-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
main.cpp
347 lines (281 loc) · 10.7 KB
/
main.cpp
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <vector>
#include <cstdlib>
#include <iomanip>
#include <algorithm>
#include <cmath>
#include <limits>
#include <stdexcept>
using namespace std;
typedef pair<int, pair<string, string> > alignments;
//yollar matrisi
//tablo matrisi
//tablo doldurulurken yollar matrisine olası yollar eklenecek
//sağ en alttan başlanıp olası yollara göre high road low road ve
//diagonal giderken(çapraz) match-mismatch eklenir, sağdan ya da soldan giderken gap penalty eklenir. En büyük değer yazılır.
//http://www.site.uottawa.ca/~lucia/courses/5126-11/lecturenotes/12-13MultipleAlignment.pdf mismatch/gap puanlarına göre yeni tablo oluşturur.En az skoru olanı center seçer ona göre bir daha
// hizalar
struct yon {
char yondiag;
char yonright;
char yonup;
string direction;
yon(){
char yondiag='\0';
char yonright='\0';
char yonup='\0';
string direction="";
}
};
pair<int, pair<string, string> > global_alignment(string , string,int,int,int);
ofstream output;
int main() {
ifstream oku;
oku.open("input.txt");
string satir;
int match,mismatch,gap;//hep highroad seçilecek
int sayac=0,dnaSayaci=0;
vector<string> dna;
vector<int> dnaSkor;
vector<string> kume1;
vector<string> kume2;
if (oku.is_open())
{
while ( getline(oku, satir) )
{
istringstream ss(satir);
if(sayac==0){
ss >> match >> mismatch >> gap;
cout << match << " " << mismatch << " " << gap << endl;
}else{
dna.push_back(ss.str());
cout<< dna.at(sayac-1) <<" size " << dna.at(sayac-1).size()<<endl;
dnaSayaci++;
}
sayac++;
}
oku.close();
}
else{
cout << "input.txt is missing."<<endl;
}
oku.close();//okundu
cout<<dna.size()<<endl;
int tempScore=0;
for(int ilk=0;ilk < dna.size();ilk++){
for (int ikinci= 0; ikinci < dna.size(); ikinci++) {
if(ilk==ikinci)
continue;
else{
alignments temp = global_alignment(dna.at(ilk),dna.at(ikinci),match,mismatch,gap);
tempScore+=temp.first;
if(ikinci==dna.size()-1){
dnaSkor.push_back(tempScore);
tempScore=0;
}
cout<<temp.second.first<<"\n"<< temp.second.second<<endl<<endl;
}
}
}
for (int i = 0; i < dnaSkor.size(); i++) {
cout<<dnaSkor.at(i)<<endl;
}
cout << "The largest element is " << *max_element(dnaSkor.begin(),dnaSkor.end()) << '\n';
int pozisyon= find(dnaSkor.begin(), dnaSkor.end(), *max_element(dnaSkor.begin(),dnaSkor.end()))-dnaSkor.begin();
cout<<pozisyon<<endl<<"------"<<endl;
vector<int> gapYerleri1;
vector<int> gapYerleri2;
bool starGap1=false,starGap2=false;
kume1.push_back(dna.at(pozisyon));
//kume2.push_back(dna.at(pozisyon));
//pair<int, pair<string, string> > global_alignment(string , string,int,int,int);
for (int ikinci = 0; ikinci < dna.size(); ikinci++) {
if(pozisyon==ikinci){//kendiyle globale sokulmuyor.
continue;
}else{
alignments temporary = global_alignment(dna.at(pozisyon),dna.at(ikinci),match,mismatch,gap);
if(temporary.second.first==kume1.at(pozisyon)){
//cout<<kume1.at(pozisyon)<<endl;
kume1.push_back(temporary.second.second);
}else{//Starlar farklı, stringlerdeki gapleri bul birbirine eşitle
for(int k=0;k<kume1.at(pozisyon).size();k++){//kume1deki stardaki gapleri bul
if(kume1.at(pozisyon)[k]=='-'){
gapYerleri1.push_back(k);
starGap1=true;
//cout<<gapYerleri1.at(k)<<endl;
//dna.at(pozisyon).find('-')
}
}
for(int j=0;j<temporary.second.first.size();j++){//temporary(kume2)de stardaki gapleri bul
if(temporary.second.first[j]=='-'){
//cout<<j<<endl;
gapYerleri2.push_back(j);
starGap2=true;
//cout<<gapYerleri2.at(j)<<endl;
}
}
if(starGap1){//kumedeki starda gap varsa temptekilere gap koy
for(int gap1=0;gap1<gapYerleri1.size();gap1++){
temporary.second.first.insert(gapYerleri1.at(gap1), "-");
temporary.second.second.insert(gapYerleri1.at(gap1),"-");
}
kume1.push_back(temporary.second.second);
gapYerleri1.clear();
starGap1=false;
}
if(starGap2){//tempteki starda gap varsa kumedekilere gap koy
for(int gap2=0;gap2<gapYerleri2.size();gap2++){
for(int it=0;it<kume1.size();it++){
cout<<kume1.size()<<gapYerleri2.size()<<endl;
kume1.at(it).insert(gapYerleri2.at(gap2), "-");
}
kume1.push_back(temporary.second.second);
}
gapYerleri2.clear();
starGap2=false;
}
//gapYerleri1.clear();
//gapYerleri2.clear();
}
}
}
for(int k=0;k<dna.size();k++){
cout<<dna.at(k)<<endl;
}
cout<<"----"<<endl;
for(int k=0;k<kume1.size();k++){
cout<<kume1.at(k)<<endl;
}
return 0;
}
pair<int, pair<string, string> > global_alignment(string dna1, string dna2,int match,int mismatch,int gap){
vector<vector<int> > matrix(dna2.size()+2, std::vector<int>(dna1.size()+2, 0));
yon yonler[dna2.size()+2][dna1.size()+2] = {yon()};
matrix[1][1]=0;
for(int i=2;i<dna1.size()+2;i++){//satır - genişlik
matrix[0][i]=dna1[i-2];
matrix[1][i]=matrix[1][i-1]+gap;
}
for(int k=2;k<dna2.size()+2;k++){//sütun yükseklik
matrix[k][0]=dna2[k-2];
matrix[k][1]=matrix[k-1][1]+gap;
}
//diagonal gel satir ve sütundan 1 er eksik.üstten columdan 1 eksik.yandan rowdan 1 eksik.
int tmpdiag,tmpup,tmpright;
for(int r=2;r<dna2.size()+2;r++){//row ,2
for(int c=2;c<dna1.size()+2;c++){//column
if(matrix[0][c]==matrix[r][0])
tmpdiag=match+matrix[r-1][c-1];
else
tmpdiag=mismatch+matrix[r-1][c-1];
tmpup=gap+matrix[r-1][c];
tmpright=gap+matrix[r][c-1];
int biggest = tmpdiag;
if (tmpdiag <= tmpup){
biggest = tmpup;
yonler[r][c].direction+='|';
yonler[r][c].yonup='|';
}
if (biggest <= tmpright){
biggest = tmpright;
yonler[r][c].direction+='-';
yonler[r][c].yonright='-';
}
if(biggest==tmpdiag){
yonler[r][c].direction+='\\';
yonler[r][c].yondiag='\\';
}
matrix[r][c]=biggest;
}
}
output.open("output.txt", ofstream::out | ofstream::app);
output << "Matris:"<< endl;
for(int i = 0; i < dna2.size()+2; i++){//matrisi çizdiriyor
for(int j = 0; j < dna1.size()+2; j++){
output << setw(3) << right << matrix[i][j];
}
output << endl;
}
int rowcount = (sizeof(yonler) / sizeof(*yonler));
int columncount = (sizeof(*yonler) / sizeof(**yonler));
output << "Yönler:"<< endl;
for(int i = 0; i < rowcount; i++){//yonleri çizdiriyor
for(int j = 0; j < columncount; j++){
output << setw(3) << left << yonler[i][j].direction ;
}
output << endl;
}
bool flagDiag=false,flagUp=false,flagRight=false;
int intDiag=0,intUp=0,intRight=0,largest=0,siradakiRow=rowcount-1,siradakiColumn=columncount-1,score=matrix[dna2.size()+1][dna1.size()+1];
string alignmentDna1,alignmentDna2;
while(1){
if(yonler[siradakiRow][siradakiColumn].yondiag == '\\'){
flagDiag=true;
intDiag=matrix[siradakiRow-1][siradakiColumn-1];
}
if(yonler[siradakiRow][siradakiColumn].yonup=='|'){
flagUp=true;
intUp=matrix[siradakiRow-1][siradakiColumn];
}
if(yonler[siradakiRow][siradakiColumn].yonright=='-'){
flagRight=true;
intRight=matrix[siradakiRow][siradakiColumn-1];
}
//hangi yola gideceği karar verilecek high road veya low roada göre sonra siradakirow ve column ona göre değişecek.
if(intDiag>=intUp && intDiag>=intRight) {//yollardaki en büyük değer bulunuyor
largest= intDiag;
}
if(intUp>=intDiag && intUp>=intRight) {
largest= intUp;
}
if(intRight>=intDiag && intRight>=intUp) {
largest= intRight;
}
if(flagUp==true && largest==intUp){//yukarı giderken dna2 alınır dna1 yerine - konur
alignmentDna1+='-';
alignmentDna2+=matrix[siradakiRow][0];
siradakiRow=siradakiRow-1;
score=score+matrix[siradakiRow][siradakiColumn];
}else if(flagDiag==true && largest==intDiag){//diagonal gidiyoken dna1(satır) dna2(sütun) ikisini de alırız
alignmentDna1+=matrix[0][siradakiColumn];
alignmentDna2+=matrix[siradakiRow][0];
siradakiRow=siradakiRow-1;
siradakiColumn=siradakiColumn-1;
score=score+matrix[siradakiRow][siradakiColumn];
}else if(flagRight==true && largest==intRight){//yana giderken dna1 alınır dna2 yerine - konur
alignmentDna1+=matrix[0][siradakiColumn];
alignmentDna2+='-';
siradakiColumn=siradakiColumn-1;
score=score+matrix[siradakiRow][siradakiColumn];
}
//output << siradakiColumn << "\t" <<siradakiRow << "\t" << alignmentDna1 << "\t" << alignmentDna2 << "\t" << score << "\t" << flagDiag << "\t" << flagUp << "\t" << flagRight << "\t" << intDiag << "\t" << intUp << "\t" << intRight << endl;
flagDiag=false;
flagRight=false;
flagUp=false;
if(yonler[siradakiRow][siradakiColumn].direction!=yonler[2][2].direction){
intUp=matrix[siradakiRow][siradakiColumn-1];
intDiag=matrix[siradakiRow-1][siradakiColumn-1];
intRight=matrix[siradakiRow-1][siradakiColumn];
}else{
intUp=-100;
intDiag=-100;
intRight=-100;
}
if(siradakiColumn<=2 || siradakiRow<=2){
alignmentDna1+=matrix[0][2];
alignmentDna2+=matrix[2][0];
reverse(alignmentDna1.begin(), alignmentDna1.end());
reverse(alignmentDna2.begin(), alignmentDna2.end());
output << alignmentDna1 << " " << alignmentDna2 <<endl;
break;
}
}
//std::cout << score << std::endl;
output<< "score: "<< score <<endl << "\n";
output<< "-------------------------------------------------------\n";
output.close();
return {score, {alignmentDna1,alignmentDna2}};
}