forked from CSB5/Recovery_Determinants_Study
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Suppl5_CA.txt
59 lines (59 loc) · 16.1 KB
/
Suppl5_CA.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
P10E0 P10E7 P10E90 P11E0 P11E7 P11E90 P13E0 P13E7 P13E90 P17E0 P17E7 P17E90 P18E0 P18E7 P18E90 P12E0 P12E7 P12E90 P14E0 P14E7 P14E90 P15E0 P15E7 P15E90 P19E0 P19E7 P19E90 P20E0 P20E7 P20E90 P21E0 P21E7 P21E90 P2E0 P2E7 P2E90 P4E0 P4E7 P4E90 P5E0 P5E7 P5E90
Bacteroides vulgatus 1.243284219 1.235 1.273115778 1.242250138 1.133439773 1.251105623 1.156750265 1.243449782 1.028090738 1.384120648 1.223228658 1.429656327 1.209304927 0.977926688 1.171932001 NA NA NA 1.232541234 1.230299935 1.361249128 1.506704081 1.467559576 1.415253261 1.238055786 1.24263356 1.043164637 1.139264679 1.314329607 1.187438617 1.287689857 1.310077218 1.168095732 1.128964678 1.14488505 1.220111325 1.444626812 1.381949291 1.294095951 1.13516725 1.160771778 1.211204543
Faecalibacterium prausnitzii 1.263406938 1.101345292 1.242731326 1.180722892 1.14334471 1.139941691 1.238498789 1.211514755 1.153561675 1.223128167 1.219895288 1.196727143 1.190094581 1.1986231 1.182171636 1.183175878 1.069856986 1.184235977 1.20508744 1.248868778 1.274468085 1.185267118 1.134422132 1.190000079 1.153701968 1.163116759 1.109559165 1.009618482 NA 1.15827511 NA 1.185840708 NA 1.08280215 1.060629317 1.18078909 1.453737812 NA 1.167095116 1.126005385 1.160955751 1.081632653
Odoribacter splanchnicus 1.006081668 1 0.98281092 0.987179487 0.927853348 0.956896552 1.007454739 1.063552281 1.066804985 1.055131392 1.126760563 1.021020219 0.983706721 0.96069869 0.971764706 NA NA NA 1.007751938 1.008040713 1.113529198 1.158357771 1.176282051 1.152700186 1.000281924 1 1.019187339 NA NA NA 0.987841945 1.001259446 0.994555031 0.978812037 1 0.982803662 NA NA NA 1.050629247 1.174690377 1.214433206
Parabacteroides distasonis 0.994590417 0.885763721 1.0649216 0.993830969 1.008455715 1.046204453 1.127445796 1.164997719 1.21001221 1.151759334 1.102750389 1.12085343 1.088888889 1.152068127 1.111818182 NA NA NA 1.097560976 1.142337095 1.218827008 1.269953052 1.239930746 1.280560283 0.923513082 0.944206009 0.861528216 NA NA NA 1.031954887 1.080218647 0.982331482 1.140546006 1.168263473 1.079918033 NA NA NA 0.9123365 0.92837728 1.035768601
butyrate-producing bacterium SS3/4 1.168732935 NA 1.157465496 1.120689655 1.051948052 NA 1.216666667 1.202247191 1.245762712 1.133333333 NA 1.167664671 1.174075234 1.161176471 1.132510128 1.219614417 NA 1.180396491 1.114035088 1.148125579 1.200363546 1.292207792 0.801555409 1.197353831 1.25465457 1.142857143 1.168421053 1.107441861 0.984375 1.187510101 NA NA NA 1.287925648 1.233330332 NA NA NA NA 1.072580645 1.222222222 1.142857143
Alistipes shahii 1.06039646 1.041044776 1.02681566 1.048876288 1.060352103 1.044635047 1.032649315 1.088609759 1.075956617 1.057626643 1.086183336 1.066075615 1.007143984 0.964818003 1.052679382 NA NA NA 1.009999246 1.026201064 1.072972358 1.144607954 1.131211216 1.094127458 1.018326648 1.020543705 1.048245547 NA NA NA 1.007471649 1.020915903 1.002663705 1.124796598 1.122916247 1.097955507 NA NA NA NA NA NA
Bifidobacterium longum 1.228357241 1.166675008 1.2 1.153846154 NA 1.225801673 1.160376522 1.197052158 1.226130175 1.364942656 NA 1.297580446 1.147613412 1.143495235 1.139881996 NA NA 1.151137684 NA 1.201496934 1.238063039 1.228675333 1.258205262 1.292553343 NA 1.266775434 NA 1.271786589 NA NA 1.485722436 NA 1.276595299 NA NA NA 1.359429387 1.333332624 1.303847004 1.363969156 0.999994693 1.188306636
Streptococcus thermophilus 1.390243902 1.318681319 1.205055069 NA 1.333333333 1.333333333 1.295429795 1.142857143 1.18522153 NA NA 1.317436042 1.17936982 1.114173172 1.294158609 NA NA 1.25 NA NA 1.147688969 1.183604562 NA 1.160290235 1.26466847 1.175965554 1.268585565 1.128002436 1.202898499 1.157518752 1.144697417 NA 1.283967319 NA NA NA 1.227135149 1.317919098 NA 1.159926079 1.162854635 1.097910348
Escherichia coli 1.52461451 1.375002515 1.658822212 1.540088445 NA 1.482117582 1.607977581 NA NA 1.842906403 NA 1.445572243 1.406574871 1.455219289 1.362385399 1.362133736 1.678824341 NA 1.663305018 1.638112829 1.47616693 NA 1.584491968 NA NA 1.555159126 NA 1.421951279 1.499710586 1.362260336 1.3142806 1.555807011 1.445929568 NA NA NA 1.623843481 1.556160609 1.389430183 NA NA NA
Eubacterium eligens 0.963855422 0.990291262 1.047015536 NA NA NA 0.853080569 0.905790183 0.981572482 1.023076923 1.032258065 0.971014493 NA NA NA 0.975903615 NA 0.994495894 0.973451327 1.012820513 0.993173007 1.009259259 1.05 0.989847716 1.009000621 0.959147425 1.024545455 NA NA NA 0.953271028 0.944137931 1 0.929174789 0.971204189 1.024211587 0.980096139 NA NA NA NA NA
Eubacterium rectale 1.099468508 NA 0.971974792 1.019607843 NA 1.054458065 1.117910926 NA 1.073621333 1.137275064 1.089371912 1.090243902 1.048180387 NA 1.134210526 NA NA 1.063024811 1.146859083 NA 1.141659682 1.196898966 NA 1.10626151 1.069064748 NA 1.088456797 1.083613724 NA NA 1.101910828 NA NA 1.055913979 1.083743842 NA 1.185553886 NA 1.076215648 1.187310933 1.225 1.079510703
butyrate-producing bacterium SSC/2 1.022203225 NA 1.146788991 1 NA 1.041666667 1.054054054 1.142857143 1.055045872 1.235294118 NA 1.125 1.046511628 NA 1.014705882 1.12195122 NA 1.076628353 NA NA 1.079691626 1.027027027 NA 1.099143479 1.083322143 NA NA 1.072555205 NA 1.084 NA NA NA 1.110236221 1.103448276 1.098765432 1.230769231 NA 1.090670086 1.159950387 NA 1
Eggerthella lenta 1.181876609 1.125001698 1.298450511 1.333333333 1.260869565 1.224934931 NA NA NA 1.115038941 1.181541795 1.240740741 1.260624268 1.090909091 1.401188639 1.346153846 NA 1.283140856 NA NA NA NA NA 1.2 NA NA NA NA NA NA 1.212897903 1.171377361 1.049525498 NA NA 1.416666667 1.316666667 1.166666667 1.338396857 1.342898807 1.340709137 1.310344828
Eubacterium siraeum 1.203787559 1.345633714 1.094658789 NA NA 1.333333333 1.211460856 1.027777778 1.16798419 1.219354839 1.358007449 1.327272727 1.266044989 1.05898525 1.104731147 1.143497758 1.157894737 NA 1.160130719 1.10873106 1.131313131 NA NA 1.245283019 1.204545455 1.285714286 1.190476191 NA NA NA 1.208043478 1.170624067 1.181034483 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Ruminococcus sp. SR1/5 1.415499887 NA 1.458646617 1.394498917 NA 1.358974359 1.277718512 1.46969697 1.314582703 1.393982066 NA 1.552631579 1.309933957 NA 1.328828829 NA NA NA NA 1.280373832 1.206349206 1.10382112 NA NA NA NA 1.210526316 1.413134395 NA NA 1.391973502 NA 1.412450397 1.288423117 1.178793257 1.546932964 1.375 1.561403509 1.295482455 1.283018868 NA NA
Adlercreutzia equolifaciens 0.940943283 NA 0.987190677 1 NA 0.973684211 0.8269043 0.823529412 0.894920039 NA NA NA 0.847397827 0.810810811 0.740740741 1 NA 1 NA 1.105263158 NA 0.777777778 NA 0.741935484 0.882352941 1 0.875 1.05 NA 0.947368421 NA 1.004444064 1.081049583 0.870177667 0.870060585 NA NA NA NA NA NA NA
Alistipes finegoldii NA NA NA 1.044651762 NA 1.027770844 1.046505835 1.052995392 1.024105562 NA NA NA 1.04065679 0.995280543 0.990352416 NA NA NA 1.023349257 1.045401487 1.061574503 0.999939605 1.055414384 0.986738628 0.990247989 0.976853023 1.016505334 NA NA NA 1.033262905 1.043073049 1.035934976 1.045786404 1.053149261 NA NA NA NA 0.995897175 NA 1.027499097
Ruminococcus bromii 1.503184713 1.668067227 1.319386332 NA NA NA 1.37964775 1.441193345 1.375084175 1.253121453 1.459600348 1.304488092 1.334523882 NA 1.425485961 1.461538462 NA NA 1.318181818 1.334862385 1.331151833 NA NA NA 1.404569253 1.399075501 1.299651582 NA NA NA 1.388412017 1.318866253 1.421959487 1.642166344 1.666181185 1.29601227 NA NA NA NA NA NA
Roseburia intestinalis NA NA 1.171052632 1.188212641 NA 1.153038844 NA 1.159509203 1.256778309 1.166666667 1.238683866 NA 1.2 1.1875 NA NA NA 1.241172161 1.273913044 1.226898542 1.204545455 1.22321717 NA 1.377906977 1.264573991 1.260416667 1.436105477 1.17948718 NA NA NA NA NA 1.230846774 1.298192771 1.066666667 1.463768116 NA NA NA NA NA
Ruminococcus torques 1.156573965 NA NA 1.153846154 NA NA 1.167361111 NA 1.115866888 1.195876289 NA 1.111111111 1.138930496 NA 1.11320211 NA NA NA 1.156169778 NA 1.106382979 1.242236025 NA 1.207773937 1.115303487 NA 1.195053384 1.216456171 NA 1.12 1.017618579 NA 1 1.070175439 1.071428571 1.192902681 1.143986254 NA NA 1.048689139 NA NA
Bacteroides thetaiotaomicron NA NA NA 1.149705589 1.134216893 1.108170219 1.233022683 1.276192378 1.266616834 1.139686 1.215796982 1.165944757 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.319820858 1.229725318 1.189640323 1.092502409 1.145374449 1.058066769 1.151617297 1.294139882 1.186192346 NA NA NA 1.261180429 1.242594926 1.246246246 NA NA NA NA NA 1.286136696
Bacteroides xylanisolvens 1.522314501 1.065303452 1.170000844 1.237322515 1.328870117 1.370389351 1.030655391 1.002561327 1.087221615 1.140895028 NA 1.127185211 NA NA NA NA 1.323119686 NA 1.040955631 NA 1.013118833 1.128713294 NA 1.113473576 1.03009992 1.022167488 1.006962652 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.159009642 1.14715978 1.170556232
Streptococcus salivarius NA NA 1.459635637 NA NA 1.448778036 1.624072571 NA 1.792597992 1.899839668 NA 1.71011834 1.805984256 NA 1.627056368 NA NA NA NA NA 1.661267031 1.590862291 NA NA 1.648820894 NA 1.905679461 1.582171022 NA 1.428256874 NA NA 1.331195979 1.931834087 1.818271713 1.884799504 1.6 NA NA 1.4 NA NA
Roseburia hominis 1.019157088 1.11627907 1.159849757 NA NA NA 1.084630096 1.034482759 1.047619048 1.151351351 NA NA 1.125988378 NA 1.081005587 NA NA NA 1.194029851 NA 1.148568696 NA NA 1.115124154 1.156659233 1.120598562 1.097065338 1.1158432 NA NA NA NA NA 1.011148909 0.928154472 NA 1.112676056 NA NA NA NA NA
Bifidobacterium adolescentis 1.128865979 NA 1.168375749 1.209302298 NA 1.217666357 1.196871372 NA 1.143095321 NA NA 1.204576284 1.138399314 NA 1.175776312 NA NA NA NA NA 1.157622738 NA NA 1.125 1.270491803 NA 1.204678363 1.156769841 NA NA NA NA NA 1.204081633 1.124996757 1.125 NA NA NA NA NA NA
Gordonibacter pamelaeae NA NA NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA 1.09375 1.214285714 1.14518278 1.303030303 1.148846044 NA 1.260593402 NA NA NA 1 NA 1 1.181818182 NA 1 NA NA NA 1.182148062 1.199389505 1.119202647 NA NA NA NA NA NA 1.265466499 1.00043234 NA
Bacteroides fragilis 1.288421053 1.331797031 1.336754086 NA NA NA 1.2 1.222222222 NA NA NA NA 1.138441359 0.959526762 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.276105405 1.285209248 1.206534336 1.38286019 1.378031327 1.319763315 1.310344828 NA 1.298911485 NA NA 1.290737037
Coprococcus catus 1.125 NA 1.146341463 1 NA NA NA NA 1.272727273 1.214285714 NA 1.140350877 1.173913044 NA 1.184 NA NA NA NA NA 1.066666667 1.260682002 NA NA 1.142857143 NA 1.181818182 1.086956522 NA NA 1.071428571 NA 1.066666667 1.2 NA NA NA NA NA NA NA NA
Veillonella parvula NA NA 1.05 NA NA NA 1.176470588 NA 1.111111111 1.047619048 NA NA 1.196428571 NA 1.15 NA NA NA NA NA NA 1.067567568 NA 1.166666667 NA NA NA 1.272040302 NA 1.12 NA NA NA 1.058823529 NA 0.966666667 1.040540541 NA 1.085 NA NA 1.00742115
Streptococcus parasanguinis NA NA 1.666666667 NA NA 1.751538208 1.714285714 NA NA NA NA 1.454328972 1.571428571 NA NA NA NA NA NA NA 1.505656853 1.610580221 NA NA 1.502053876 NA 1.5 1.491373001 NA 1.678092319 NA NA NA NA NA 1.615436301 1.586579224 NA NA NA NA 1.471353402
Methanobrevibacter smithii 0.864197531 0.888888889 0.912891986 NA NA NA 0.908121374 0.926536732 0.907514451 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.962406015 0.885057471 0.93902439 NA NA 0.833333333 0.906133134 0.845906902 0.820512821 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Akkermansia muciniphila NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.221661313 1.208662791 NA 1.298017321 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.000004642 1.168358635 1.155137482 1.174307838 NA NA NA 1.199825838 1.179022028 1.166767001 1.202386872 1.201070336 NA NA NA NA NA NA NA
Haemophilus parainfluenzae NA NA 1.4 1.360201511 NA NA NA NA 1.499986689 1.428571429 NA 1.411762505 NA NA 1.4 NA NA NA NA NA 1.49988463 1.32745098 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.355280687 1.4375 1.329113923 1.410714286 NA NA NA NA NA
Shigella sonnei NA NA NA NA NA NA 1.460233176 NA NA NA NA NA NA 1.59268723 0.927858045 NA 1.476923821 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267371986 NA 1.583591985 1.734831197 NA NA NA 1.269210104 NA NA 1.212910355 NA 1.490221623 1.345372682 NA NA NA
Lactococcus lactis NA NA 1 NA NA 1.2 1.166666667 1.271843867 1.32 NA NA NA NA NA 1.333333333 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.066142708 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.125 NA NA NA NA 1.137931035
Shigella dysenteriae NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.595954675 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20604841 NA 1.557212305 1.5761422 1.206200652 NA NA 1.278961386 NA NA NA NA 1.602299465 1.452531877 NA NA 1.23389471
Shigella flexneri NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099133723 1.1555047 1.220976941 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.471020404 1.48199028 NA NA NA 1.267358121 NA NA 1.297980422 NA 1.321757608 1.276967726 NA NA NA
Bifidobacterium bifidum 1.216200127 NA 1.120689655 1.285714286 NA 1.218696563 1.29039457 NA 1.245147707 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.223279056 NA 1.19900213
Clostridium saccharolyticum 1.172662809 NA 1.365623916 NA 1.03070247 NA NA NA NA 1.2299581 1.198055171 1.22449672 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.070387317 1.204971716 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Coprococcus sp. ART55/1 1.114155251 1.169014085 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087286528 1.092544987 1.125842697 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.213592233 NA NA NA NA NA NA
Enterobacter cloacae NA NA NA NA 1.537506811 NA NA NA NA 1.333333333 NA 1.375 NA 1.320431374 NA NA 1.382014607 NA NA NA NA NA 1.250111286 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.4 NA
Klebsiella pneumoniae 1.666574949 1.333332149 NA NA NA 1.692316741 NA NA NA 1.874500912 NA NA NA NA 1.499958036 NA 1.474985009 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Bifidobacterium animalis NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199975024 NA 1.218181818 NA NA NA 1.32032967 NA NA NA NA 1.388349515 NA NA 1.245283019 NA NA NA NA NA NA
Acidaminococcus intestini NA NA NA 1.1517252 NA 1.100442132 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.213235294 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Methanosphaera stadtmanae NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.1875 1 1.159722222 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Streptococcus sp. I-P16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301609596 NA 1.38982063 NA NA NA NA NA NA
Eubacterium limosum NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.208333333 1.214285714 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Klebsiella variicola NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.701276896 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.595260933 NA NA
Megamonas hypermegale NA NA NA 1.235294118 NA 1.221238938 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Streptococcus sp. I-G2 NA NA NA NA NA 1.187577927 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285755222 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Citrobacter koseri NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Lactobacillus acidophilus NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.54189943 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Lactobacillus casei NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.4375 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Megasphaera elsdenii NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041666667 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Shigella boydii NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400706928 NA NA NA
Streptococcus gordonii 1.468739327 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Streptococcus oralis 1.4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Community Growth Rate 1.16265345 1 1.152127244 1.084782972 1 1.081314142 1.142098031 1.115733451 1.101544252 1.146327181 1.059220701 1.146564984 1.143271954 1 1.112510146 1 1 1 1.032152444 1.075332323 1.136486407 1.151482863 1 1.156495211 1.049582334 1.021355597 1.045705092 1.061277603 1 1 1.024786733 1.000629723 1.001331853 1.063044709 1.066028944 1.045439127 1.071993127 1 1 1.049659193 1 1.031633849