Bioinformatics - follow up on previous deviation from 2019

[AnnaLeinfelt]

All bioinformatic from 2019 listed below. All have been approved but some will be discussed (marked).

• HG_01 | Bioinformatik | När manuella kommandon ges i 1383:16 MIP analysis for whole genome and exome så dokumenteras detta i trailblazer, men det saknas instruktion att så ska ske i dokument 1383.

Instruction present in 1383:22 (current version)
Will be discussed
Assign to: DB, ES

• HG_02 | Bioinformatik | När mindre uppdateringar görs i de bioinformatiska pipelinen (avsnitt 2.1.2 i 1042:12) så saknas dokumentation om omfattning och ev inverkan på pipelinen av uppdatering och att den granskats av behörig person. Detta ska finnas i likhet med instrument loggböcker eller liknande för utrustning.

The procedure of updating production and who can sign off on verifications (code review and functional testing), deploy and implementation is described in AM 1098 and 1042.

Will be discussed
Assign to: PG, BS

• HG_03 | Bioinformatik | Vid föregående dokumentgranskning noterades att laboratoriet saknade rutiner för att övervaka trender inom de bioinforamtiska delarna av arbetet. Detta är ännu inte infört, vilket det borde ha varit, men det finns en plan för vilka delar som ska noteras.

Laboratoriet har korrigerat avvikelsen och har nu de första trendanalyserna på plats.

Bedömningen av påverkan är dock något bristfällig. Att argumentera för att man inte har haft möjlighet till systematiskt monitorering är inte ett skäl till att inte ha gjort monitoreringen. Lämpligt hade kanske varit att faktiskt också göra en retrospektiv bedömning av trenderna så att man ser att det inte påverkat resultatet.

Will be discussed
Assign to: MB, PG, VW

• Q: Should we do a retrospective 'study' of the trending?

• HG_04 | Bioinformatik | Test specifikationerna 1823:2 och 1925:2 innehåller inte tillräckligt tydliga kriterier för att kunna säkerställa metodernas funktionalitet. Kriterierna vid en metodvalidering skall vara utvärderingsbara och specifika. Laboratoriet har vid valideringarna producerat ett ordentligt underlag, men inte utvärderat dessa adekvat.

• Validations discussion

• Is this adressed in 1042? I think we should a sentance that the evaluation criteria should be specifc and measurable in 1042, section 2.2 and emphasize this in the instructions in the validation report template (HS)

Assign to VW, HS, AL

• HG_05 | Bioinformatik | Vid valideringen av MIP v6.0 (1823:2) så rapporteras att falskt positiva in/dels ökar från 19000 till 100000 vilket gör att nu är andelen av falskt positiva in/dels en tredje del av alla in/dels. Detta upplevs av teknisk bedömmare som en oroväckande hög andel. Speciellt då in/dels kan ha stora konsekvenser rent kliniskt. I rapporten och även rapporten från de externa kontrollprogrammet NEQAS (1804:2) så noteras att laboratoriet medvetet släpper igenom en hög andel falskt positiva, men att de inte kommer hamna högt upp i rankingen - detta är dock inte visat. Värt att notera är dock att in/dels är svåra att sekvensera med NGS.Den höga andelen falskt positiva gör också att laboratoriet hamnar som outlier i de externa kontrollprogrammen också. Notera att en ackrediterad verksamhet ska lämna ut rätt svar från till kund och att externa kontrollprogram och laboratoriejämförelser är till för att visa på att man får samma resultat som övriga laboratorier. Det noteras också i metodvalideringen att täckningen är fortfarande på väg ner i valideringarna, vilket också kan förklara den låga täckningen i kontrollprogrammet.

• Will be discussed
  Assign to HS, ES

HG_06 | Bioinformatik | Vid externt kontrollprogram NIST sample NA12878 har fel version av MIP använts. Version v6 är den som är tagen i bruk (18-08-10) och är gällande version när planen för kontrollprogrammet beslutas 18-11-28,

• HG_07 | Bioinformatik | Vid validering av NOVAseq (Test-specification 1852:2) har ingen bioinformatisk kontroll genomförts. Trots att sekvenseringskemin kan påverka risken för fel i bioinformatiken.

-Bedömning av påverkan - Bra reflektion. Notera dock att er validering ligger långt ifrån era QC-parametrar, vilket gör att ni inte testat var gränsen går så att säga. Detta bör ni fundera över och hålla koll på i produktionen och även framtida valideringar. Vad händer om ett prov precis klarar QC-kriterierna? Kan ni då stå för att valideringen fortfarande gäller?

Orsaksanalys- Tänk på att det är svaret till kund som är det slutgiltiga i er metod, så kan vara lämpligt att metodvalideringar endera "körs hela vägen" eller att man reflekterar över konsekvensen för svaret till kund.

Will be discussed
Assign to HS, VW

• HG_08 | Bioinformatik | Vid körning av den bioinformatiska analysen microSALT 1797:6 så kan ny version av rapporten genereras. Dock saknas versionhantering av nya rapporter och referens till tidigare rapporter.

An example will be locked at.
Assign to IS, TN

• HG_09 | Bioinformatik | I dokument 1797:7 section 3.2 så refereras till paragrafer som inte finns.

General issue here - is there enough time for QA work? Is it being prioritized?
Assign to VW

• HG_10 | Bioinformatik | Det är oklart om metoden microSALT 1797 validerats mot kända referensstandarder eller andra validerade metoder, vilket är ett krav enligt standarden. Också oklart om problematiken kring ddl67 i conclusions (1845:2) är uträtt och om ytterligare validering krävs.

To be discussed
Assign to IS

• HG_11 | Bioinformatik | Monitorering av trender inom metoden microSALT saknas.

Will be locked at.
Assign to VW, MB, IS

• HG_12 | Bioinformatik | Uppskattning av mätosäkerhet för microSALT metoden saknas.

Will be discussed.
Assign to IS, AL

HG_13 | Bioinformatik | Vid testning i externt kontrollprogram NEQAS 2017 (1804:2) så har en bibliotekspreparation för WES som inte är validerad använts. Vid kompetensprövning skall laboratoriets validerade metoder användas.

• Assign the people that are involved in the task

[AnnaLeinfelt]

@sylvinite - läs gärna hela avvikelsen med Henriks svar i AM. Ska bolla / diskutera något innan?
[ ] HG_12 | Bioinformatik | Uppskattning av mätosäkerhet för microSALT metoden saknas.

Will be discussed.
Assign to IS, AL