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Command line: [exonerate -m ungapped:trans ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
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Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: ungapped:codon
Raw score: 2151
Query range: 1228 -> 1
Target range: 1318047 -> 1319274
1228 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1174
ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
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ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
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1173 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1117
sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
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sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
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roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
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roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
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LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
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LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
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1005 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 949
uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
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uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
1318271 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 1318327
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erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
1318328 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 1318381
894 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 838
SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
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SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
1318382 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 1318438
837 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 781
uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
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uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
1318439 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 1318495
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lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
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726 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 670
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
1318550 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 1318606
669 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 613
rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
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rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
1318607 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 1318663
612 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 559
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
1318664 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 1318717
558 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 502
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
1318718 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 1318774
501 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 445
uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
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uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
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444 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 391
laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
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laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
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ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
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ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
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333 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 277
nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
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nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
1318943 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 1318999
276 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 223
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
1319000 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 1319053
222 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 166
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
1319054 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 1319110
165 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 109
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
1319111 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 1319167
108 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 55
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
1319168 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 1319221
54 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 2
SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
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SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
1319222 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 1319274
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: ungapped:codon
Raw score: 2106
Query range: 0 -> 1230
Target range: 1319275 -> 1318045
1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 55
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
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MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221
56 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 112
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 166
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110
167 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 223
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053
224 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 280
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 334
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942
335 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 391
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885
392 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 448
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 502
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774
503 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 559
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717
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nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 670
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606
671 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 727
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549
728 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 784
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 838
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438
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LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381
896 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 952
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
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sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1006
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270
1007 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1063
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
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ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213
1064 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1120
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
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rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1174
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
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leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102
1175 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1230
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
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IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046
C4 Alignment:
------------
Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
Model: ungapped:codon
Raw score: 2072
Query range: 1230 -> 0
Target range: 1318045 -> 1319275
1230 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1176
LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
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LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
1318046 : CTACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTT : 1318100
1175 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1119
eAlaValIleCysThrPheCysLeuAspTyr***PheAlaAla***IleIleTyrV
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eAlaValIleCysThrPheCysLeuAspTyr***PheAlaAla***IleIleTyrV
1318101 : TGCAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATG : 1318157
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alGlnArg***IlePheTrp***GlyGlyAspLeuPheGluAsnValValAlaArg
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alGlnArg***IlePheTrp***GlyGlyAspLeuPheGluAsnValValAlaArg
1318158 : TCCAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGA : 1318211
1064 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1008
ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
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ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
1318212 : CGCTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTC : 1318268
1007 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 951
rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
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rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
1318269 : GAATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGA : 1318325
950 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 897
leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
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leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
1318326 : TTCAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTT : 1318379
896 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 840
GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
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GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
1318380 : GGTCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGG : 1318436
839 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 783
yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
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yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
1318437 : GAAGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGG : 1318493
782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 729
alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
1318494 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA : 1318547
728 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 672
ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
1318548 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318604
671 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 615
rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
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rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
1318605 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT : 1318661
614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 561
heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
1318662 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT : 1318715
560 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 504
Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
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Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
1318716 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT : 1318772
503 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 447
uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
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uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
1318773 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA : 1318829
446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 393
rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
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rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318883
392 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 336
PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
1318884 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT : 1318940
335 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 279
eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
1318941 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997
278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 225
*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
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*****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319051
224 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 168
ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
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ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
1319052 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319108
167 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 111
rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
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rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
1319109 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165
110 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 57
laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
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laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319219
56 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1
LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
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LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
1319220 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275
-- completed exonerate analysis