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if (sheets[i].ownerNode.dataset["origin"] !== "pandoc") continue;
try { var rules = sheets[i].cssRules; } catch (e) { continue; }
var j = 0;
while (j < rules.length) {
var rule = rules[j];
// check if there is a div.sourceCode rule
if (rule.type !== rule.STYLE_RULE || rule.selectorText !== "div.sourceCode") {
j++;
continue;
}
var style = rule.style.cssText;
// check if color or background-color is set
if (rule.style.color === '' && rule.style.backgroundColor === '') {
j++;
continue;
}
// replace div.sourceCode by a pre.sourceCode rule
sheets[i].deleteRule(j);
sheets[i].insertRule('pre.sourceCode{' + style + '}', j);
}
}
})();
</script>
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.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
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<li class="dropdown">
<a href="manipuler" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Manipuler <span class="caret"></span></a>
<ul class="dropdown-menu multi-column columns-3" role="menu" id="menu_manipuler">
<div class="row">
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Prise en main</li>
<li><a href="presentation-et-philosophie.html">Présentation et Philosophie</a></li>
<li><a href="installation-de-R-et-RStudio.html">Installation de <strong>R</strong> et <strong>RStudio</strong></a></li>
<li><a href="premier-contact.html">Premier contact</a></li>
<li><a href="premier-travail-avec-les-donnees.html">Premier travail avec des données</a></li>
<li><a href="extensions.html">Extensions (installation, mise à jour)</a></li>
<li><a href="introduction-au-tidyverse.html">Introduction au <strong>tidyverse</strong></a></li>
<li><a href="vecteurs-indexation-et-assignation.html">Vecteurs, indexation et assignation</a></li>
<li><a href="listes-et-tableaux-de-donnees.html">Listes et Tableaux de données</a></li>
<li><a href="facteurs-et-vecteurs-labellises.html">Facteurs et vecteurs labellisés</a></li>
<li><a href="organiser-ses-fichiers.html">Organiser ses fichiers</a></li>
<li><a href="import-de-donnees.html">Import de données</a></li>
<li><a href="ou-trouver-de-l-aide.html">Où trouver de l'aide ?</a></li>
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Manipulation de données</li>
<li><a href="visualiser-ses-donnees.html">Visualiser ses données</a></li>
<li><a href="recodage.html">Recodage de variables</a></li>
<li><a href="manipuler-les-donnees-avec-dplyr.html">Manipuler les données avec <strong>dplyr</strong></a></li>
<li><a href="manipulations-avancees-avec-data-table.html">Manipulations avancées avec <strong>data.table</strong></a></li>
<li><a href="tris.html">Tris</a></li>
<li><a href="sous-ensembles.html">Sous-ensembles</a></li>
<li><a href="fusion-de-tables.html">Fusion de tables</a></li>
<li><a href="gestion-des-dates.html">Gestion des dates</a></li>
<li><a href="fonctions-a-fenetre.html">Fonctions à fenêtre</a></li>
<li><a href="manipuler-du-texte.html">Manipuler du texte avec <strong>stringr</strong></a></li>
<li><a href="reorganiser-ses-donnees-avec-tidyr.html">Réorganiser ses données avec <strong>tidyr</strong></a></li>
<!--<li><a href="scraping.html.old">Scraping</a></li>-->
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Exporter</li>
<li><a href="export-de-donnees.html">Export de données</a></li>
<li><a href="export-de-graphiques.html">Export de graphiques</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="analyser" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Analyser <span class="caret"></span></a>
<ul class="dropdown-menu multi-column columns-3" role="menu" id="menu_analyser">
<div class="row">
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Statistiques introductives</li>
<li><a href="statistique-univariee.html">Statistique univariée</a></li>
<li><a href="statistique-bivariee.html">Statistique bivariée</a></li>
<li><a href="intro-ggplot2.html">Introduction à <strong>ggplot2</strong>, la grammaire des graphiques</a></li>
<li><a href="graphiques-bivaries-ggplot2.html">Graphiques univariés et bivariés avec <strong>ggplot2</strong></a></li>
<li><a href="donnees-ponderees.html">Données pondérées</a></li>
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Statistiques intermédiaires</li>
<li><a href="intervalles-de-confiance.html">Intervalles de confiance</a></li>
<li><a href="comparaisons-moyennes-et-proportions.html">Comparaisons (moyennes et proportions)</a></li>
<li><a href="definir-un-plan-d-echantillonnage-complexe.html">Définir un plan d'échantillonnage complexe avec <strong>survey</strong></a></li>
<li><a href="regression-lineaire.html">Régression linéaire</a></li>
<li><a href="regression-logistique.html">Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale</a></li>
<li><a href="analyse-des-correspondances-multiples.html">Analyse des correspondances multiples (ACM)</a></li>
<li><a href="classification-ascendante-hierarchique.html">Classification ascendante hiérarchique (CAH)</a></li>
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Statistiques avancées</li>
<li><a href="gtsummary.html">Tableaux statistiques avancés avec <strong>gtsummary</strong></a></li>
<li><a href="effets-d-interaction.html">Effets d'interaction dans un modèle</a></li>
<li><a href="multicolinearite.html">Multicolinéarité dans la régression</a></li>
<li><a href="modeles.html">Quel type de modèles choisir ?</a></li>
<li><a href="analyse-de-survie.html">Analyse de survie</a></li>
<li><a href="analyse-de-sequences.html">Analyse de séquences</a></li>
<!--<li><a href="modeles-a-effets-aleatoires.html">Modèles à effets aléatoires (modèles mixtes et GEE)</a></li>-->
<li><a href="trajectoires-de-soins.html">Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales</a></li>
<li><a href="analyse-de-reseaux.html">Analyse de réseaux</a></li>
<li><a href="analyse-spatiale.html">Analyse spatiale</a></li>
<li><a href="analyse-textuelle.html">Analyse textuelle</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="approfondir" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Approfondir <span class="caret"></span></a>
<ul class="dropdown-menu multi-column columns-3" role="menu" id="menu_approfondir">
<div class="row">
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Graphiques</li>
<li><a href="ggplot2.html"><strong>ggplot2</strong> et la grammaire des graphiques</a></li>
<li><a href="etendre-ggplot2.html">Étendre <strong>ggplot2</strong></a></li>
<li><a href="combiner-plusieurs-graphiques.html">Combiner plusieurs graphiques</a></li>
<li><a href="exemples-graphiques-avances.html">Exemples de graphiques avancés</a></li>
<li><a href="graphiques-interactifs.html">Graphiques interactifs</a></li>
<li><a href="lattice-graphiques-et-formules.html"><strong>lattice</strong> : graphiques et formules</a></li>
<li><a href="cartes.html">Cartes</a></li>
<li><a href="autres-extensions-graphiques.html">Autres extensions graphiques</a></li>
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Programmation</li>
<li><a href="conditions-et-comparaisons.html">Conditions et comparaisons</a></li>
<li><a href="formules.html">Formules</a></li>
<li><a href="structures-conditionnelles.html">Structures conditionnelles</a></li>
<li><a href="vectorisation.html">Vectorisation (dont <strong>purrr</strong>)</a></li>
<li><a href="expressions-regulieres.html">Expressions régulières</a></li>
<!--<li class="dev"><a href="ecrire-ses-propres-fonctions.html">Écrire ses propres fonctions</a></li>-->
<li><a href="rmarkdown-les-rapports-automatises.html"><strong>R Markdown</strong> : les rapports automatisés</a></li>
</ul>
</div>
<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Divers</li>
<li><a href="formater-nombres.html">Mettre en forme des nombres avec <strong>scales</strong></a></li>
<li><a href="couleurs.html">Couleurs et Palettes</a></li>
<li><a href="annotations-mathematiques.html">Annotations mathématiques</a></li>
<li><a href="calculer-un-age.html">Calculer un âge</a></li>
<li><a href="diagramme-de-lexis.html">Diagramme de Lexis</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</ul>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="index" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Index <span class="caret"></span></a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu" id="menu_naviguer">
<li><a href="index-des-concepts.html">Index des concepts</a></li>
<li><a href="index-des-fonctions.html">Index des fonctions</a></li>
<li><a href="index-des-extensions.html">Index des extensions</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="analyse-R.pdf">PDF</a></li>
<li><a href="https://larmarange.github.io/guide-R/">guide-R</a></li>
<li><a href="https://larmarange.github.io/webin-R/">webin-R</a></li>
<li><a href="https://www.youtube.com/c/webinR"><i class="fa fa-youtube" aria-hidden="true"></i></a></li>
<!--<li><a href="https://github.com/larmarange/analyse-R">GitHub</a></li>-->
</ul>
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<div class="row">
<div class="visible-lg">
<a href="https://github.com/larmarange/analyse-R"><img style="position: absolute; top: 60px; left: 40px; border: 0;" src="images/fork_me.png" alt="Contribuer sur GitHub"></a>
</div>
<div class="col-sm-9" role="main">
<article>
<div id="header">
<h1 class="title toc-ignore">Organiser ses fichiers</h1>
</div>
<div id="TOC">
<ul>
<li><a href="#le-répertoire-de-travail" id="toc-le-répertoire-de-travail">Le répertoire de travail</a></li>
<li><a href="#les-projets-dans-rstudio" id="toc-les-projets-dans-rstudio">Les projets dans RStudio</a>
<ul>
<li><a href="#créer-un-nouveau-projet" id="toc-créer-un-nouveau-projet">Créer un nouveau projet</a></li>
<li><a href="#fonctionnement-par-défaut-des-projets" id="toc-fonctionnement-par-défaut-des-projets">Fonctionnement par défaut des projets</a></li>
<li><a href="#options-des-projets" id="toc-options-des-projets">Options des projets</a></li>
<li><a href="#naviguer-dun-projet-à-un-autre" id="toc-naviguer-dun-projet-à-un-autre">Naviguer d’un projet à un autre</a></li>
<li><a href="#voir-aussi" id="toc-voir-aussi">Voir aussi</a></li>
</ul></li>
<li><a href="#appeler-un-script-depuis-un-autre-script" id="toc-appeler-un-script-depuis-un-autre-script">Appeler un script depuis un autre script</a></li>
</ul>
</div>
<div class="webin-R">
<p>Ce chapitre est évoqué dans le webin-R #02 (les bases du langage R) sur <a href="https://youtu.be/Eh8piunoqQc">YouTube</a>.</p>
<p>Ce chapitre est évoqué dans le webin-R #03 (statistiques descriptives avec gtsummary et esquisse) sur <a href="https://youtu.be/oEF_8GXyP5c">YouTube</a>.</p>
</div>
<div id="le-répertoire-de-travail" class="section level2 hasAnchor">
<h2 class="hasAnchor">Le répertoire de travail<a href="#le-répertoire-de-travail" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>À chaque fois que l’on demandera à <strong>R</strong> de charger ou d’enregistrer un fichier (en particulier lorsque l’on cherchera à importer des données, voir le <a href="import-de-donnees.html">chapitre dédié</a>), <strong>R</strong> évaluera le nom du fichier qu’on lui a transmis par rapport au <dfn>répertoire de travail</dfn> actuellement défini, qui correspond au répertoire dans lequel <strong>R</strong> est actuellement en train de s’exécuter.</p>
<p>Pour connaître de le répertoire de travail actuel, on pourra utiliser la fonction <code data-pkg="base">getwd</code> :</p>
<div class="sourceCode" id="cb1"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb1-1"><a href="#cb1-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">getwd</span>()</span></code></pre></div>
<p>Lorsque l’on travaille sous <strong>RStudio</strong>, le répertoire de travail est également affiché dans le quadrant inférieur droit, en gris, à la droite du mot <em>Console</em> (voir la capture d’écran ci-après).</p>
<figure>
<div class="float">
<img src="images/capture_RStudio_workingdir.png" alt="Affichage du répertoire de travail sous RStudio" />
<div class="figcaption">Affichage du répertoire de travail sous RStudio</div>
</div>
<figcaption>
Affichage du répertoire de travail sous RStudio
</figcaption>
</figure>
<p>Le symbole <code>~</code> correspond dans ce cas-là au répertoire utilisateur système, dont l’emplacement dépend du système d’exploitation. Sous <strong>Windows</strong>, il s’agit du répertoire <em>Mes documents</em> ou <em>Documents</em> (le nom varie suivant la version de <strong>Windows</strong>).</p>
<p>Le répertoire de travail peut être modifié avec la fonction <code data-pkg="base" data-rdoc="getwd">setwd</code> ou, sous <strong>RStudio</strong>, via le menu <em>Session > Set Working Directory</em>. Cependant, nous allons voir que nous n’aurons en pratique presque jamais besoin de le faire si l’on travaille avec <strong>RStudio</strong>.</p>
</div>
<div id="les-projets-dans-rstudio" class="section level2 hasAnchor">
<h2 class="hasAnchor">Les projets dans RStudio<a href="#les-projets-dans-rstudio" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p><strong>RStudio</strong> dispose d’une fonctionnalité très pratique pour organiser son travail en différents <dfn date-inedx="projet, RStudio">projets</dfn>.</p>
<p>L’idée principale est de réunir tous les fichiers / documents relatifs à un même projet (que ce soit les données, les scripts, les rapports automatisés…) dans un répertoire dédié<a href="#fn1" class="footnote-ref" id="fnref1"><sup>1</sup></a>.</p>
<p>Le menu <em>Projects</em> est accessible via une icône dédiée située tout en haut à droite (voir la capture d’écran ci-après).</p>
<figure>
<div class="float">
<img src="images/capture_RStudio_icone_projet.png" alt="Accès au menu Projects sous RStudio" />
<div class="figcaption">Accès au menu Projects sous RStudio</div>
</div>
<figcaption>
Accès au menu Projects sous RStudio
</figcaption>
</figure>
<div id="créer-un-nouveau-projet" class="section level3 hasAnchor">
<h3 class="hasAnchor">Créer un nouveau projet<a href="#créer-un-nouveau-projet" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>Dans le menu <em>Projects</em> on sélectionnera l’option <em>New project</em>. <strong>RStudio</strong> nous demandera dans un premier temps si l’on souhaite créer un projet (i) dans un nouveau répertoire, (ii) dans un répertoire déjà existant ou bien (iii) à partir d’un <dfn>gestionnaire de versions</dfn> (<strong>Git</strong> ou <strong>SVN</strong>).</p>
<figure>
<div class="float">
<img src="images/capture_RStudio_nouveau_projet.png" alt="Options de création de projet sous RStudio" />
<div class="figcaption">Options de création de projet sous RStudio</div>
</div>
<figcaption>
Options de création de projet sous RStudio
</figcaption>
</figure>
<p>Si vous débutez avec <strong>R</strong>, laissez de côté pour le moment les gestionnaires de versions qui sont destinés aux utilisateurs avancés. Dans le cadre d’un usage courant, on aura recours à <em>New Directory</em>.</p>
<p><strong>RStudio</strong> nous demande alors le type de projet que l’on souhaite créer : (i) un projet vide, (ii) une extension <strong>R</strong> ou (iii) une application <strong>Shiny</strong>.</p>
<figure>
<div class="float">
<img src="images/capture_RStudio_types_projet.png" alt="Les différents types de projet sous RStudio" />
<div class="figcaption">Les différents types de projet sous RStudio</div>
</div>
<figcaption>
Les différents types de projet sous RStudio
</figcaption>
</figure>
<p>Il est encore un peu tôt pour se lancer dans la création de sa propre extension pour <strong>R</strong> (voir le chapitre <a href="developper-un-package.html">Développer un package</a>). Les applications <strong>Shiny</strong> (voir le <a href="shiny-les-interfaces-interactives.html">chapitre dédié</a>) sont des applications webs interactives. Là encore, on attendra une meilleure maîtrise de <strong>R</strong> pour se lancer dans ce type de projets. Dans un contexte d’analyse d’enquêtes, on choisira dès lors <em>Empty project</em>.</p>
<figure>
<div class="float">
<img src="images/capture_RStudio_create_new_project.png" alt="Création d’un projet dans un nouveau répertoire avec RStudio" />
<div class="figcaption">Création d’un projet dans un nouveau répertoire avec RStudio</div>
</div>
<figcaption>
Création d’un projet dans un nouveau répertoire avec RStudio
</figcaption>
</figure>
<p>En premier lieu, on indiquera le nom de notre projet, qui sera également le nom du répertoire qui sera créé pour stocker les données du projet. Puis, on indiquera le répertoire parent, c’est-à-dire le répertoire dans lequel le répertoire de notre projet sera créé.</p>
<p>Les deux options suivantes concernent que les utilisateurs avancés. <strong>RStudio</strong> nous demande s’il on veut activer <strong>Git</strong> sur ce projet (<strong>Git</strong> étant un gestionnaire de versions, l’option n’étant affichée que si <strong>Git</strong> est installé sur votre PC) et s’il on souhaite utiliser l’extension <code class="pkg">packrat</code> sur ce projet. <code class="pkg">packrat</code> permet une gestion des extensions utilisées, projet par projet, ce qui n’est vraiment utile que dans le cadre d’analyses bien spécifiques.</p>
<p>Il ne nous reste plus qu’à cliquer sur <em>Create Project</em>.</p>
</div>
<div id="fonctionnement-par-défaut-des-projets" class="section level3 hasAnchor">
<h3 class="hasAnchor">Fonctionnement par défaut des projets<a href="#fonctionnement-par-défaut-des-projets" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>Lorsque l’on ouvre un projet, <strong>RStudio</strong> effectue différentes actions :</p>
<ul>
<li>le nom du projet est affiché en haut à droite à côté de l’icône projets ;</li>
<li>une nouvelle session <strong>R</strong> est exécutée (ainsi s’il on passe d’un projet à un autre, les objets du projet qu’on vient de fermer ne sont plus en mémoire) ;</li>
<li>le répertoire de travail de <strong>R</strong> est défini comme étant le répertoire du projet (d’où le fait que l’on n’a pas à se préoccuper de définir le répertoire de travail lorsque l’on travaille avec des projets <strong>RStudio</strong>) ;</li>
<li>les objets créés (et sauvegardés dans le fichier <code>.Rdata</code>) lors d’une précédente séance de travail sont chargés en mémoire ;</li>
<li>l’historique des commandes saisies lors de nos précédentes séances de travail sont chargées dans l’onglet <em>History</em> ;</li>
<li>les scripts ouverts lors d’une précédente séance de travail sont automatiquement ouverts ;</li>
<li>divers paramètres de <strong>RStudio</strong> sont restaurés dans l’état dans lequel ils étaient la dernière fois que l’on a travaillé sur ce projet.</li>
</ul>
<p>Autrement dit, lorsque l’on ouvre un projet <strong>RStudio</strong>, on revient à l’état de notre projet tel qu’il était la dernière fois que l’on a travaillé dessus. Pratique, non ?</p>
<p>Petite précision toutefois, les extensions que l’on avait chargées en mémoire avec la fonction <code data-pkg="base">library</code> ne sont pas systématiquement rechargées en mémoire. Il faudra donc les appeler à nouveau lors de notre séance de travail.</p>
</div>
<div id="options-des-projets" class="section level3 hasAnchor">
<h3 class="hasAnchor">Options des projets<a href="#options-des-projets" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>Via le menu <em>Projects > Projects options</em> (accessible via l’icône projets en haut à droite), il est possible de personnaliser plusieurs options spécifiquement pour ce projet.</p>
<p>On retiendra surtout les 3 options principales de l’onglet <em>General</em> :</p>
<ul>
<li>à l’ouverture du projet, doit-on charger en mémoire les objets sauvegardés lors d’une précédente séance de travail ?</li>
<li>à la fermeture du projet, doit-son sauvegarder (dans le fichier <code>.Rdata</code>) les différents objets en mémoire ? Si l’on choisit l’option <em>Ask</em>, alors une fenêtre vous demandera s’il faut faire cette sauvegarde chaque fois que vous fermerez le projet.</li>
<li>à la fermeture du projet, faut-il sauver l’historique des commandes ?</li>
</ul>
</div>
<div id="naviguer-dun-projet-à-un-autre" class="section level3 hasAnchor">
<h3 class="hasAnchor">Naviguer d’un projet à un autre<a href="#naviguer-dun-projet-à-un-autre" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p><strong>RStudio</strong> se souvient des derniers projets sur lesquels vous avez travaillé. Lorsque vous cliquez sur le menu projets, vous verrez une liste de ces différents projets. Il suffit de cliquer sur le nom du projet désiré pour fermer automatiquement le projet en cours et ouvrir le projet désiré.</p>
<p>Votre projet n’apparait pas dans la liste ? Pas de panique. Il suffit de sélectionner <em>Open project</em> puis de parcourir vos répertoires pour indiquer à <strong>RStudio</strong> le projet à ouvrir.</p>
<p>Vous pouvez noter au passage une option <em>Open project in new window</em> qui permet d’ouvrir un projet dans une nouvelle fenêtre. En effet, il est tout à fait possible d’avoir plusieurs projets ouverts en même temps. Dans ce cas là, chaque projet aura sa propre session <strong>R</strong>. Les objets chargés en mémoire pour le projet A ne seront pas accessibles dans le cadre du projet B et inversement.</p>
</div>
<div id="voir-aussi" class="section level3 hasAnchor">
<h3 class="hasAnchor">Voir aussi<a href="#voir-aussi" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>On pourra se référer à la documentation officielle de <strong>RStudio</strong> : <a href="https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200526207-Using-Projects" class="uri">https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200526207-Using-Projects</a>.</p>
</div>
</div>
<div id="appeler-un-script-depuis-un-autre-script" class="section level2 hasAnchor">
<h2 class="hasAnchor">Appeler un script depuis un autre script<a href="#appeler-un-script-depuis-un-autre-script" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Au sein d’un même projet, on peut avoir plusieurs <dfn data-index="script">scripts <strong>R</strong></dfn>. Cela permet de mieux organiser son code. Par exemple, on pourra avoir un premier script chargé d’importer les données, un second dédié à la création de nouvelles variables et un troisième dédié aux analyses statistiques.</p>
<p>Il est possible d’appeler un script au sein d’un autre script à l’aide de la fonction <code data-pkg="base">source</code> à laquelle on précisera le nom de fichier du script en question.</p>
<p>Supposons par exemple que l’on ait préparé un script <code>preparation.R</code> chargé d’importer les données et de les mettre en forme. Au debut de notre script <code>analyses.R</code>, on pourra indiquer :</p>
<div class="sourceCode" id="cb2"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb2-1"><a href="#cb2-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">source</span>(<span class="st">"preparation.R"</span>)</span></code></pre></div>
<p>Si l’on exécute notre script <code>analyses.R</code>, au moment de l’appel à <code>source("preparation.R")</code>, le fichier <code>preparation.R</code> sera chargé en mémoire et exécuté, puis le programme continuera avec les commandes suivant du fichier <code>analyses.R</code>.</p>
<p>Ici, on a indiqué à <code data-pkg="base">source</code> le fichier <code>preparation.R</code> sans mention de répertoire. Dès lors, <strong>R</strong> va aller chercher ce fichier dans le répertoire de travail. Sur un gros projet, on peut être amené à organiser ses fichiers en plusieurs sous-répertoires pour une meilleure lisibilité. Dès lors, il faudra indiquer le <dfn>chemin relatif</dfn> pour accéder à un fichier, c’est-à-dire le chemin à partir du répertoire de travail. Supposons que notre fichier <code>preparation.R</code> est enregistré dans un sous-répertoire <code>import</code>. Dans ce cas-là, on appelera notre fichier ainsi :</p>
<div class="sourceCode" id="cb3"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb3-1"><a href="#cb3-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">source</span>(<span class="st">"import/preparation.R"</span>)</span></code></pre></div>
<div class="note">
<p>On remarquera qu’on a utilisé une barre oblique ou <em>slash</em> (<code>/</code>) entre le nom du répertoire et le nom du fichier, ce qui est l’usage courant sous <strong>Linux</strong> et <strong>Mac OS X</strong>, tandis que sous <strong>Windows</strong> on utilise d’ordinaire une barre oblique inversée ou <em>antislash</em> (<code>\</code>). Sous <strong>R</strong>, on utilisera toujours la barre oblique simple (<code>/</code>), <strong>R</strong> sachant « retrouver ses petits » selon le système d’exploitation.</p>
<p>Par ailleurs, l’<dfn>autocomplétion</dfn> de <strong>RStudio</strong> fonctionne aussi pour les noms de fichiers. Essayez par exemple d’appuyer sur la touche <kbd>Tab</kbd> après avoir taper les premières lettres du nom de votre fichier.</p>
</div>
</div>
<div class="footnotes footnotes-end-of-document">
<hr />
<ol>
<li id="fn1"><p>Dans lequel il sera possible de créer des sous-répertoires.<a href="#fnref1" class="footnote-back">↩︎</a></p></li>
</ol>
</div>
</article>
</div>
<div class="col-sm-3" role="complementary">
<nav class="hidden-print hidden-xs" id="nav_sidebar">
</nav>
</div>
</div>
<script>
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu
href = window.location.pathname;
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1);
if (href=='') href = 'index.html';
$('a[href="' + href + '"]').parent().addClass('active');
$('a[href="' + href + '"]').parent().parents('li').addClass('active');
// élargir la page d'accueil
if (href=='index.html') $('.col-sm-9').attr('class','col-sm-12');
// rechercher
$("#rechercher").submit(function(event) {
$('input[name="q"]').val($('input[name="q"]').val() + ' site:larmarange.github.io/analyse-R');
});
// sidebar
$("#nav_sidebar").append($("#TOC").html());
$("#nav_sidebar ul").addClass("nav nav-stacked");
$("#TOC").addClass("visible-xs-block");
$('body').scrollspy({
target: '#nav_sidebar',
offset: 40
});
// Identifier les <pre> fermant
$('pre').next("*:not(pre)").prev().addClass('last'); // Dernier <pre> de chaque groupe contigu de <pre>
$('pre').parent().each(function (){
$(this).children('pre').last().addClass('last');
}); // Si <pre> est le dernier enfant de son parent
// Ajout liens rdocumentation et tooltip
$("code[data-pkg]").each(function( index ) {
pkg = $(this).attr('data-pkg');
if ($(this).attr('data-rdoc') !== undefined) {
rdocumentation = $(this).attr('data-rdoc');
} else {
rdocumentation = $(this).text();
}
fonction = $(this).text();
//$(this).wrap('<a href="http://www.rdocumentation.org/packages/'+pkg+'/functions/'+rdocumentation+'">');
$(this).wrap('<a href="http://rdrr.io/pkg/'+pkg+'/sym/'+rdocumentation+'">');
$(this).attr('data-toggle','tooltip');
$(this).attr('data-placement','top');
$(this).attr('title','package : ' + pkg);
$('[data-toggle="tooltip"]').tooltip();
});
$("code.pkg").each(function( index ) {
//$(this).wrap('<a href="http://www.rdocumentation.org/packages/'+$(this).text()+'">');
$(this).wrap('<a href="http://rdrr.io/pkg/'+$(this).text()+'">');
});
// Figures
$("figure").each(function( index ) {
if ($(this).children("figcaption").length > 0)
$(this).children("figcaption:first").prepend('<span class="figure-number">Figure '+(index+1)+'.</span> ');
else
$(this).append($("<figcaption>").append('<span class="figure-number">Figure '+(index+1)+'</span>'));
});
// Colorbox
/*----
jQuery('article div img').colorbox({
maxWidth: '90%',
maxHeight: '90%',
rel: 'figures',
current: "",
href: function(){
return $(this).attr('src');
},
title: function(){
return $(this).attr('alt');
}
});
jQuery('article div img').css('cursor', 'pointer');
jQuery('figure img').colorbox({
maxWidth: '90%',
maxHeight: '90%',
rel: 'figures',
current: "",
href: function(){
return $(this).attr('src');
},
title: function(){
return $(this).parent().children("figcaption").text();
}
});
jQuery('figure img').css('cursor', 'pointer');
-----*/
/* Clipboard --------------------------*/
function changeTooltipMessage(element, msg) {
var tooltipOriginalTitle=element.getAttribute('data-original-title');
element.setAttribute('data-original-title', msg);
$(element).tooltip('show');
element.setAttribute('data-original-title', tooltipOriginalTitle);
}
if(ClipboardJS.isSupported()) {
$(document).ready(function() {
var copyButton = "<button type='button' class='btn btn-primary btn-copy-ex' type = 'submit' title='Copier dans le presse-papier' aria-label='Copier dans le presse-papier' data-toggle='tooltip' data-placement='left auto' data-trigger='hover' data-clipboard-copy><i class='fa fa-copy'></i></button>";
$(".examples, div.sourceCode").addClass("hasCopyButton");
// Insert copy buttons:
$(copyButton).prependTo(".hasCopyButton");
// Initialize tooltips:
$('.btn-copy-ex').tooltip({container: 'body'});
// Initialize clipboard:
var clipboardBtnCopies = new ClipboardJS('[data-clipboard-copy]', {
text: function(trigger) {
return trigger.parentNode.textContent;
}
});
clipboardBtnCopies.on('success', function(e) {
changeTooltipMessage(e.trigger, 'Copié !');
e.clearSelection();
});
clipboardBtnCopies.on('error', function() {
changeTooltipMessage(e.trigger,'Appuyez sur Ctrl+C ou Command+C pour copier');
});
});
}
// Bigfoot
$(".footnotes > li").addClass("footnote");
$.bigfoot({
activateOnHover: true,
actionOriginalFN: "ignore"
});
});
</script>
<!-- Utterances comments
<script src="https://utteranc.es/client.js"
repo="larmarange/analyse-R"
issue-term="pathname"
label="commentaires"
theme="github-light"
crossorigin="anonymous"
async>
</script>
-->
<!-- Giscus comments -->
<script src="https://giscus.app/client.js"
data-repo="larmarange/analyse-R"
data-repo-id="MDEwOlJlcG9zaXRvcnkzNDk4NjY2Ng=="
data-category-id="DIC_kwDOAhXaqs4B_iH_"
data-mapping="pathname"
data-reactions-enabled="1"
data-emit-metadata="0"
data-theme="light"
data-lang="fr"
crossorigin="anonymous"
async>
</script>
<!-- disqus -->
<!---
<div class="row">
<div id="disqus_thread" class="col-sm-9" role="complementary"></div>
</div>
<script type="text/javascript">
/* * * CONFIGURATION VARIABLES: EDIT BEFORE PASTING INTO YOUR WEBPAGE * * */
var disqus_shortname = 'analyse-r'; // required: replace example with your forum shortname
/* * * DON'T EDIT BELOW THIS LINE * * */
(function() {
var dsq = document.createElement('script'); dsq.type = 'text/javascript'; dsq.async = true;
dsq.src = '//' + disqus_shortname + '.disqus.com/embed.js';
(document.getElementsByTagName('head')[0] || document.getElementsByTagName('body')[0]).appendChild(dsq);
})();
</script>
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<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.odd').parent('tbody').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- tabsets -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open');
});
});
</script>
<!-- code folding -->
</body>
</html>