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ff14SB protein backbone and sidechain parameters
MASS
CO 12.01 0.616 ! sp2 C carboxylate group
2C 12.01 0.878 sp3 aliphatic C with two (duo) heavy atoms
3C 12.01 0.878 sp3 aliphatic C with three (tres) heavy atoms
C8 12.01 0.878 sp3 aliphatic C basic AA side chain
BOND
C -2C 317.0 1.5220
C*-2C 317.0 1.4950
C8-C8 310.0 1.5260
C8-CX 310.0 1.5260
C8-H1 340.0 1.0900
C8-HC 340.0 1.0900
C8-HP 340.0 1.0900
C8-N2 337.0 1.4630
C8-N3 367.0 1.4710
CA-2C 317.0 1.5100
CC-2C 317.0 1.5040
CO-O2 656.0 1.2500
CO-2C 317.0 1.5220
CT-2C 310.0 1.5260
CT-3C 310.0 1.5260
CX-2C 310.0 1.5260
CX-3C 310.0 1.5260
H1-2C 340.0 1.0900
H1-3C 340.0 1.0900
HC-2C 340.0 1.0900
HC-3C 340.0 1.0900
OH-2C 320.0 1.4100
OH-3C 320.0 1.4100
S -2C 227.0 1.8100
SH-2C 237.0 1.8100
2C-2C 310.0 1.5260
2C-3C 310.0 1.5260
ANGL
N -C -2C 70.0 116.60
O -C -2C 80.0 120.40
OH-C -2C 80.0 110.00
CB-C*-2C 70.0 128.60
CW-C*-2C 70.0 125.00
C8-C8-C8 40.0 109.50
C8-C8-CX 40.0 109.50
C8-C8-H1 50.0 109.50
C8-C8-HC 50.0 109.50
C8-C8-HP 50.0 109.50
C8-C8-N2 80.0 111.20
C8-C8-N3 80.0 111.20
CX-C8-HC 50.0 109.50
H1-C8-H1 35.0 109.50
H1-C8-N2 50.0 109.50
HC-C8-HC 35.0 109.50
HP-C8-HP 35.0 109.50
HP-C8-N3 50.0 109.50
CA-CA-2C 70.0 120.00
CV-CC-2C 70.0 120.00
CW-CC-2C 70.0 120.00
NA-CC-2C 70.0 120.00
NB-CC-2C 70.0 120.00
O2-CO-O2 80.0 126.00
O2-CO-2C 70.0 117.00
HC-CT-2C 50.0 109.50
HC-CT-3C 50.0 109.50
C -CX-C8 63.0 111.10
C -CX-2C 63.0 111.10
C -CX-3C 63.0 111.10
C8-CX-H1 50.0 109.50
C8-CX-N 80.0 109.70
C8-CX-N3 80.0 111.20
H1-CX-2C 50.0 109.50
H1-CX-3C 50.0 109.50
HP-CX-C8 50.0 109.50 changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
HP-CX-2C 50.0 109.50 changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
HP-CX-3C 50.0 109.50 changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
N -CX-2C 80.0 109.70
N -CX-3C 80.0 109.70
N3-CX-2C 80.0 111.20
N3-CX-3C 80.0 111.20
C8-N2-CA 50.0 123.20
C8-N2-H 50.0 118.40
C8-N3-H 50.0 109.50
HO-OH-2C 55.0 108.50
HO-OH-3C 55.0 108.50
CT-S -2C 62.0 98.90
2C-S -S 68.0 103.70
HS-SH-2C 43.0 96.00
C -2C-CX 63.0 111.10
C -2C-HC 50.0 109.50
C -2C-2C 63.0 111.10
C*-2C-CX 63.0 115.60
C*-2C-HC 50.0 109.50
CA-2C-CX 63.0 114.00
CA-2C-HC 50.0 109.50
CC-2C-CX 63.0 113.10
CC-2C-HC 50.0 109.50
CO-2C-CX 63.0 111.10
CO-2C-HC 50.0 109.50
CO-2C-2C 63.0 111.10
CT-2C-HC 50.0 109.50
CT-2C-3C 40.0 109.50
CX-2C-H1 50.0 109.50
CX-2C-HC 50.0 109.50
CX-2C-OH 50.0 109.50
CX-2C-S 50.0 114.70
CX-2C-SH 50.0 108.60
CX-2C-2C 40.0 109.50
CX-2C-3C 40.0 109.50
H1-2C-H1 35.0 109.50
H1-2C-OH 50.0 109.50
H1-2C-S 50.0 109.50
H1-2C-SH 50.0 109.50
H1-2C-2C 50.0 109.50
HC-2C-HC 35.0 109.50
HC-2C-2C 50.0 109.50
HC-2C-3C 50.0 109.50
S -2C-2C 50.0 114.70
CT-3C-CT 40.0 109.50
CT-3C-CX 40.0 109.50
CT-3C-H1 50.0 109.50
CT-3C-HC 50.0 109.50
CT-3C-OH 50.0 109.50
CT-3C-2C 40.0 109.50
CX-3C-H1 50.0 109.50
CX-3C-HC 50.0 109.50
CX-3C-OH 50.0 109.50
CX-3C-2C 40.0 109.50
H1-3C-OH 50.0 109.50
HC-3C-2C 50.0 109.50
DIHE
C8-CX-N -C 1 0.000 0.0 -4. phi'
C8-CX-N -C 1 0.800 0.0 -3.
C8-CX-N -C 1 1.800 0.0 -2.
C8-CX-N -C 1 2.000 0.0 1.
CT-CX-N -C 1 0.000 0.0 -4.
CT-CX-N -C 1 0.800 0.0 -3.
CT-CX-N -C 1 1.800 0.0 -2.
CT-CX-N -C 1 2.000 0.0 1.
2C-CX-N -C 1 0.000 0.0 -4.
2C-CX-N -C 1 0.800 0.0 -3.
2C-CX-N -C 1 1.800 0.0 -2.
2C-CX-N -C 1 2.000 0.0 1.
3C-CX-N -C 1 0.000 0.0 -4.
3C-CX-N -C 1 0.800 0.0 -3.
3C-CX-N -C 1 1.800 0.0 -2.
3C-CX-N -C 1 2.000 0.0 1.
N -C -CX-C8 1 0.000 0.0 -4. psi'
N -C -CX-C8 1 0.400 0.0 -3.
N -C -CX-C8 1 0.200 0.0 -2.
N -C -CX-C8 1 0.200 0.0 1.
N -C -CX-CT 1 0.000 0.0 -4.
N -C -CX-CT 1 0.400 0.0 -3.
N -C -CX-CT 1 0.200 0.0 -2.
N -C -CX-CT 1 0.200 0.0 1.
N -C -CX-2C 1 0.000 0.0 -4.
N -C -CX-2C 1 0.400 0.0 -3.
N -C -CX-2C 1 0.200 0.0 -2.
N -C -CX-2C 1 0.200 0.0 1.
N -C -CX-3C 1 0.000 0.0 -4.
N -C -CX-3C 1 0.400 0.0 -3.
N -C -CX-3C 1 0.200 0.0 -2.
N -C -CX-3C 1 0.200 0.0 1.
N -C -2C-HC 1 0.000 0.0 2. JCC,7,(1986),230 (X -C -CT-X )
O -C -2C-HC 1 0.080 180.0 -3. Junmei et al, 1999 (HC-CT-C -O )
O -C -2C-HC 1 0.000 0.0 -2.
O -C -2C-HC 1 0.800 0.0 1.
OH-C -2C-HC 1 0.000 0.0 2.
CB-C*-2C-HC 1 0.000 0.0 2. JCC,7,(1986),230 (X -C*-CT-X )
CW-C*-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
X -C8-C8-X 9 1.400 0.0 3. JCC,7,(1986),230 (X -CT-CT-X )
C8-C8-C8-HC 1 0.160 0.0 3. Junmei et al, 1999 (was HC-CT-CT-CT)
CX-C8-C8-HC 1 0.160 0.0 3.
HC-C8-C8-HC 1 0.150 0.0 3. Junmei et al, 1999 (HC-CT-CT-HC)
X -C8-CX-X 9 1.400 0.0 3.
X -C8-N2-X 6 0.000 0.0 3. JCC,7,(1986),230 (X -CT-N2-X )
X -C8-N3-X 9 1.400 0.0 3. JCC,7,(1986),230 (was X -CT-N3-X )
X -CA-2C-X 1 0.000 0.0 2. JCC,7,(1986),230 (was X -CA-CT-X )
2C-CC-CV-H4 1 5.150 180.0 2.
2C-CC-CV-NB 1 5.150 180.0 2.
2C-CC-CW-H4 1 5.375 180.0 2.
2C-CC-CW-NA 1 5.375 180.0 2.
2C-CC-NA-CR 1 1.400 180.0 2.
2C-CC-NA-H 1 1.400 180.0 2.
2C-CC-NB-CR 1 2.400 180.0 2.
CV-CC-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
CW-CC-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
NA-CC-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
NB-CC-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
O2-CO-2C-HC 1 0.000 0.0 2.
H1-CT-S -2C 3 1.000 0.0 3.
HC-CT-2C-HC 1 0.150 0.0 3.
HC-CT-2C-3C 1 0.160 0.0 3.
HC-CT-3C-CT 1 0.160 0.0 3.
HC-CT-3C-CX 1 0.160 0.0 3.
HC-CT-3C-H1 9 1.400 0.0 3.
HC-CT-3C-HC 1 0.150 0.0 3.
HC-CT-3C-OH 1 0.000 0.0 -3.
HC-CT-3C-OH 1 0.250 0.0 1.
HC-CT-3C-2C 1 0.160 0.0 3.
X -CX-2C-X 9 1.400 0.0 3.
H1-CX-2C-OH 1 0.000 0.0 -3.
H1-CX-2C-OH 1 0.250 0.0 1.
X -CX-3C-X 9 1.400 0.0 3.
H1-CX-3C-OH 1 0.000 0.0 -3.
H1-CX-3C-OH 1 0.250 0.0 1.
HO-OH-2C-H1 3 0.500 0.0 3. JCC,7,(1986),230
HO-OH-3C-H1 3 0.500 0.0 3.
EP-S -S -2C 1 0.000 0.0 3. cyx (dac)
X -S -2C-X 3 1.000 0.0 3. JCC,7,(1986),230 (X -CT-S -X )
X -SH-2C-X 3 0.750 0.0 3. JCC,7,(1986),230 (X -CT-SH-X )
X -2C-2C-X 9 1.400 0.0 3.
CX-2C-2C-HC 1 0.160 0.0 3. Junmei et al, 1999
HC-2C-2C-HC 1 0.150 0.0 3. Junmei et al, 1999
CT-2C-3C-HC 1 0.160 0.0 3. Junmei et al, 1999
CX-2C-3C-HC 1 0.160 0.0 3.
HC-2C-3C-CT 1 0.160 0.0 3.
HC-2C-3C-CX 1 0.160 0.0 3.
HC-2C-3C-HC 1 0.150 0.0 3.
C -CX-C8-C8 9 1.400 0.0 3. Arg Lys
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C8 1.9080 0.1094 Spellmeyer
CO 1.9080 0.0860 OPLS