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//This program arrange number of new accessible phenotypes and the number of mutations leading to them. This allows perform spearman's correlation on them.
// g++ -Wall Spearmyphenotype.cc libs/horse.o libs/linear.o libs/finder.o -lgsl -lgslcblas -lm
// ./a.out /outs 1 dup
// ./a.out /outs 2 c1
// ./a.out /outs 3 c2
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <ctime>
#include <cmath>
#include <cstdlib>
#include <iomanip>
#include <stdlib.h>
#include <string>
#include <time.h>
#include <gsl/gsl_rng.h>
#include <gsl/gsl_randist.h>
#include "libs/horse.h"
#include "libs/finder.h"
using std::cout;
using std::cin;
using std::endl;
using std::setprecision;
using std::fixed;
using std::setw;
using std::ofstream;
using std::ifstream;
using std::ios;
using std::string;
int main(int argc, char **argv)
{
system("date");
time_t rawtime;
time ( &rawtime );
string arch1 = argv[1];//Ruta
string arch2 = argv[2];//1, 2 ó 3 (dup, c1 ó c2)
string arch3 = argv[3];//dup, c1 ó c2
int muestra = 1000;
int mut = 432;
int Nf = 12;
int Ns = 6;
int cuenta1, cuenta2, per_antes, per_despues, evento, cuentavector, cuentavector2, cuentavector3, sum1, sum2;
string basura;
Horse hor;
Finder find;
ifstream fi;
ofstream fo;
double dist;
int hils_spear, hils_fn_antes;
int **Fn_antes, *Per_antes, **Fn_despues, *Per_despues, **Mat_spear, **Mat_numuts_antes, **Mat_numuts_desp, **Mat_fn_desp, **Mat_conserv, **nuevoantes, **nuevodespues, *Vec_numuts_antes, *Vec_numuts_desp, *Vec_fn_antes;
bool *boolean_antes, *boolean_desp, *listademuestras;
hor.espacio(Mat_conserv, muestra, Nf);
hor.espacio(Vec_fn_antes, muestra);
hor.espacio(Mat_fn_desp, muestra, Nf);
hor.espacio(Mat_numuts_antes, mut, muestra);
hor.espacio(Mat_numuts_desp, mut, Nf);
hor.espacio(listademuestras, muestra);
hor.fillv0(listademuestras, muestra);
int *eventos, **mat_di;
hor.espacio(eventos, muestra);
hor.espacio(mat_di, muestra, Nf);
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/eventos_"+ arch3 +".txt");
for(int i = 0; i < muestra; i++){
fi >> eventos[i];
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/"+ arch3 +"pasosdi.txt");
for(int i = 0; i < muestra; i++){
for(int j = 0; j < Nf; j++){
fi >> mat_di[i][j];
}
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/acces"+ arch3 +".txt");
for(int j = 0; j < muestra; j++){
for(int k = 0; k < Nf; k++){
fi >> Mat_fn_desp[j][k];
}
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/accesesp.txt");
for(int j = 0; j < muestra; j++){
fi >> Vec_fn_antes[j];
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/valordek/valordek_esp.txt");
for(int k = 0; k < mut; k++){
for(int j = 0; j < muestra; j++){
fi >> Mat_numuts_antes[k][j];
}
}
fi.close();
for(int i = 0; i < muestra; i++){
cout << "muestra: " << i << endl;
if(mat_di[i][eventos[i]] != 0){
cout << "muestra: " << i << " evento: " << eventos[i] << endl;
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/fn_" + hor.inttostring(i) + ".txt");
cuenta1 = 0;
while(fi >> basura)
cuenta1++;
fi.close();
hils_fn_antes = cuenta1/Ns;
hor.espacio(Fn_antes, hils_fn_antes, Ns);
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/fn_" + hor.inttostring(i) + ".txt");
for(int j = 0; j < cuenta1/Ns; j++){
for(int k = 0; k < Ns; k++){
fi >> Fn_antes[j][k];
}
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/Per_" + hor.inttostring(i) + ".txt");
per_antes = 0;
while(fi >> basura)
per_antes++;
fi.close();
hor.espacio(boolean_antes, per_antes);
hor.fillv0(boolean_antes, per_antes);
hor.espacio(Per_antes, per_antes);
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/Per_" + hor.inttostring(i) + ".txt");
for(int j = 0; j < per_antes; j++){
fi >> Per_antes[j];
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/valordek/valordek_"+ arch3 +"_" + hor.inttostring(i) + "de1000.txt");
for(int k = 0; k < mut; k++){
for(int j = 0; j < Nf; j++){
fi >> Mat_numuts_desp[k][j];
}
}
fi.close();
hor.espacio(Vec_numuts_antes, per_antes);
cuentavector = 0;
for(int k = 0; k < mut; k++){
if(Mat_numuts_antes[k][i] != 0){
Vec_numuts_antes[cuentavector] = Mat_numuts_antes[k][i];
cuentavector++;
}
}
evento = eventos[i];
if(Mat_fn_desp[i][evento] != 0){//Comprueva que sí haya fenotipos nuevos generados después
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/dist/dist_fn_esp_"+ arch3 +".txt");
for(int i = 0; i < muestra; i++){
for(int j = 0; j < Nf; j++){
fi >> Mat_conserv[i][j];
}
}
fi.close();
hils_spear = Vec_fn_antes[i] + Mat_fn_desp[i][evento] - Mat_conserv[i][evento];
hor.open_ofstream(fo, ""+ arch1 +"/acces/dist/speardata/"+ arch3 +"/fns_evento_"+ arch3 +".txt");
fo << Vec_fn_antes[i] << " " << Mat_fn_desp[i][evento] << " " << Mat_conserv[i][evento] << " " << hils_spear << endl;
fo.close();
hor.espacio(Mat_spear, hils_spear, 2);
hor.fillm0(Mat_spear, hils_spear, 2);
hor.espacio(Vec_numuts_desp, Mat_fn_desp[i][evento]);
for(int hils = 0; hils < Mat_fn_desp[i][evento]; hils++){
if(Mat_numuts_desp[hils][evento] != 0){Vec_numuts_desp[hils] = Mat_numuts_desp[hils][evento];}
}
cuenta2 = 0;
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/fn_" + hor.inttostring(i) + "_"+ arch2 +"_" + hor.inttostring(evento) + ".txt");
while(fi >> basura)
cuenta2++;
fi.close();
hor.espacio(Fn_despues, cuenta2/Ns, Ns);
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/fn_" + hor.inttostring(i) + "_"+ arch2 +"_" + hor.inttostring(evento) + ".txt");
for(int j = 0; j < cuenta2/Ns; j++){
for(int k = 0; k < Ns; k++){
fi >> Fn_despues[j][k];
}
}
fi.close();
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/Per_" + hor.inttostring(i) + "_"+ arch2 +"_" + hor.inttostring(evento) + ".txt");
per_despues = 0;
while(fi >> basura)
per_despues++;
fi.close();
hor.espacio(Per_despues, per_despues);
hor.open_ifstream(fi, ""+ arch1 +"/acces/fn_norepetido/Per_" + hor.inttostring(i) + "_"+ arch2 +"_" + hor.inttostring(evento) + ".txt");
for(int j = 0; j < per_despues; j++){
fi >> Per_despues[j];
}
fi.close();
hor.espacio(boolean_desp, per_despues);
hor.fillv0(boolean_desp, per_despues);
cuentavector = 0;
for(int k = 0; k < mut; k++){
if(Mat_numuts_desp[k][evento] != 0){
Vec_numuts_desp[cuentavector] = Mat_numuts_desp[k][evento];
cuentavector++;
}
}
//////////////////////////Conservados//////////////////////////////////////////////
sum1 = 0;
cuentavector = 0; //Para ver cuántos fns antes y después son parecidos
for(int m = 0; m < per_antes; m++){ //Para todos los fns del espécimen i en curso
cout << "4" << endl;
hor.espacio(nuevoantes, Per_antes[m], Ns);
for(int j = 0; j < Per_antes[m]; j++){ //Llenar vector de fn antes
for(int k = 0; k < Ns; k++){
nuevoantes[j][k] = Fn_antes[j + sum1][k];
}
}
sum2 = 0;
for(int n = 0; n < per_despues; n++){ //Llenar vector de fn después
if(boolean_desp[n] != true){//Para no volver a comparar a los que ya se les encontró igual
hor.espacio(nuevodespues, Per_despues[n], Ns);
for(int o = 0; o < Per_despues[n]; o++){
for(int q = 0; q < Ns; q++){
nuevodespues[o][q] = Fn_despues[o + sum2][q];
}
}
// cout << "1.5" << endl;
dist = find.distfenotipica(nuevoantes, Per_antes[m], nuevodespues, Per_despues[n], Ns);
if(dist == 0){//Si encontramos un fenotipo igual antes y después
boolean_antes[m] = true;
boolean_desp[n] = true;
Mat_spear[cuentavector][0] = Vec_numuts_antes[m];
Mat_spear[cuentavector][1] = Vec_numuts_desp[n];
listademuestras[i] = true;
hor.open_ofstream(fo, ""+ arch1 +"/acces/dist/speardata/Cons/"+ arch3 +"/mat_spear_"+ arch3 +"_"+ hor.inttostring(i) +"_cons.txt");
fo << Mat_spear[cuentavector][0] << " " << Mat_spear[cuentavector][1] << endl;
fo.close();
cuentavector++;
hor.borrar(nuevodespues, Per_despues[n]);//Para que borre el espacio antes de romper el ciclo
break;
}
hor.borrar(nuevodespues, Per_despues[n]);
}
sum2 += Per_despues[n];
}
sum1 += Per_antes[m];
hor.borrar(nuevoantes, Per_antes[m]);
}
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////7
hor.borrar(Fn_despues, cuenta2/Ns);
hor.borrar(Per_despues);
////////////////////////////Llenar el resto de la matriz/////////////////////////////////////////////
cuentavector2 = 0;
for(int hils = 0; hils < per_antes; hils++){
if(boolean_antes[hils] != true){//Llenamos con #mut por fnuevo antes y con ceros después
Mat_spear[cuentavector + cuentavector2][0] = Vec_numuts_antes[hils];
Mat_spear[cuentavector + cuentavector2][1] = 0;
cuentavector2++;
}
}
cuentavector3 = 0;
for(int hils = 0; hils < per_despues; hils++){
if(boolean_desp[hils] == false){//Llenamos con 0 por fnuevo antes y con #mut después
Mat_spear[cuentavector + cuentavector2 + cuentavector3][0] = 0;
Mat_spear[cuentavector + cuentavector2 + cuentavector3][1] = Vec_numuts_desp[hils];
cuentavector3++;
}
}
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//Sacamos matriz para después comparar con spearman
hor.open_ofstream(fo, ""+ arch1 +"/acces/dist/speardata/"+ arch3 +"/mat_spear_"+ arch3 +"_"+ hor.inttostring(i) +".txt");
for(int hils = 0; hils < hils_spear; hils++){
fo << Mat_spear[hils][0] << " " << Mat_spear[hils][1] << endl;
}
fo.close();
hor.borrar(Mat_spear, hils_spear);
hor.borrar(Vec_numuts_desp);
hor.borrar(boolean_desp);
}
else{cout << "No hay fenotipos nuevo qué comparar... muestra " << i << " evento " << evento << endl;}
hor.borrar(Per_antes);
hor.borrar(Fn_antes, hils_fn_antes);
hor.borrar(boolean_antes);
hor.borrar(Vec_numuts_antes);
}
}
hor.open_ofstream(fo, ""+ arch1 +"/acces/dist/speardata/Cons/"+ arch3 +"/cons_"+ arch3 +".txt");
for(int i = 0; i < muestra; i++){
if(listademuestras[i] == true){fo << i << endl;}
}
fo.close();
hor.borrar(Vec_fn_antes);
hor.borrar(Mat_fn_desp, muestra);
hor.borrar(Mat_conserv, muestra);
hor.borrar(Mat_numuts_antes, mut);
hor.borrar(Mat_numuts_desp, mut);
cout << "Inicio: " << ctime (&rawtime) << endl;
system("date");
return 0;
}