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SAP_FS_seg.sh
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SAP_FS_seg.sh
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#!/bin/bash
set -e
# Function: 1) Execute FreeSurfer segmentation, 2) Convert .relevant .mgz files to .nii.gz, 3) Extract the desired ROIs, 4) Place ROI masks in appropriate folders
# NOTE: Can be done in Unix or Windows environment, but: 1) change paths to '/home/...' instead of '/c/...',
# and 2) change escape characters to LF (instead of CRLF) if executing in Unix (e.g., on P920).
# NOTE: This script assumes that FreeSurfer has been added to your system $PATH
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# User defined variables
PROJECT_DIR='/Unix/path/to/project/directory' # Choose directory in which to place the study
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echo -e "\n\n####################################################################################################"
echo -e "\nStarting program..."
echo -e "\n####################################################################################################"
########################################################################################################################################################################################################
# Begin FreeSurfer total brain segmentation
echo -e ""
echo -e "\n####################################################################################################"
echo -e "\nBeginning FreeSurfer segmentation..."
echo -e "\n####################################################################################################"
for i in $PROJECT_DIR/T1_images/*/; do # List directories and files to be segmented for user review before continuing
cd "$i"
echo -e "\nGroup directory found:\n\n\t$i"
echo -e "\nFiles to be segmented:\n"
ls ./*.nii.gz -1 | sed 's/^/\t/'
mkdir -p ./FreeSurfer_scratch_seg/
done
echo -e "\nNOTICE: About to begin FreeSurfer segmentation. This process may take multiple hours.\n"
read -p "Continue (y/n)? Answer: " choice # Ask to continue before beginning FS segmentation
case "$choice" in
y|Y ) echo -e "\nConfirmed. Continuing program and executing FreeSurfer segmentation.";;
n|N ) echo -e "\nConfirmed. Exiting program."; exit 1;;
* ) echo -e "\nInvalid. Please type 'y' or 'n'. Exiting program."; exit 1;;
esac
mkdir -p /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/
# Run FS
ls $PROJECT_DIR/T1_images/*/*.nii.gz | parallel --jobs 16 recon-all -s {.} -i {} -all -sd /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/ -mail random_email@random_email.com
echo -e "\n\n####################################################################################################"
echo -e "\nFreeSurfer total brain segmentation complete. Beginning FreeSurfer hippocampal subfield segmentation..."
echo -e "\n####################################################################################################"
########################################################################################################################################################################################################
# Begin FreeSurfer hippocampal subfield segmentation
ls /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/ | xargs -I {} -P 5 segmentHA_T1.sh {} /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/
echo -e "\n\n####################################################################################################"
echo -e "\nFreeSurfer hippocampal subfield segmentation complete."
echo -e "\n####################################################################################################"
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# Move all directories and files to personal isilon drive
#mv /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/ $PROJECT_DIR/T1_images/
rsync -avh --no-links /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/* $PROJECT_DIR/T1_images/ # Copy over files to isilon drive
# if the previous exit code is 0.
if [ $? -eq 0 ]; then
rm -Rfv /home/[your username]/Desktop/FreeSurfer_segmentations/FreeSurfer_scratch_seg_total/*
fi
echo -e "\n\n####################################################################################################"
echo -e "\nAll segmentations complete."
echo -e "\n####################################################################################################"
########################################################################################################################################################################################################
# Program is complete
echo -e "\n\n####################################################################################################"
echo -e "\nNOTICE: The FreeSurfer segmentation program has completed."
echo -e "\n####################################################################################################"