edXのBiochemistryのコース。 Biochemistry: Biomolecules, Methods, and Mechanismsの講義ノート。
- ProteinPurification
SdsPageや2D-ゲル電気泳動など。
- タンパク質の構造
αヘリックス、βシート、Myoglobinの構造など。- タンパク質の一次構造の決定
Edman Degradation、Protein fingerprinting、MS/MSなど。 - タンパク質の二次構造
ペプチド結合の周辺の角度、ファイとプサイの定義(Dihedral Angles)と、Ramchandranプロットによる許容される範囲。
- タンパク質の一次構造の決定
- タンパク質のfolding
Anfinsenの実験とmolten globuleモデル
- ヘモグロビンとAllostery
- ミオグロビン、ヘモグロビンの構造
- ヘモグロビンのRとS状態
- RとSの遷移の2つのモデル、KNFモデル(間の状態がある)とMWCモデル(all or nothing)
- ヘモグロビンとBohrEffect
- O2の分圧とヘモグロビンの酸素との結合割合でグラフを書く
- Hill方程式とnの実験による決定(対数で線形化、このグラフをHillプロットと呼ぶ)
- pHの変化のメカニズム、2,3-BPGの影響など
- EnzymeChemistry
ChymotrypsinとそのほかのSerineプロテアーゼ。Chymotrypsinは芳香族アミノ酸だけをカットするプロテアーゼ。 - 触媒としての酵素
- Transition State TheoryでΔG++と反応速度の関係
- TIM
- Carbonic anhydrase、CO2を水に溶かす触媒。Hisのプロトンシャトルなど。
- EnzymeKinetics
- Sの濃度とPの生成のプロット、Sが10%未満の範囲のvをv0と定義
- Sの濃度とPの生成の初速v0の関係式。MichaelisMentenの方程式、K_Mというmichaelis constantの導入
- 対数化したプロットはLineweaver-Burk plotと呼ばれ、実験でK_MやV_MAXを決定するのに使う
- Enzyme Inhibitors、アセチルコリンと毒
- Sの濃度とPの生成のプロット、Sが10%未満の範囲のvをv0と定義
血液凝固が複雑なのでサブセクションに分ける。
脂肪酸の表記、グリセロールではなくSphingosineをスキャフォルドに使うSphingolipidsなども。
- fibrin < fibrinogen < thrombin <prothrombin
- ローマ数字のIからXまでつけられた反応の連鎖
prothrombinの構造と反応
- 4つのドメインによるモジュラー構造
- GlaドメインとCa2+の結合(wafarinなどでγ-calboxygultamate化が防がれてこの結合を抑制出来る)
- membrane表面にCa2+が豊富にあれば、これにGlaドメインがくっつくので、Va, Xa, prothrombinなどが膜にくっつく
RasやGsなどのGTPaseの仕組みと、epinephrineから始まるシグナルpathwayの話。