으로
Dicom 다운로드 기능을 비활성화 하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Fix : image uploader(#236)
e886933 
이제 이미지를 업로드 할 때,
반드시 메타데이터를 업로드 하지 않아도 됩니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 12, 2022
@BEOKS
Feat : add crop function for inference(#236)
53ac43c 
이미지 추론을 진행할 때, 이미지 데이터의 초음파 부분은
crop하도록하는 전처리 기능을 추가하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 13, 2022
@BEOKS
Feat : BasicMalignancyServerMessenger(#236)
87e4f8f
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 13, 2022
@BEOKS
Feat : http request and parse to json(#236)
acdf1e2
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 14, 2022
@BEOKS
Feat : ML request API success in spring environment(#236)
9e40dbd 
스프링 환경에서 Torchserve에 메시지를 요청하고 이를
받아서 처리하는 코드를 성공적으로 작성하였습니다.
이제 넘겨받은 데이터를 처리하여 저장하는 작업이 남아있습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 14, 2022
@BEOKS
Feat : 머신러닝 추론 API 안정화 및 추론 결과 UI 개선(#236)
7a18bac 
머신러닝 추론을 진행할 때, 파일이 없는 경우 에러핸들링이
잘못된 것을 수정하였습니다.

추론 결과를 뷰에서 보여줄 때, Malignancy 정보를 함께 보여주며
이미지 결과가 안정적으로 출력되도록 하였습니다.
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 25, 2022
@BEOKS
Update : no image result message(#236)
ab90c24
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 25, 2022
@BEOKS
Update : malignancy model preprocess and postprocess(#236)
6971a37 
동아대 데이터에서 우측 하단에 워터마크 이미지가 존재하는 경우를 최소화하고
히트맵의 표현력을 향상시키기 위한 코드를 적용
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 25, 2022
@BEOKS
Update : set margin between logout button and logo(#236)
6d2905c
BEOKS added a commit that referenced this issue Apr 26, 2022
@BEOKS
Update : revise ML Result Message(#236)
48745c9
@BEOKS BEOKS closed this as completed May 2, 2022
BEOKS added a commit that referenced this issue May 10, 2022
@BEOKS
Feat : 에러가 발생했을 때는 스낵바를 닫도록 수정(#236)
f5fe002
BEOKS added a commit that referenced this issue May 10, 2022
@BEOKS
Feat : 메타데이터 변경 영속성 유지(#236)
f3a7896
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Feat : FormatChooseDialog(#236) BEOKS/Web-DICOM-Management
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