pacman -Syu hangs at the end

[KyleSanderson]

JuJu is really great, I'm using it with Travis-CI as their Ubuntu images are terribly out of date. However, when I try to do a system update (pacman -Syu) the command never seems to complete and just hangs.

Unrelated to the issue: why can't we build a JuJu image in JuJu?

[fsquillace]

Hi Kyle,

I am really happy that JuJu can be useful for you :)
The use of JuJu for Travis-CI looks an interesting use case.

I have tried now to run pacman -Syu and it seems working well. Your issue might be due to some package that you have installed recently? Can you type pacman -Qeq to see what are your installed packages?

Can you provide the output of the pacman -Syu command?

Thanks,
Filippo

[KyleSanderson]

juju -d
juju -f echo ':)'
echo Server = 'https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' | juju -f tee -a /etc/pacman.d/mirrorlist
yes | juju -f pacman -Syu

This is reproducible every time. If the system is up to date the hang never occurs. You can't control-C/D out either...

---

http://fpaste.org/198682/14265375/

:: Synchronizing package databases...
core 121.2 KiB 986K/s 00:00 [################################################################] 100%
extra 1817.3 KiB 2.77M/s 00:01 [################################################################] 100%
community 2.6 MiB 1988K/s 00:01 [################################################################] 100%
:: Starting full system upgrade...
resolving dependencies...
looking for conflicting packages...

Packages (29) arch-install-scripts-15-1 archlinux-keyring-20150212-1 binutils-2.25-2 ca-certificates-mozilla-3.17.4-1 curl-7.41.0-1 e2fsprogs-1.42.12-2 filesystem-2015.02-1
gcc-libs-4.9.2-4 gettext-0.19.4-1 glib2-2.42.2-1 glibc-2.21-2 gmp-6.0.0-2 gnupg-2.1.2-1 gnutls-3.3.13-1 krb5-1.13.1-1 libgcrypt-1.6.3-2 libgpg-error-1.18-1
libidn-1.30-1 libsystemd-218-2 libtasn1-4.3-1 libunistring-0.9.5-1 linux-api-headers-3.18.5-1 lzo-2.09-1 openssl-1.0.2-1 pacman-4.2.1-1
pacman-mirrorlist-20150315-1 perl-5.20.2-1 tzdata-2015a-1 xz-5.2.1-1

Total Download Size: 45.16 MiB
Total Installed Size: 189.88 MiB
Net Upgrade Size: 1.88 MiB

:: Proceed with installation? [Y/n] y
:: Retrieving packages ...
linux-api-headers-3.18.5-1-x86_64 744.2 KiB 2011K/s 00:00 [################################################################] 100%
tzdata-2015a-1-any 214.8 KiB 2.33M/s 00:00 [################################################################] 100%
filesystem-2015.02-1-x86_64 8.8 KiB 2.14M/s 00:00 [################################################################] 100%
glibc-2.21-2-x86_64 8.1 MiB 2.05M/s 00:04 [################################################################] 100%
gcc-libs-4.9.2-4-x86_64 2.4 MiB 1882K/s 00:01 [################################################################] 100%
e2fsprogs-1.42.12-2-x86_64 757.1 KiB 1165K/s 00:01 [################################################################] 100%
perl-5.20.2-1-x86_64 12.8 MiB 1258K/s 00:10 [################################################################] 100%
openssl-1.0.2-1-x86_64 2.6 MiB 1027K/s 00:03 [################################################################] 100%
krb5-1.13.1-1-x86_64 1099.1 KiB 1557K/s 00:01 [################################################################] 100%
libidn-1.30-1-x86_64 185.7 KiB 1915K/s 00:00 [################################################################] 100%
gmp-6.0.0-2-x86_64 405.7 KiB 1844K/s 00:00 [################################################################] 100%
libtasn1-4.3-1-x86_64 104.8 KiB 2.84M/s 00:00 [################################################################] 100%
ca-certificates-mozilla-3.17.4-1-x86_64 361.1 KiB 1941K/s 00:00 [################################################################] 100%
curl-7.41.0-1-x86_64 721.3 KiB 1987K/s 00:00 [################################################################] 100%
pacman-mirrorlist-20150315-1-any 3.3 KiB 0.00B/s 00:00 [################################################################] 100%
archlinux-keyring-20150212-1-any 472.5 KiB 2.01M/s 00:00 [################################################################] 100%
libgpg-error-1.18-1-x86_64 122.5 KiB 1361K/s 00:00 [################################################################] 100%
libgcrypt-1.6.3-2-x86_64 400.0 KiB 1428K/s 00:00 [################################################################] 100%
gnutls-3.3.13-1-x86_64 2.0 MiB 1235K/s 00:02 [################################################################] 100%
gnupg-2.1.2-1-x86_64 1841.3 KiB 846K/s 00:02 [################################################################] 100%
xz-5.2.1-1-x86_64 226.3 KiB 826K/s 00:00 [################################################################] 100%
lzo-2.09-1-x86_64 79.4 KiB 1261K/s 00:00 [################################################################] 100%
pacman-4.2.1-1-x86_64 665.6 KiB 1013K/s 00:01 [################################################################] 100%
glib2-2.42.2-1-x86_64 2.1 MiB 1455K/s 00:01 [################################################################] 100%
libsystemd-218-2-x86_64 122.0 KiB 1907K/s 00:00 [################################################################] 100%
binutils-2.25-2-x86_64 4.4 MiB 1161K/s 00:04 [################################################################] 100%
libunistring-0.9.5-1-x86_64 486.8 KiB 764K/s 00:01 [################################################################] 100%
gettext-0.19.4-1-x86_64 1872.5 KiB 704K/s 00:03 [################################################################] 100%
arch-install-scripts-15-1-any 7.2 KiB 0.00B/s 00:00 [################################################################] 100%
(29/29) checking keys in keyring [################################################################] 100%
(29/29) checking package integrity [################################################################] 100%
(29/29) loading package files [################################################################] 100%
(29/29) checking for file conflicts [################################################################] 100%
(29/29) checking available disk space [################################################################] 100%
( 1/29) upgrading linux-api-headers [################################################################] 100%
( 2/29) upgrading tzdata [################################################################] 100%
( 3/29) upgrading filesystem [################################################################] 100%
warning: directory ownership differs on /srv/ftp/
filesystem: 0:0 package: 0:11
warning: directory ownership differs on /var/games/
filesystem: 0:0 package: 0:50
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 59: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
/tmp/alpm_ccA1so/.INSTALL: line 65: grep: command not found
( 4/29) upgrading glibc [################################################################] 100%
warning: /etc/locale.gen installed as /etc/locale.gen.pacnew
Generating locales...
en_US.UTF-8... done
Generation complete.
( 5/29) upgrading gcc-libs [################################################################] 100%
( 6/29) upgrading e2fsprogs [################################################################] 100%
( 7/29) upgrading perl [################################################################] 100%
( 8/29) upgrading openssl [################################################################] 100%
( 9/29) upgrading krb5 [################################################################] 100%
(10/29) upgrading libidn [################################################################] 100%
(11/29) upgrading gmp [################################################################] 100%
(12/29) upgrading libtasn1 [################################################################] 100%
(13/29) upgrading ca-certificates-mozilla [################################################################] 100%
(14/29) upgrading curl [################################################################] 100%
(15/29) upgrading pacman-mirrorlist [################################################################] 100%
warning: /etc/pacman.d/mirrorlist installed as /etc/pacman.d/mirrorlist.pacnew
(16/29) upgrading archlinux-keyring [################################################################] 100%
==> Appending keys from archlinux.gpg...
gpg: 3 marginal(s) needed, 1 complete(s) needed, PGP trust model
gpg: depth: 0 valid: 1 signed: 5 trust: 0-, 0q, 0n, 0m, 0f, 1u
gpg: depth: 1 valid: 5 signed: 62 trust: 0-, 0q, 0n, 5m, 0f, 0u
gpg: depth: 2 valid: 62 signed: 5 trust: 62-, 0q, 0n, 0m, 0f, 0u
gpg: next trustdb check due at 2016-01-22
==> Locally signing trusted keys in keyring...
-> Locally signing key 0E8B644079F599DFC1DDC3973348882F6AC6A4C2...
-> Locally signing key 684148BB25B49E986A4944C55184252D824B18E8...
-> Locally signing key 44D4A033AC140143927397D47EFD567D4C7EA887...
-> Locally signing key 27FFC4769E19F096D41D9265A04F9397CDFD6BB0...
-> Locally signing key AB19265E5D7D20687D303246BA1DFB64FFF979E7...
==> Importing owner trust values...
==> Disabling revoked keys in keyring...
-> Disabling key F5A361A3A13554B85E57DDDAAF7EF7873CFD4BB6...
-> Disabling key 7FA647CD89891DEDC060287BB9113D1ED21E1A55...
-> Disabling key D4DE5ABDE2A7287644EAC7E36D1A9E70E19DAA50...
-> Disabling key BC1FBE4D2826A0B51E47ED62E2539214C6C11350...
-> Disabling key 9515D8A8EAB88E49BB65EDBCE6B456CAF15447D5...
-> Disabling key 4A8B17E20B88ACA61860009B5CED81B7C2E5C0D2...
-> Disabling key 63F395DE2D6398BBE458F281F2DBB4931985A992...
-> Disabling key 0B20CA1931F5DA3A70D0F8D2EA6836E1AB441196...
-> Disabling key 8F76BEEA0289F9E1D3E229C05F946DED983D4366...
-> Disabling key 66BD74A036D522F51DD70A3C7F2A16726521E06D...
-> Disabling key 81D7F8241DB38BC759C80FCE3A726C6170E80477...
-> Disabling key E7210A59715F6940CF9A4E36A001876699AD6E84...
==> Updating trust database...
gpg: next trustdb check due at 2016-01-22
(17/29) upgrading libgpg-error [################################################################] 100%
(18/29) upgrading libgcrypt [################################################################] 100%
(19/29) upgrading gnutls [################################################################] 100%
New optional dependencies for gnutls
guile: for use with Guile bindings
(20/29) upgrading gnupg [################################################################] 100%
(21/29) upgrading xz [################################################################] 100%
(22/29) upgrading lzo [################################################################] 100%
(23/29) upgrading pacman [################################################################] 100%
(24/29) upgrading glib2 [################################################################] 100%
(25/29) upgrading libsystemd [################################################################] 100%
(26/29) upgrading arch-install-scripts [################################################################] 100%
(27/29) upgrading binutils [################################################################] 100%
(28/29) upgrading libunistring [################################################################] 100%
(29/29) upgrading gettext [################################################################] 100%

[fsquillace]

This is not strictly a JuJu issue but of ArchLinux instead.

Indeed, when the package archlinux-keyring is installed pacman try to spawn the process gpg-agent that will stuck the JuJu session. If you kill the process the session will terminate successfully.

See the open files of the gpg agent:

[02:07:54 1 feel@myarch (master) juju $]> lsof -p 1982
COMMAND    PID USER   FD   TYPE             DEVICE SIZE/OFF     NODE NAME
gpg-agent 1982 feel  rtd    DIR                8,2     4096        2 /
gpg-agent 1982 feel  txt    REG               0,32  2098664  1018213 /tmp/prooted-1000-bB4oDh
gpg-agent 1982 feel  DEL    REG                8,3           1321750 /home/feel/.juju/usr/bin/gpg-agent
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3   164248  1340407 /home/feel/.juju/usr/lib/ld-2.21.so
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3  1607712  1345517 /home/feel/.juju/usr/lib/locale/loca$e-archive
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3  1984880  1340363 /home/feel/.juju/usr/lib/libc-2.21.s$
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3   142912  1340384 /home/feel/.juju/usr/lib/libpthread-$.21.so
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3    18880  1322673 /home/feel/.juju/usr/lib/libnpth.so.$.0.4
gpg-agent 1982 feel  mem    REG                8,3    72632  1322663 /home/feel/.juju/usr/lib/libassuan.s$.0.4.3
gpg-agent 1982 feel  DEL    REG                8,3           1322704 /home/feel/.juju/usr/lib/libgpg-erro$.so.0.13.0
gpg-agent 1982 feel  DEL    REG                8,3           1322672 /home/feel/.juju/usr/lib/libgcrypt.s$.20.0.2
gpg-agent 1982 feel    0r   CHR                1,3      0t0     1028 /dev/null
gpg-agent 1982 feel    1w   CHR                1,3      0t0     1028 /dev/null
gpg-agent 1982 feel    2w   CHR                1,3      0t0     1028 /dev/null
gpg-agent 1982 feel    3u  unix 0xffff8800079af480      0t0  1017718 /home/feel/.juju/etc/pacman.d/gnupg/$.gpg-agent type=STREAM

Regarding to your second question. I think it is feasible to produce a new JuJu image inside JuJu itself. I did not find a useful use case tough. If you feel that this feature might be useful for some cases let me know so I could think on implementing it.

Closing this issue. Feel free to reopen if it is needed.

Thank you,
Filippo