Codes

#Names in <> are file name(s) to be inputted.
#LTR_harvest and LTR_finder codes.
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#!/bin/bash

module load genometools/1.5.10. 

gt suffixerator -db <genome file name> -indexname <genome index file name> -tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dna
gt ltrharvest -index <genome index file name> -seqids yes -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 -similar 85 -vic 10 -seed 20 -motif TGCA -motifmis 1 > <output file name a>
gt ltrharvest -index <genome file name> -seqids yes -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 -similar 85 -vic 10 -seed 20 > <output file name b>

module load ltrfinder/1.07
ltr_finder -D 15000 -d 1000 -l 100 -L 7000 -p 20 -C -M 0.85 <genome file name> > <output file name c>

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#LTR_retriever codes
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#!/bin/bash

module load trf/4.09
module load python/anaconda/3.6.4
module load hmmer/3.1b2
module load repeatmasker/4.0.6
module load cdhit/4.7
module load ncbi-blast/2.2.31+

<path to LTR_retriever> -genome <genome file name> -infinder <output file name c> -inharvest <output file name a> -nonTGCA <output file name b> -threads 10

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#extract identfied LTR list
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#!/bin/bash

module load python/anaconda/3.6.4
module load hmmer/3.1b2
module load repeatmasker/4.0.6
module load cdhit/4.7
module load ncbi-blast/2.2.31+


awk '{if ($1~/[0-9]+/) print $10"\t"$1}'  <genome file name>.pass.list > <output name d>

perl <path to LTR_retriever>/bin/call_seq_by_list.pl <output name d> -C <genome file name> > <output name e>

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#TE_sorter codes. 
#-db option(gydb) can be replaced with another database from TE_sorter database options.
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#!/bin/bash

module load python/2.7.15
module load hmmer/3.1b2
module load ncbi-blast/2.2.31+

python <path to TE_sorter>/TEsorter.py -db gydb -st nucl -p 10 <output name e>

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#Mafft and IQtree code
#domain(s) fasta file can be gotten from *dom.faa TE_sorter output file
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#!/bin/bash

module load mafft
module load iqtree/1.6.12

mafft --auto <fasta file of domain(s)> > <output name f>

iqtree -s <output name f> -bb 100000 -nt AUTO