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Misurazione vaccinati in seguito all'inserimento della categoria ''Pregressa infezione" #179

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fede4096 opened this issue Jul 5, 2021 · 16 comments

Comments

@fede4096
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fede4096 commented Jul 5, 2021

Ciao a tutta la comunità che scarica e analizza questi dati,

vorrei avere una conferma sul calcolo dei vaccinati ora che è stato inserito il campo in descrizione.

Il numero dei vaccinati con almeno una dose sarà ora uguale a:

VACCINATI CON ALMENO UNA DOSE = MONODOSE JANSSEN + PRIMA DOSE (- MONODOSE JANSSEN) + PREGRESSA INFEZIONE ?

mentre il numero dei vaccinati che non richiedono (per il momento) ulteriori dosi è uguale a:

VACCINATI COMPLETAMENTE = MONODOSE JANSSEN + SECONDA DOSE + PREGRESSA INFEZIONE ?

Grazie in anticipo per eventuali risposte

@vi-enne
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vi-enne commented Jul 5, 2021

Si, o semplificando

VACCINATI CON ALMENO UNA DOSE = PRIMA DOSE + PREGRESSA INFEZIONE
VACCINATI COMPLETAMENTE = MONODOSE JANSSEN + SECONDA DOSE + PREGRESSA INFEZIONE

Di fatto, una quota di prima_dose e' stata spostata in pregressa_infezione.

@keru32
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keru32 commented Jul 5, 2021

Ci son dei problemi con i nuovi numeri. Tutte le regioni han visto ridursi il numero di somministrazioni rispetto a ieri (non ho ben capito il perchè). In particolare, le somme non tornano più. Dai dati qui su githug in Veneto son state somministarte in tutto 4,284,581 dosi, mentre invece sulla pagina principale del ministero le dosi somministrate riultano 4.396.435. La differenza è 111,854, corrispondente alle "pregresse infezioni", tuttavia per quanto possa essere corretto dal punto di vista sanitario, dal punto di vista contabile in tutte le regioni c'è un mismatch tra le dosi effettivamente somministrate. Non credo che si possa considerare una "pregressa infezione" come una dose "pfizer" a chi ha ricevuto una prima dose pfizer ma che nel caso specifico conta come seconda. Dal punto di vita sanitario lui ha completato il ciclo (infezione+pfizer), ma dal punto di vista contabile risulta come (vaccinato + vaccinato). Basti vedere il portale del sole24ore o repubblica dove regione per regione non c'è corrispondenza tra le "somministrazioni totali" e ("prime dosi"+"seconde dosi").
Consiglio di riorganizzare i dati con una colonna ai vaccinati con prima dose (reali, cioè quelli non aventi tamponi positivi antecedenti), una colonna monodose per i J&J (ai non aventi tamponi positivi antecedenti), una colonna per i "ultima dose a chi era stato precedentemente infettato", e una colonna di "seconde dosi a chi non è mai satto infettato".
dati prima delle 10 del 5-07
dati dopo le 21 del 5-07

Come si nota qui tutte le regioni han visto le dosi di Pfizer omministrate diminuire nel corso della giornata.
Grazie.

@vi-enne
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vi-enne commented Jul 5, 2021

Con la recente modifica:
Somministrazioni totali = prima_dose + seconda_dose + pregressa_infezione

Infatti, il precedente campo (chiamiamolo prima_dose_old) è stato diviso in due
prima_dose_old = prima_dose + pregressa_infezione

Molti sistemi non hanno ancora recepito la modifica e per questo risultano discrepanze.

@keru32
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keru32 commented Jul 5, 2021

Capito, in effetti pensandoci è corretto e sto aggiornando il file excel. Magari rinomina la colonna in "Dose a infettati pregressi", per render chiaro in da subito che si tratta di somministrazioni (uniche) a soggetti che han avuto un tampone positivo.
Ad ogni modo grazie.

@vi-enne
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vi-enne commented Jul 5, 2021

Di niente, magari chi gestisce la repo potrà apportare qualche miglioria per rendere più chiara l'interpretazione dei dati.
Per adesso non possiamo fare altro che interpretare la logica dietro le modifiche e adattare i nostri codici di conseguenza :)

@porfeg
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porfeg commented Jul 6, 2021

Buongiorno, la nuova colonna "pregressa_infezione" però non dice se una persona ha fatto anche la prima dose oppure no. Messa così ha poco siginificato, perchè se ha fatto la prima dose allora la persona è contabilmente "Vaccianata" ma se non ha fatto ancora nessuna dose non si può contare. Inoltre la nuvoa colonna è stata sommata alle "Dosi somministrate" che cionteccutalmente non ha senso

@ghost
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ghost commented Jul 6, 2021

Buongiorno, la nuova colonna "pregressa_infezione" però non dice se una persona ha fatto anche la prima dose oppure no. Messa così ha poco siginificato, perchè se ha fatto la prima dose allora la persona è contabilmente "Vaccianata" ma se non ha fatto ancora nessuna dose non si può contare. Inoltre la nuvoa colonna è stata sommata alle "Dosi somministrate" che cionteccutalmente non ha senso

La colonna pregressa_infezione si riferisce a persone che hanno fatto solo la prima dose e che vanno considerate come completamente vaccinate. Prima che venisse creata questa colonna queste 725 mila persone erano inserite in prima_dose. Quindi è anche giusto sommare alle dosi somministrate.

@floatingpurr
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A supporto del fatto che pregressa_infezione NON sia già incluso in prima dose, c'è la consistenza dei dati presentati nei file di questo repo:

sesso_maschile + sesso_femminile = prima_dose + seconda_dose + pregressa_infezione (= totale)

@jenkin
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Member

jenkin commented Jul 6, 2021

Diciamolo chiaramente: siamo davanti a un dataset in cui la colonna prima_dose non contiene il numero di prime dosi somministrate. E non è documentato! Al di là di tutti i calcoli che possiamo fare, una follia semantica.

@porfeg
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porfeg commented Jul 6, 2021

Buongiorno, la nuova colonna "pregressa_infezione" però non dice se una persona ha fatto anche la prima dose oppure no. Messa così ha poco siginificato, perchè se ha fatto la prima dose allora la persona è contabilmente "Vaccianata" ma se non ha fatto ancora nessuna dose non si può contare. Inoltre la nuvoa colonna è stata sommata alle "Dosi somministrate" che cionteccutalmente non ha senso

La colonna pregressa_infezione si riferisce a persone che hanno fatto solo la prima dose e che vanno considerate come completamente vaccinate. Prima che venisse creata questa colonna queste 725 mila persone erano inserite in prima_dose. Quindi è anche giusto sommare alle dosi somministrate.

OK, ma se io lo metto nelle dosi somminsitrate, mi risulta che ho in magazzino delle scorte di vaccino inferiori a quelle che realmente ho. Il valore della nuova colonna deve essere eventualmente sommata alle persone che hanno finito il percorso vaccianle. e basta.

@camicius
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camicius commented Jul 6, 2021

OK, ma se io lo metto nelle dosi somminsitrate, mi risulta che ho in magazzino delle scorte di vaccino inferiori a quelle che realmente ho. Il valore della nuova colonna deve essere eventualmente sommata alle persone che hanno finito il percorso vaccianle. e basta.

c'è qualcuno (tipo PAT, con Pfizer) che è regolarmente con scorte negative. Oppure vengono aggiornate con ritardo le consegne.
Quanto dice @floatingpurr è la dimostrazione effettiva che le dosi somministrate sono prima_dose+seconda_dose+pregressa_infezione, oppure, se preferisci sesso_maschile+sesso_femminile, che dà lo stesso identico risultato.

@jenkin
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Member

jenkin commented Jul 6, 2021

Direi che non ci sono più dubbi, nella dashboard ufficiale il calcolo del totale delle dosi somministrate viene fatto come indicato in questa issue, quindi come somma di prime dosi, seconde dosi e pregressa infezione.

Screenshot_20210706_105517

@keru32
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keru32 commented Jul 6, 2021

Mi auguro che questo file Excel possa chiarire dei dubbi a chi ne ha (credo di aver interpretato correttamente le linee guida). Scaricatelo pure (fornite autorizzazioni e sugli indirizzi github scegliete quello più lungo) e se avete perplessità scrivete pure. Il file si aggiorna in automatico ad ogni apertura.
vaccini 4.0.xlsx
->Qui un link da cui scaricare nuove verioni se dovese cambiare il dataset https://bit.ly/3tlITv6

@cdaskala
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If those "prior infections" have already received a shot, then of course they should be counted in the total # of vaccines administered ("Totale somministrazioni"). But I think it is VERY inappropriate to count those "prior infections" as "fully vaccinated" ("Totale persone vaccinate") as the website does. We really don't know what level of protection a prior infection confers and for how long. In fact, the practice in many countries is to encourage completion of vaccination (2nd dose) after a period of recovery (2-3 months). So, this misleading and falsely inflates vaccination coverage.

@keru32
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keru32 commented Jul 14, 2021

If those "prior infections" have already received a shot, then of course they should be counted in the total # of vaccines administered ("Totale somministrazioni"). But I think it is VERY inappropriate to count those "prior infections" as "fully vaccinated" ("Totale persone vaccinate") as the website does. We really don't know what level of protection a prior infection confers and for how long. In fact, the practice in many countries is to encourage completion of vaccination (2nd dose) after a period of recovery (2-3 months). So, this misleading and falsely inflates vaccination coverage.

Here there is a data collection, nothing more. Here nobody decides clinical procedures, we apply the minister decision.

@cdaskala
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If those "prior infections" have already received a shot, then of course they should be counted in the total # of vaccines administered ("Totale somministrazioni"). But I think it is VERY inappropriate to count those "prior infections" as "fully vaccinated" ("Totale persone vaccinate") as the website does. We really don't know what level of protection a prior infection confers and for how long. In fact, the practice in many countries is to encourage completion of vaccination (2nd dose) after a period of recovery (2-3 months). So, this misleading and falsely inflates vaccination coverage.

Here there is a data collection, nothing more. Here nobody decides clinical procedures, we apply the minister decision.

Yes, I know. I just wanted to point this out. Thank you.

@vi-enne vi-enne mentioned this issue Sep 14, 2021
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