/
23_AGGCAGAATATCCTCT.vcf
180 lines (180 loc) · 56 KB
/
23_AGGCAGAATATCCTCT.vcf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##fileDate=20151202
##source=freeBayes v0.9.20
##reference=./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa
##phasing=none
##commandline="freebayes -f ./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa -b /home/dnanexus/in/sorted_bams/0/23_AGGCAGAATATCCTCT_L002_R1_001.deduplicated.bam -0 --region CP000255.1:0-2872769"
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=technology.ILLUMINA,Number=A,Type=Float,Description="Fraction of observations supporting the alternate observed in reads from ILLUMINA">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
##bcftools_normVersion=1.2+htslib-1.2.1
##bcftools_normCommand=norm -f ./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1
CP000255.1 317 . A G 877.685 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.6488;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=3.34437;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=12;SAP=3.34437;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:26:0:0:26:999:-90.2942,-7.82678,0
CP000255.1 5010 . C G 788.34 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=24;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.8762;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=910;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=12.0581;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=13;SAP=3.37221;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:0:0:24:910:-82.2792,-7.22472,0
CP000255.1 34179 . T A 663.856 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=765;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=4.74748;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=11;SAP=3.44459;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0:0:20:765:-69.2325,-6.0206,0
CP000255.1 36581 . C T 12.9238 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.92347;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=298;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=20.3821;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:298:2:82:-6.43291,0,-25.8354
CP000255.1 88878 . C T 178.085 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:6:225:-20.625,-1.80618,0
CP000255.1 88883 . C A 182.669 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:6:230:-21.0833,-1.80618,0
CP000255.1 178576 . T C 591.557 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=678;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:678:-61.3967,-5.41854,0
CP000255.1 182746 . T G 583.114 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=4.1599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:669:-60.6035,-5.11751,0
CP000255.1 200524 . GT G 268.763 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1M1D7M;DP=11;DPB=12.8889;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=106.5;PQR=34.5;PRO=1;QA=321;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:9:321:-28.8791,-2.70927,0
CP000255.1 204060 . T A 740.91 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=7.63648;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.6195;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=39;RO=1;RPL=14;RPP=5.3706;RPPR=5.18177;RPR=9;RUN=1;SAF=12;SAP=3.10471;SAR=11;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:1:39:23:886:-76.2252,-1.94451,0
CP000255.1 214114 . C T 683.357 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0:0:20:781:-70.6805,-6.0206,0
CP000255.1 240358 . T A 406.177 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:470:-42.6917,-3.61236,0
CP000255.1 260357 . C T 628.685 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:719:-65.1094,-5.41854,0
CP000255.1 270510 . T C 334.931 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:389:-35.399,-3.0103,0
CP000255.1 274909 . T G 832.483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=24;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=6.26751;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.8762;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=954;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=6.26751;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:0:0:24:954:-86.2575,-7.22472,0
CP000255.1 275746 . A T 503.885 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=584;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:584:-52.9493,-4.51545,0
CP000255.1 292738 . A C 555.431 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=4.1599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=9.26925;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=3.13803;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:645:-58.4294,-5.11751,0
CP000255.1 357216 . C T 399.72 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=9;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:472:-42.8733,-3.61236,0
CP000255.1 376057 . C T 474.734 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:549:-49.8021,-4.21442,0
CP000255.1 376231 . T G 674.569 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=775;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=11;SAP=3.44459;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0:0:20:775:-70.1375,-6.0206,0
CP000255.1 381356 . G GAT 296.544 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1M2I11M;DP=12;DPB=20;DPRA=0;EPP=16.9077;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=5;PQA=180;PQR=180;PRO=5;QA=366;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:10:366:-32.9617,-3.0103,0
CP000255.1 425833 . A T 457.263 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=535;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=8.59409;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:535:-48.5321,-4.21442,0
CP000255.1 442809 . C T 398.812 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:471:-42.7825,-3.61236,0
CP000255.1 460966 . G A 63.0115 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:79:-7.505,-0.60206,0
CP000255.1 505431 . A C 933.818 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=4.25114;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.4214;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=9;SAP=10.7656;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:28:0:0:28:1071:-96.7725,-8.42884,0
CP000255.1 510054 . G T 867.858 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.6488;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=991;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=6.01695;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=14;SAP=3.34437;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:26:0:0:26:991:-89.5712,-7.82678,0
CP000255.1 518102 . G A 120.04 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0:0:4:152:-14.06,-1.20412,0
CP000255.1 518251 . T C 23.8053 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.4772;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=221;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6:221:2:79:-6.54392,0,-19.2973
CP000255.1 524248 . A G 599.815 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=15.074;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=705;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=7.35324;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:705:-63.8417,-5.41854,0
CP000255.1 525614 . TA T 443.023 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1M1D8M;DP=14;DPB=14.7;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=68;PQR=37;PRO=1;QA=518;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:518:-46.99,-4.21442,0
CP000255.1 542635 . G A 612.071 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=4.03889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=704;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=4.03889;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:704:-63.7305,-5.71957,0
CP000255.1 547050 . T A 399.989 . AB=0.823529;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.11551;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=539;QR=113;RO=3;RPL=5;RPP=5.49198;RPPR=3.73412;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:3:113:14:539:-46.61,0,-8.26167
CP000255.1 556082 . T C 470.344 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=5.49198;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:552:-50.0743,-4.21442,0
CP000255.1 556291 . T C 126.515 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0:0:4:159:-14.7075,-1.20412,0
CP000255.1 556349 . GC AT 49.391 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:71:-6.745,-0.60206,0
CP000255.1 593858 . AT A 673.081 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1M1D1M;DP=22;DPB=16.3333;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=54.5;PQR=20.5;PRO=0.5;QA=779;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.74748;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=13;SAP=6.91895;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0:0:20:779:-70.155,-6.0206,0
CP000255.1 610977 . C T 378.229 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:439:-39.9091,-3.31133,0
CP000255.1 611294 . G A 325.929 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=10.8276;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:390:-35.49,-3.0103,0
CP000255.1 614412 . G A 658.273 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=12.2676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=765;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=5.8675;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=10;SAP=3.12459;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:765:-69.2526,-5.71957,0
CP000255.1 658463 . AAT TAA 442.781 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X1M1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.51363;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:513:-46.5646,-3.91339,0
CP000255.1 680376 . T G 15.6063 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.5656;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=123;RO=3;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3:123:2:67:-5.85985,0,-10.9749
CP000255.1 712953 . T C 692.145 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=3.1137;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=796;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=3.1137;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=8.07707;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:796:-72.019,-6.32163,0
CP000255.1 728799 . A T 456.592 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=5.49198;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:529:-47.9879,-4.21442,0
CP000255.1 728831 . T A 403.452 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:467:-42.4192,-3.61236,0
CP000255.1 755378 . C T 464.794 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=8.59409;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:542:-49.1671,-4.21442,0
CP000255.1 778324 . G A 333.938 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=2;SAP=10.8276;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:397:-36.127,-3.0103,0
CP000255.1 794117 . C T 364.114 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=7.94546;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:430:-39.0909,-3.31133,0
CP000255.1 881854 . T A 40.8413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:62:-5.89,-0.60206,0
CP000255.1 895792 . A G 105.418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0:0:4:140:-12.95,-1.20412,0
CP000255.1 944539 . A T 585.189 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:673:-60.9439,-5.41854,0
CP000255.1 944692 . A T 452.582 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:522:-47.3529,-4.21442,0
CP000255.1 973708 . TA T 192.539 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1M1D1M;DP=7;DPB=5.66667;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=20;PQR=20;PRO=0.5;QA=232;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0:0:6:232:-20.8943,-1.80618,0
CP000255.1 1002955 . T C 618.639 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=18.6449;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.7277;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=761;QR=39;RO=1;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=10;RUN=1;SAF=12;SAP=4.74748;SAR=8;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:1:39:20:761:-64.9705,-1.09941,0
CP000255.1 1102506 . T C 354.993 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=422;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=9;SAP=12.6832;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:422:-38.3636,-3.31133,0
CP000255.1 1181875 . T C 689.274 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=11.386;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=12;SAP=3.94093;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:800:-72.381,-6.32163,0
CP000255.1 1191494 . T C 109.489 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.2108;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=607;RO=15;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=6.62942;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=10;SRP=6.62942;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15:607:6:235:-19.9545,0,-53.4475
CP000255.1 1215913 . T C 575.741 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=4.1599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=663;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=4.1599;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:663:-60.06,-5.11751,0
CP000255.1 1257895 . A T 742.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=3.10471;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4899;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=849;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.86001;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=10;SAP=3.86001;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:23:0:0:23:849:-76.7791,-6.92369,0
CP000255.1 1269542 . A T 281.022 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=14.8328;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:343:-31.2511,-2.70927,0
CP000255.1 1286986 . A G 314.507 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=10.8276;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=10.8276;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:383:-34.853,-3.0103,0
CP000255.1 1295497 . A G 608.067 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=15.074;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=710;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:710:-64.2944,-5.41854,0
CP000255.1 1304428 . G A 254.679 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0:0:8:309:-28.1963,-2.40824,0
CP000255.1 1325877 . TA T 402.843 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1M1D8M;DP=13;DPB=14;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=74;PQR=74;PRO=2;QA=469;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:469:-42.5708,-3.91339,0
CP000255.1 1354028 . C T 419.739 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=499;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=10;SAP=11.1951;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:499:-45.2938,-3.91339,0
CP000255.1 1355744 . T A 311.787 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=10.8276;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=378;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=6.48466;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:378:-34.398,-3.0103,0
CP000255.1 1363207 . A T 594.172 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:685:-62.0306,-5.41854,0
CP000255.1 1428907 . T A 52.2166 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.0233;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=223;RO=6;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=16.0391;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6:223:3:113:-9.76168,0,-19.6567
CP000255.1 1533312 . A T 327.568 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=10.8276;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:390:-35.49,-3.0103,0
CP000255.1 1544818 . A T 114.489 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.3621;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=318;RO=8;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=4.09604;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=3.44459;SAR=2;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8:318:5:191:-16.7682,0,-28.2137
CP000255.1 1544890 . A T 170.984 . AB=0.35;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.3706;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=269;QR=507;RO=13;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=3.17734;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=3.32051;SAR=4;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:13:507:7:269:-23.4631,0,-44.8888
CP000255.1 1594096 . G A 148.726 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:5:189:-17.388,-1.50515,0
CP000255.1 1594150 . G A 46.541 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:68:-6.46,-0.60206,0
CP000255.1 1600785 . C A 519.809 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=11;SAP=7.89611;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:605:-54.8281,-4.81648,0
CP000255.1 1630757 . T A 323.937 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=6.48466;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:384:-34.944,-3.0103,0
CP000255.1 1644084 . A T 23.7753 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.47026;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=150;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4:150:2:72:-6.20991,0,-13.2449
CP000255.1 1655257 . C CTT,T 254.317 . AB=0.666667,0.25;ABP=5.9056,9.52472;AC=1,1;AF=0.5,0.5;AN=2;AO=8,3;CIGAR=1M2I3M,1X3M;DP=12;DPB=16;DPRA=0,0;EPP=3.0103,3.73412;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.61116;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=1,0;PQA=34,0;PQR=0;PRO=0;QA=293,108;QR=41;RO=1;RPL=3,0;RPP=4.09604,9.52472;RPPR=5.18177;RPR=5,3;RUN=1,1;SAF=5,2;SAP=4.09604,3.73412;SAR=3,1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/2:12:1:41:8,3:293,108:-31.2607,-6.64118,-8.58865,-22.1445,0,-25.2373
CP000255.1 1748202 . T C 286.193 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=344;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=9.04217;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:344:-31.3422,-2.70927,0
CP000255.1 1765020 . A C 459.604 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=535;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=8.59409;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:535:-48.5321,-4.21442,0
CP000255.1 1857258 . C T 49.9844 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5093;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=324;RO=9;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=9.04217;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9:324:3:121:-10.0234,0,-28.2501
CP000255.1 1857276 . C T 12.9238 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.92347;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=301;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:301:2:82:-6.43291,0,-26.1092
CP000255.1 1876195 . A G 483.313 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=14.7363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=574;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:574:-52.0427,-4.51545,0
CP000255.1 1892698 . TG T 22.8297 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1D1M;DP=6;DPB=5.33333;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.25151;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=159;RO=4;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4:159:2:71:-6.11491,0,-14.0774
CP000255.1 1909914 . TA T 78.3034 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1M1D8M;DP=5;DPB=5.6;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.41129;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=19;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:3:106:-9.548,-0.90309,0
CP000255.1 1944161 . A G 431.322 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:506:-45.9292,-3.91339,0
CP000255.1 1957938 . C T 309.759 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:366:-33.3467,-2.70927,0
CP000255.1 1961241 . G C 79.5171 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0:0:3:104:-9.70667,-0.90309,0
CP000255.1 1961354 . C T 360.804 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=12.6832;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:430:-39.0909,-3.31133,0
CP000255.1 1997102 . A T 148.192 . AB=0.375;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.1224;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=375;RO=10;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=8.80089;SAR=1;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10:375:6:227:-19.8954,0,-33.212
CP000255.1 1997484 . A T 284.887 . AB=0.526316;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=10.8276;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=60.5199;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=353;RO=9;RPL=8;RPP=10.8276;RPPR=3.25157;RPR=2;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9:353:10:389:-34.645,0,-31.4082
CP000255.1 1997489 . G C 330.258 . AB=0.521739;ABP=3.10471;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.2763;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=422;RO=11;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=3.20771;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11:422:12:435:-38.7198,0,-37.5709
CP000255.1 2005011 . C T 594.613 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=6.20364;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=4.1599;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:686:-62.1435,-5.11751,0
CP000255.1 2026554 . C T 374.272 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:441:-40.0575,-3.61236,0
CP000255.1 2091181 . C T 279.754 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:335:-30.5222,-2.70927,0
CP000255.1 2102655 . C A 579.34 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=6;SAP=6.20364;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:667:-60.4224,-5.11751,0
CP000255.1 2117423 . G C 392.997 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=457;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:457:-41.5108,-3.61236,0
CP000255.1 2123176 . TA T 212.202 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1M1D7M;DP=7;DPB=7.11111;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=37;PQR=0;PRO=0;QA=253;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.32051;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0:0:7:253:-23.1314,-2.10721,0
CP000255.1 2134761 . T TA 271.051 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1M1I2M;DP=13;DPB=16.6667;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.59931;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=19;PQR=19;PRO=0.5;QA=370;QR=41;RO=1;RPL=2;RPP=10.8276;RPPR=5.18177;RPR=8;RUN=1;SAF=2;SAP=10.8276;SAR=8;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:1:41:10:370:-31.0426,0,-1.4384
CP000255.1 2150257 . G GC 438.782 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1M1I2M;DP=17;DPB=22;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7117;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=66;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=32;RO=1;RPL=6;RPP=4.31318;RPPR=5.18177;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:1:32:15:534:-45.205,-0.74236,0
CP000255.1 2203923 . C T 701.631 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=810;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=8.07707;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=12;SAP=3.94093;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:810:-73.2857,-6.32163,0
CP000255.1 2289358 . T C 433.138 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.51363;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:501:-45.4754,-3.91339,0
CP000255.1 2321775 . G A 398.002 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=461;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:461:-41.8742,-3.61236,0
CP000255.1 2322700 . T C 531.357 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=8;SAP=3.0103;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:612:-55.4625,-4.81648,0
CP000255.1 2347239 . GA G 308.049 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1M1D8M;DP=10;DPB=10.8;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=75;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:363:-33.033,-3.0103,0
CP000255.1 2372920 . A C 380.865 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.8345;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=39;RO=1;RPL=7;RPP=3.17734;RPPR=5.18177;RPR=6;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:1:39:13:485:-40.9548,0,-0.831708
CP000255.1 2374782 . A T 544.308 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=11;SAP=4.9405;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:634:-57.4122,-5.41854,0
CP000255.1 2414690 . G GT 453.499 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1M1I7M;DP=15;DPB=18.5;DPRA=0;EPP=10.1038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=35;PRO=1;QA=531;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:531:-48.144,-4.51545,0
CP000255.1 2451304 . C A 532.728 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=7.89611;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=7.89611;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=2;SAP=22.5536;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:644:-58.3625,-4.81648,0
CP000255.1 2456820 . T C 537.701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=3.0103;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:619:-56.0969,-4.81648,0
CP000255.1 2485596 . A G 530.026 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=614;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=7.89611;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=3.0103;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:614:-55.6438,-4.81648,0
CP000255.1 2488147 . C T 713.576 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=817;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.1137;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=3.1137;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:817:-73.919,-6.32163,0
CP000255.1 2627135 . TA AT 50.0487 . AB=0.375;ABP=4.09604;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5241;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=181;RO=5;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:5:181:3:108:-9.41995,0,-15.9919
CP000255.1 2632247 . C A 466.914 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=10.1038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:547:-49.5947,-4.51545,0
CP000255.1 2661680 . T C 600.216 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=700;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=10.7311;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:700:-63.3889,-5.41854,0
CP000255.1 2750134 . T C 11.1437 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.48597;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=273;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:273:2:80:-6.24291,0,-23.5542
CP000255.1 2865421 . G A 737.702 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.40511;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=13;SAP=4.58955;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0:0:22:845:-76.4341,-6.62266,0
CP000258.1 1913 . A TC 119.568 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1M1I1X;DP=6;DPB=9.5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=36.5;PQR=36.5;PRO=1;QA=159;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:4:159:-14.365,-1.20412,0
CP000258.1 1918 . A T 58.8936 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:81:-7.695,-0.60206,0
CP000258.1 8835 . GATA AATG 46.5437 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:68:-6.46,-0.60206,0
CP000258.1 9606 . A AT 27.6213 . AB=0.666667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1I7M;DP=3;DPB=3.25;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.48748;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=41;RO=1;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:1:41:2:74:-6.60403,0,-3.67403
CP000258.1 9632 . T A 84.1844 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0:0:3:109:-10.1733,-0.90309,0