Skip to content

ferarilalon/Linux-for-Genomics-Bangla-Tutorial

 
 

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

38 Commits
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

লিনাক্স bash কমান্ড টিউটোরিয়াল

বায়োইনফরমেটিক্স ও জিনোমিক্সে যারা কাজ করতে চান বা ভবিষ্যতে উচ্চশিক্ষা নিতে চান, তাদের লিনাক্স bash কমান্ড জানা অত্যাবশ্যকীয়। কারন লিনাক্স bash কমান্ড না জেনে আপনি একদিনও কাটাতে পারবেননা এই ফিল্ডে গবেষণায়। লিনাক্স বা ইউনিক্সের কমান্ড বা প্রোগ্রামিং শিখতে চাইলে শুরু করে দিন কোডিং এবং তার জন্য এই বাংলা টিউটোরিয়ালগুলো দেখে নিতে পারেন। কিছু পরামর্শ:

  • আপনার লিনাক্স বা ইউনিক্স অপারেটিং সিস্টেম ইন্সটল থাকতে হবে। যদি উইন্ডোজ অপারেটিং সিস্টেম হয় তাহলে কিছু এপ্লিকেশন আছে (যেমন Ubuntu for windows) সেগুলো ডাউনলোড করে লিনাক্সের টার্মিনাল ব্যবহার করতে পারবেন।
  • আপনি চাইলে আপনার কম্পিউটারে উইন্ডোজ অপারেটিং সিস্টেমের পাশাপাশি লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম ইন্সটল করতে পারবেন। গুগলে "dual boot linux and windows" লিখে খুঁজে দেখবেন অনেক link পাবেন তা করার জন্য।
  • এই লেকচার অনুসরণ করার জন্য প্রোগ্রামিং এর পূর্ব অভিজ্ঞতার প্রয়োজন নেই।
  • এই লেকচারগুলো সুনির্দিস্ট ক্রমে সাজানো আছে ও পরের একটি লেকচার তার আগের লেকচারের উপর নির্ভরশীল। তাই ক্রমানুসারে ভিডিওগুলো দেখার অনুরোধ রইল।
  • লেকচারের সবগুলো কোড রান করাবেন, সাথে যা মন চায় চেষ্টা করতে পারেন কোড এদিক সেদিক পরিবর্তন করে।
  • কোন এরর দিলে প্রথমেই এরর মেসেজটা ভাল করে পড়বেন ও বোঝার চেষ্টা করবেন। ব্যর্থ হলে গুগুলে এরর মেসেজটা লিখে সার্চ দিবেন।
  • কিছু syntex ভালভাবে মনে রাখার চেষ্টা করবেন, এতে অনেক সময় বাঁচবে।
  • লেকচারে কোন নতুন টার্মিনোলজি পেলে সেটা অবশ্যই গুগুল করে নিবেন।
  • অনুশীলনের কোন বিকল্প নেই, অবশ্যই লেকচার শেষ করার পর অনুশীলনীগুলো করার চেষ্টা করবেন।
  • কোন প্রশ্ন/মতামত থাকলে YouTube ভিডিওর নিচে কমেন্ট করতে পারেন। কিভাবে প্রশ্ন/মতামত জানাবেন, তার নমুনা এখানে দেখে নিন

লেকচার সূচি (YouTube live coding embeded)

০) লেকচার - ০০ - Introduction

Working with files and directoies

১) লেকচার - ০১ - Access directory and files pwd, cd, ll, clear, ~, space error, ./, ../

২) লেকচার - ০2 - Read file and count lines head, tail, wc, *

৩) লেকচার - ০৩ - Read file and pipe less, |

৪) লেকচার - ০৪ - write and append file, grep less, grep,> , >>, touch

৫) লেকচার - ০৫ - Edit file on terminal vi, vim

৬) লেকচার - ০৬ - Create, copy, remove directories and files mkdir, cp, mv, rmdir, rm, wget

৭) লেকচার - ০৭ - Compress and uncompress files gzip, gunzip

৮) লেকচার - ০৮ - Symlink file ln

৯) লেকচার - ০৯ - File permission chmod

১০) লেকচার - ১০ - echo and variables echo, define variables

১১) লেকচার - ১১ - Help, user manual, history help, -h, --help, man, history

looping

১২) লেকচার - ১২ - for loop code link

১৩) লেকচার - ১৩ - while loop code link

১৪) লেকচার - ১৪ - Ignore full path in a loop basemane

Data analysis commands

১৫) লেকচার - ১৫ - Sort sort

১৬) লেকচার - ১৬ - Unique lines and find duplicates uniq

১৭) লেকচার - ১৭ - Concate or merge two files cat, paste

১৮) লেকচার - ১৮ - Join two files join, <()

১৯) লেকচার - ১৯ - sed-1 sed, ^, $

২০) লেকচার - ২০ - sed-2 sed, [a-z], [A-Z], [0-9]

Data analysis using awk

২১) লেকচার - ২১ - Basic awk commands awk

২২) লেকচার - ২২ - awk filtering NR, NF, >col, <col

২৩) লেকচার - ২৩ - awk arithmatics +, -, *, /

২৪) লেকচার - ২৪ - awk conditions && , ||

Writing script

২৫) লেকচার - ২৫ - Writing a bash/shell script .sh, sh

MORE in awk (learn by yourself)

  • gsub() in awk

  • sum of col

  • use of FILENAME in awk

  • use of if statement in awk

MORE In bash (learn by yourself)

  • Learn about home directory and bash_profile

  • top command

  • which command

  • screen command

  • cut command

USEFUL RESOURCES

Free online Books

Web resources

Preonath Shuvo's notes

Video editing group

  • Preonath Shuvo
  • AR Riaz
  • Rashedul Islam

Follow বায়োইনফরমেটিক্স স্কুল:
facebook page | facebook group | YouTube

About

Tutorials for basic commands in Linux environment in Bangla

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published

Languages

  • Shell 100.0%