scRNA-seq本 第4をやる

[dogTK]

概要

scRNA-seq本 第4章をやる

Todo

• Seuratによる解析準備
• Seuratによるデータ前処理の手順
• Seuratによるデータ解析の手順

[dogTK]

@knakamura6222053
リプライ見れたらリアクションください！

[dogTK]

@knakamura6222053 こちら完了しました？

[knakamura6222053]

すみません！
昨日まで解析が立て込んでいたので、今日一日使って参考にしながら進めようと思っています。

[knakamura6222053]

　終わりました！５章に入っていこうかと思います！

[dogTK]

あ、いえいえ！自分のペースでやってもらって大丈夫です！

[knakamura6222053]

５章の途中進んでいるのですが、メモリエラーが起こってしまいました。
論文に記載してある、QCを変更してより厳しい条件に設定しても難しいですか？
※計算メモリの方が原因で落ちてそうです。

pbmc.data <- Read10X(data.dir = "/Users/idrc/Desktop/singlecell_test/GSE149689/")

pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200)
pbmc[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^MT-")
pbmc <- subset(pbmc, nFeature_RNA >= 200 & nFeature_RNA <= 5000 & percent.mt < 15)
pbmc <- pbmc %>%

• NormalizeData() %>% 
  

• FindVariableFeatures(selection.method = "vst", nfeatures = 2000) %>% 
  

• ScaleData(features = VariableFeatures(object = pbmc)) %>% 
  

• RunPCA() %>% 
  

• RunUMAP(dims = 1:20) %>% 
  

• FindNeighbors(dims = 1:10) %>% 
  

• FindClusters(resolution = 0.5)
  

Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating gene variances
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating feature variances of standardized and clipped values
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Centering and scaling data matrix
Error: vector memory exhausted (limit reached?)

[knakamura6222053]

@dogTK
4章のサンプルでも試してみたのですが、同じところでエラーが出てしまいました。
Centering and scaling data matrix
Error: vector memory exhausted (limit reached?)

FindNeighbors(dims = 1:10)
FindCluster(resolution = 0.5)の値を変更してみたのですが、状況は変わりませんでした。

何か改善策はありますでしょうか…

[dogTK]

@knakamura6222053
確認します！

[knakamura6222053]

@dogTK
お忙しい中、ありがとうございます。
他のPCで環境を作り直して私の方でも何かできないか試してみます！

[dogTK]

#4 こっちにつくりなおしたのでクローズ