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附件2-常见问题
(1)如何下载画图结果?在图谱的最下方,鼠标放在蓝色字”here”上,单击鼠标右键,选“另存为”,即可将结果保存到本地电脑。
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(2)哪些浏览器支持SVG?Google chrome或FireFox均支持。
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(3)画图时,如果部分染色体没有显示,该如何调整?SVG container的参数预先设定了整个基因图谱画板的最大尺寸,若染色体数量过多,部分染色体会因出现在画板边界之外,而无法显示。此时,适当增加SVG container的height和width即可。
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(4)画图时,如果某些染色体仅显示一部分,该如何解决?single chromosome container预定义了单个染色体画板的最大尺寸,而chromosome则预先定义了单个染色体的最大尺寸,若chromosome的尺寸超出了其画板,染色体就无法完整显示。此时可通过减少chromosome的尺寸或增加single chromosome container的尺寸来解决。
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(5)基因位置线默认是标记在基因中间,是否可以同时展示基因的起止位置?type of gene lines 是关于基因位置线显示类型的参数,可设为1或2,其中1代表标注在基因起止位置的正中间;2代表同时标注基因的起止位置。默认值为1。
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(6)如何调整基因的展示样式呢? gene_display_type预设了基因名称的五种展示样式:1,基因名称在染色体两侧交替显示;2. 所有基因名称在左侧;3.所有基因名称在右侧;4. 所有基因名称在左侧,物理距离在右侧;5.所有基因名称在右侧,物理距离在左侧。默认值为1。
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(7)如何为基因自定义不同的颜色呢?在基因位置信息中,第5列字段gene_color可改变基因名称的展示颜色,支持“black”“red”“gray”等颜色单词或者网页颜色代码“#00dd00”。根据需要,设置相应的颜色值即可。
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(8)如何调整基因名称与染色体之间的空隙?可通过调整gene id下的margin参数值即可。
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(9)若gene id出现了相互叠加的情况,如何解决?软件的默认设置一般可避免此类情况。若依然出现了重叠,建议通过同步调整chromosome、single chromosome container下的height来解决。调整时,请注意height of chromosome 要小于height of single chromosome container ,两者相差100左右较为合适。
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(10)若发现染色体长度与刻度尺标注长度明显不符,如何解决?这是由于刻度尺的有效数字精度不够造成的,可通过修改decimal place参数解决,将0调整为1或2即可解决。
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