/
sample_run.sh
91 lines (74 loc) · 2.43 KB
/
sample_run.sh
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method ATM \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_atm.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--email wshuai190@gmail.com \
--atm_key f4bc8cc0e17e8c4328c18ff0a89b5328d108 \
--depth 1 \
--device cpu
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method MetaMAP \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_metamap.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--depth 1 \
--device cpu
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method UMLS \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_umls.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--depth 1 \
--device cpu
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method Atomic-BERT \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--model_dir model/checkpoint-80000/ \
--tokenizer_name_or_path dmis-lab/biobert-v1.1 \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_atomic.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--email wshuai190@gmail.com \
--email wshuai190@gmail.com \
--depth 1 \
--device cpu
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method Semantic-BERT \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--model_dir model/checkpoint-80000/ \
--tokenizer_name_or_path dmis-lab/biobert-v1.1 \
--semantic_model_path model/PubMed-w2v.bin \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_semantic.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--email wshuai190@gmail.com \
--interpolation_depth 20 \
--depth 1 \
--device cpu
python3 -m meshsuggestlib \
--output_dir model/ \
--method Fragment-BERT \
--dataset clef-tar-processed/new_query \
--model_dir model/checkpoint-80000/ \
--tokenizer_name_or_path dmis-lab/biobert-v1.1 \
--cache_dir cache/ \
--output_file result/new_query_fragment.tsv \
--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2017/train/data.qrels \
--email wshuai190@gmail.com \
--depth 1 \
--interpolation_depth 20 \
--device cpu
#python3 -m meshsuggestlib \
#--evaluate_run \
#--output_dir model/ \
#--qrel_file data/clef-tar-processed/CLEF-2018/testing/data.qrels \
#--output_file result/semantic_bert_2018_2.tsv