Change name of column in data. Update model formula to reflect column…

… name change.

PRTData.csv

@@ -1 +1 @@
-ID,Starve,Aphid,PRT,Censor101P,18,pea,14.55,1102P,15.91666667,pea,3.166666667,1103P,18,pea,1.033333333,1104P,15.41666667,bean,110.9833333,1105P,18.83333333,bean,13.68333333,1106P,23.83333333,pea,56.86666667,1107P,23.75,bean,215.8333333,1108P,4,pea,22.71666667,1109P,19.66666667,bean,351.45,1110P,4.666666667,bean,49.66666667,1111P,18.75,pea,26.08333333,1112P,18.83333333,pea,8.9,1113P,19.75,bean,383.2666667,1115P,14.91666667,pea,82.63333333,1116P,14.08333333,bean,1.516666667,1119P,8.166666667,pea,115.6166667,1120P,8.416666667,pea,65.2,1121P,2.25,pea,14.25,1122P,2.166666667,pea,344.15,1125P,3.25,pea,57.38333333,1126P,4.333333333,pea,68.1,1127P,23.98333333,bean,122.7,1128P,23.58333333,bean,522.6666667,1131P,4.5,pea,713.3666667,1132P,6.25,pea,65.21666667,1133P,11.83333333,bean,650.0666667,0134P,2.916666667,bean,0.333333333,1135P,13.41666667,bean,572.5,1136P,11.91666667,pea,19.85,0137P,12.91666667,pea,127.2166667,1138P,2.833333333,bean,254.5833333,1139P,4.75,pea,76.4,1140P,4.916666667,pea,36.8,1141P,6.833333333,bean,315.3166667,0142P,13.41666667,pea,162,0143P,6.333333333,bean,35.73333333,0148P,6.083333333,pea,111.2166667,1149P,6.333333333,pea,44.45,1150P,7.416666667,pea,18.75,1154P,3.083333333,bean,4.716666667,1156P,2.333333333,bean,31.05,1158P,8.083333333,pea,79.36666667,1159P,8.166666667,bean,143.3833333,1160P,12,bean,5.633333333,1161P,7.5,bean,529.75,1165P,10.16666667,bean,127.45,1166P,7.583333333,bean,8.933333333,1167P,10.25,bean,262.85,1168P,9.75,pea,49.21666667,1169P,10.66666667,pea,238.65,1170P,20.83333333,bean,0.516666667,1171P,4.916666667,bean,611.8666667,0172P,10.83333333,pea,49.6,1173P,12.41666667,pea,2.266666667,1174P,4.833333333,bean,164.1,1175P,20.08333333,pea,2.166666667,1176P,13.16666667,bean,0.35,1177P,12.25,pea,263.2166667,1178P,10.08333333,pea,17.3,0179P,9.833333333,pea,50.45,1180P,9.916666667,pea,95.2,1181P,9,bean,22.35,1182P,10.75,pea,9.05,1183P,12.25,bean,319.3333333,1184P,11.41666667,bean,1.4,1185P,4.833333333,bean,115.1666667,1186P,4.916666667,bean,28.85,1187P,9.666666667,bean,195.75,1189P,20.08333333,bean,2.316666667,1192P,5.166666667,pea,31.31666667,1201P,5,pea,0.283333333,1202P,18.08333333,pea,2.566666667,1203P,4.833333333,pea,3.283333333,1204P,18.16666667,pea,15.51666667,1205P,7.083333333,pea,0.916666667,1206P,16.33333333,bean,93.03333333,1208P,7,pea,31.23333333,1210P,16.41666667,bean,107.7666667,1211P,5.5,pea,19.68333333,1213P,4.583333333,bean,118.1833333,1214P,5.666666667,pea,20.95,1215P,8.416666667,bean,29.78333333,1216P,6.5,bean,108.3166667,1217P,8.583333333,bean,38.36666667,1219P,14.66666667,pea,5.316666667,1220P,15.66666667,pea,3.333333333,1221P,6.333333333,bean,40.58333333,1222P,8.333333333,bean,5.95,1223P,12.83333333,bean,131.8333333,1225P,2.666666667,bean,55.06666667,1226P,14.33333333,bean,48.16666667,1228P,2.5,bean,197.2,1230P,2,bean,39.55,157P,18.41666667,bean,220.8833333,158P,18,pea,5.95,159P,16.83333333,pea,8.266666667,160P,16.58333333,bean,318.35,161P,21,pea,97.41666667,162P,23.33333333,bean,195.35,163P,20.91666667,pea,41.85,164P,22.75,pea,7.416666667,165P,23.16666667,pea,26.31666667,166P,22.25,pea,19.36666667,167P,23.75,bean,43.63333333,168P,20.08333333,pea,15.08333333,169P,20.25,pea,5.633333333,170P,16.5,bean,15.63333333,171P,16.16666667,bean,13,172P,16,pea,10.36666667,173P,19,pea,1.1,174P,17.58333333,bean,17.98333333,175P,19.25,bean,2.083333333,176P,17.66666667,pea,5.333333333,177P,18.33333333,pea,20.15,180P,19.33333333,pea,16.8,181P,20.75,bean,7.583333333,182P,20.83333333,bean,18.33333333,183P,19.75,pea,6.933333333,185P,17.08333333,pea,18.25,187P,16.91666667,bean,45.76666667,191P,14.41666667,bean,21.61666667,197P,16.41666667,bean,122.3833333,198P,16.33333333,bean,2.883333333,199P,17.66666667,pea,7.816666667,1
+ID,Starve,Aphid,PRT,NotCensored101P,18,pea,14.55,1102P,15.91666667,pea,3.166666667,1103P,18,pea,1.033333333,1104P,15.41666667,bean,110.9833333,1105P,18.83333333,bean,13.68333333,1106P,23.83333333,pea,56.86666667,1107P,23.75,bean,215.8333333,1108P,4,pea,22.71666667,1109P,19.66666667,bean,351.45,1110P,4.666666667,bean,49.66666667,1111P,18.75,pea,26.08333333,1112P,18.83333333,pea,8.9,1113P,19.75,bean,383.2666667,1115P,14.91666667,pea,82.63333333,1116P,14.08333333,bean,1.516666667,1119P,8.166666667,pea,115.6166667,1120P,8.416666667,pea,65.2,1121P,2.25,pea,14.25,1122P,2.166666667,pea,344.15,1125P,3.25,pea,57.38333333,1126P,4.333333333,pea,68.1,1127P,23.98333333,bean,122.7,1128P,23.58333333,bean,522.6666667,1131P,4.5,pea,713.3666667,1132P,6.25,pea,65.21666667,1133P,11.83333333,bean,650.0666667,0134P,2.916666667,bean,0.333333333,1135P,13.41666667,bean,572.5,1136P,11.91666667,pea,19.85,0137P,12.91666667,pea,127.2166667,1138P,2.833333333,bean,254.5833333,1139P,4.75,pea,76.4,1140P,4.916666667,pea,36.8,1141P,6.833333333,bean,315.3166667,0142P,13.41666667,pea,162,0143P,6.333333333,bean,35.73333333,0148P,6.083333333,pea,111.2166667,1149P,6.333333333,pea,44.45,1150P,7.416666667,pea,18.75,1154P,3.083333333,bean,4.716666667,1156P,2.333333333,bean,31.05,1158P,8.083333333,pea,79.36666667,1159P,8.166666667,bean,143.3833333,1160P,12,bean,5.633333333,1161P,7.5,bean,529.75,1165P,10.16666667,bean,127.45,1166P,7.583333333,bean,8.933333333,1167P,10.25,bean,262.85,1168P,9.75,pea,49.21666667,1169P,10.66666667,pea,238.65,1170P,20.83333333,bean,0.516666667,1171P,4.916666667,bean,611.8666667,0172P,10.83333333,pea,49.6,1173P,12.41666667,pea,2.266666667,1174P,4.833333333,bean,164.1,1175P,20.08333333,pea,2.166666667,1176P,13.16666667,bean,0.35,1177P,12.25,pea,263.2166667,1178P,10.08333333,pea,17.3,0179P,9.833333333,pea,50.45,1180P,9.916666667,pea,95.2,1181P,9,bean,22.35,1182P,10.75,pea,9.05,1183P,12.25,bean,319.3333333,1184P,11.41666667,bean,1.4,1185P,4.833333333,bean,115.1666667,1186P,4.916666667,bean,28.85,1187P,9.666666667,bean,195.75,1189P,20.08333333,bean,2.316666667,1192P,5.166666667,pea,31.31666667,1201P,5,pea,0.283333333,1202P,18.08333333,pea,2.566666667,1203P,4.833333333,pea,3.283333333,1204P,18.16666667,pea,15.51666667,1205P,7.083333333,pea,0.916666667,1206P,16.33333333,bean,93.03333333,1208P,7,pea,31.23333333,1210P,16.41666667,bean,107.7666667,1211P,5.5,pea,19.68333333,1213P,4.583333333,bean,118.1833333,1214P,5.666666667,pea,20.95,1215P,8.416666667,bean,29.78333333,1216P,6.5,bean,108.3166667,1217P,8.583333333,bean,38.36666667,1219P,14.66666667,pea,5.316666667,1220P,15.66666667,pea,3.333333333,1221P,6.333333333,bean,40.58333333,1222P,8.333333333,bean,5.95,1223P,12.83333333,bean,131.8333333,1225P,2.666666667,bean,55.06666667,1226P,14.33333333,bean,48.16666667,1228P,2.5,bean,197.2,1230P,2,bean,39.55,157P,18.41666667,bean,220.8833333,158P,18,pea,5.95,159P,16.83333333,pea,8.266666667,160P,16.58333333,bean,318.35,161P,21,pea,97.41666667,162P,23.33333333,bean,195.35,163P,20.91666667,pea,41.85,164P,22.75,pea,7.416666667,165P,23.16666667,pea,26.31666667,166P,22.25,pea,19.36666667,167P,23.75,bean,43.63333333,168P,20.08333333,pea,15.08333333,169P,20.25,pea,5.633333333,170P,16.5,bean,15.63333333,171P,16.16666667,bean,13,172P,16,pea,10.36666667,173P,19,pea,1.1,174P,17.58333333,bean,17.98333333,175P,19.25,bean,2.083333333,176P,17.66666667,pea,5.333333333,177P,18.33333333,pea,20.15,180P,19.33333333,pea,16.8,181P,20.75,bean,7.583333333,182P,20.83333333,bean,18.33333333,183P,19.75,pea,6.933333333,185P,17.08333333,pea,18.25,187P,16.91666667,bean,45.76666667,191P,14.41666667,bean,21.61666667,197P,16.41666667,bean,122.3833333,198P,16.33333333,bean,2.883333333,199P,17.66666667,pea,7.816666667,1

server.R

@@ -3,13 +3,15 @@ library(survival)
 
 myData = read.csv("PRTData.csv")
 myData$Aphid = relevel(myData$Aphid, ref = "pea")
-model = coxph(Surv(PRT,Censor) ~ Aphid*Starve, data = myData)
+model = coxph(Surv(PRT,NotCensored) ~ Aphid*Starve, data = myData)
 
 shinyServer(function(input, output) {
 
   output$plot_predicted <- renderPlot({ 
     nd = data.frame(Aphid=c("pea","bean"), Starve=input$starve)
+    # Plot mean survival curves
     plot(survfit(model,newdata=nd),col=c(2,1),lwd=2,conf.int=F,xlim=c(0,720), xlab="Time (min)",ylab="Proportion Remaining in Patch")
+    # Plot 95% confidence intervals
     lines(survfit(model,newdata=nd),conf.int=T,col=c(2,1),lty=2,lwd=1.5)
     legend(500,1,legend = c("Bean Aphid","Pea Aphid"),lwd=2,col=c(1,2),bty="n")  
   })