/
aminoacids.hdb
518 lines (518 loc) · 8.68 KB
/
aminoacids.hdb
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
HOH 1
2 7 HW OW
HO4 1
3 10 HW OW
ACE 1
3 4 HH3 CH3 C O
NME 2
1 1 H N -C CH3
3 4 HH3 CH3 N -C
NHE 1
2 3 H N -C -CA
NH2 1
2 3 H N -C -CA
ALA 3
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
3 4 HB CB CA N
GLY 2
1 1 H N -C CA
2 6 HA CA N C
SER 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA OG
1 2 HG OG CB CA
THR 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 OG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
1 2 HG1 OG1 CB CA
LEU 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 5 HG CG CB CD1 CD2
3 4 HD1 CD1 CG CB
3 4 HD2 CD2 CG CB
ILE 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 CG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
2 6 HG1 CG1 CB CD
3 4 HD CD CG1 CB
VAL 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG1 CG2
3 4 HG1 CG1 CB CA
3 4 HG2 CG2 CB CA
ASN 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 3 HD2 ND2 CG CB
GLN 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 3 HE2 NE2 CD CG
ARG 8
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG NE
1 1 HE NE CD CZ
2 3 HH1 NH1 CZ NE
2 3 HH2 NH2 CZ NE
HID 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
HIE 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
HIP 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
TRP 9
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG NE1
1 1 HE1 NE1 CD1 CE2
1 1 HZ2 CZ2 CE2 CH2
1 1 HH2 CH2 CZ2 CZ3
1 1 HZ3 CZ3 CH2 CE3
1 1 HE3 CE3 CZ3 CD2
PHE 8
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 1 HZ CZ CE1 CE2
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
TYR 8
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 2 HH OH CZ CE1
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
GLU 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
ASP 3
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
LYS 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG CE
2 6 HE CE CD NZ
3 4 HZ NZ CE CD
ORN 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG NE
3 4 HE NE CD CG
DAB 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB ND
3 4 HD ND CG CB
LYN 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG CE
2 6 HE CE CD NZ
2 3 HZ NZ CE CD
PRO 4
2 6 HD CD N CG
2 6 HG CG CD CB
2 6 HB CB CG CA
1 5 HA CA N CB C
HYP 5
2 6 HD2 CD2 N CG
1 5 HG CG CD2 OD1 CB
1 2 HD1 OD1 CG CD2
2 6 HB CB CG CA
1 5 HA CA N CB C
CYS 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
1 2 HG SG CB CA
CYM 3
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
CYX 3
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
CYS2 3
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
MET 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB SD
3 4 HE CE SD CG
ASH 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 2 HD2 OD2 CG CB
GLH 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
1 2 HE2 OE2 CD CG
CALA 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
3 4 HB CB CA N
1 1 OC1 C CA OC2
CGLY 3
1 1 H N -C CA
2 6 HA CA N C
1 1 OC1 C CA OC2
CSER 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA OG
1 2 HG OG CB CA
1 1 OC1 C CA OC2
CTHR 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 OG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
1 2 HG1 OG1 CB CA
1 1 OC1 C CA OC2
CLEU 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 5 HG CG CB CD1 CD2
3 4 HD1 CD1 CG CB
3 4 HD2 CD2 CG CB
1 1 OC1 C CA OC2
CILE 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 CG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
2 6 HG1 CG1 CB CD
3 4 HD CD CG1 CB
1 1 OC1 C CA OC2
CVAL 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG1 CG2
3 4 HG1 CG1 CB CA
3 4 HG2 CG2 CB CA
1 1 OC1 C CA OC2
CASN 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 3 HD2 ND2 CG CB
1 1 OC1 C CA OC2
CGLN 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 3 HE2 NE2 CD CG
1 1 OC1 C CA OC2
CARG 9
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG NE
1 1 HE NE CD CZ
2 3 HH1 NH1 CZ NE
2 3 HH2 NH2 CZ NE
1 1 OC1 C CA OC2
CHID 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
1 1 OC1 C CA OC2
CHIE 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
1 1 OC1 C CA OC2
CHIP 8
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
1 1 OC1 C CA OC2
CTRP 10
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG NE1
1 1 HE1 NE1 CD1 CE2
1 1 HZ2 CZ2 CE2 CH2
1 1 HH2 CH2 CZ2 CZ3
1 1 HZ3 CZ3 CH2 CE3
1 1 HE3 CE3 CZ3 CD2
1 1 OC1 C CA OC2
CPHE 9
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 1 HZ CZ CE1 CE2
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
1 1 OC1 C CA OC2
CTYR 9
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 2 HH OH CZ CE1
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
1 1 OC1 C CA OC2
CGLU 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
1 1 OC1 C CA OC2
CASP 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 OC1 C CA OC2
CLYS 8
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG CE
2 6 HE CE CD NZ
3 4 HZ NZ CE CD
1 1 OC1 C CA OC2
CPRO 5
2 6 HD CD N CG
2 6 HG CG CD CB
2 6 HB CB CG CA
1 5 HA CA N CB C
1 1 OC1 C CA OC2
CCYS 5
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
1 2 HG SG CB CA
1 1 OC1 C CA OC2
CCYX 4
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
1 1 OC1 C CA OC2
CMET 6
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB SD
3 4 HE CE SD CG
1 1 OC1 C CA OC2
NALA 3
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
3 4 HB CB CA N
NGLY 2
3 4 H N CA C
2 6 HA CA N C
NSER 4
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA OG
1 2 HG OG CB CA
NTHR 5
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 OG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
1 2 HG1 OG1 CB CA
NLEU 6
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 5 HG CG CB CD1 CD2
3 4 HD1 CD1 CG CB
3 4 HD2 CD2 CG CB
NILE 6
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG2 CG1
3 4 HG2 CG2 CB CA
2 6 HG1 CG1 CB CD
3 4 HD CD CG1 CB
NVAL 5
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
1 5 HB CB CA CG1 CG2
3 4 HG1 CG1 CB CA
3 4 HG2 CG2 CB CA
NASN 4
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 3 HD2 ND2 CG CB
NGLN 5
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 3 HE2 NE2 CD CG
NARG 8
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG NE
1 1 HE NE CD CZ
2 3 HH1 NH1 CZ NE
2 3 HH2 NH2 CZ NE
NHID 6
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
NHIE 6
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
NHIP 7
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 ND1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 ND1 NE2
1 1 HE2 NE2 CE1 CD2
1 1 HD2 CD2 CG NE2
NTRP 9
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG NE1
1 1 HE1 NE1 CD1 CE2
1 1 HZ2 CZ2 CE2 CH2
1 1 HH2 CH2 CZ2 CZ3
1 1 HZ3 CZ3 CH2 CE3
1 1 HE3 CE3 CZ3 CD2
NPHE 8
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 1 HZ CZ CE1 CE2
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
NTYR 8
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
1 1 HD1 CD1 CG CE1
1 1 HE1 CE1 CD1 CZ
1 2 HH OH CZ CE1
1 1 HE2 CE2 CZ CD2
1 1 HD2 CD2 CG CE2
NGLU 4
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
NASP 3
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
NLYS 7
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB CD
2 6 HD CD CG CE
2 6 HE CE CD NZ
3 4 HZ NZ CE CD
NPRO 5
2 6 H N CA CD
2 6 HD CD N CG
2 6 HG CG CD CB
2 6 HB CB CG CA
1 5 HA CA N CB C
NCYS 4
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
1 2 HG SG CB CA
NCYX 3
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA SG
NMET 5
3 4 H N CA CB
1 5 HA CA N CB C
2 6 HB CB CA CG
2 6 HG CG CB SD
3 4 HE CE SD CG