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mitmul committed Jan 31, 2020
2 parents 83add0c + 1616b7f commit 8ae0913
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1 change: 1 addition & 0 deletions notebooks/07_DNA_Sequence_Data_Analysis.ipynb
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"次世代シーケンサの発展・普及とともに,大量の遺伝子配列が読み取られるようになりました.そうした中で,塩基配列で表現された遺伝子型と病気や形態などの表現型との関係を推定するようなGWAS(Genome Wide Association Study; ゲノムワイド関連解析)が広がってきました.しかし,遺伝子の変異だけでは全ての表現型の変化を説明できないことがわかってきました.特に,非翻訳領域が遺伝子発現に影響を与え,表現型の変化を生じさせていることが様々な実験結果からわかってきています.遺伝子発現時に周辺領域がどのように影響を与えているのかを調べるために様々な手法が提案されています.\n",
"\n",
"![エピゲノム解析概略図(Encode Projectより引用)](https://www.encodeproject.org/images/c45f4d8c-0340-4fcb-abe3-e4ff0bb919be/download/attachment/EncodeDatatypes2013-7.png)\n",
"\n",
"引用元 : [https://www.encodeproject.org/images/c45f4d8c-0340-4fcb-abe3-e4ff0bb919be/download/attachment/EncodeDatatypes2013-7.png](https://www.encodeproject.org/images/c45f4d8c-0340-4fcb-abe3-e4ff0bb919be/download/attachment/EncodeDatatypes2013-7.png)\n",
"\n",
"例えば,ChIP-seq(クロマチン免疫沈降シーケンス)は,ChIP(クロマチン免疫沈降)と高速DNAシーケンスを組み合わせることで,ヒストン修飾状況や転写調節因子の結合部位を網羅的(ゲノムワイド)に同定する手法です.これにより,転写調節機能を司るヒストン修飾やDNA結合タンパクの結合部位をゲノム全体で同定することができ,遺伝子変異だけでは説明しきれない細胞の表現型に関与する膨大な情報の取得が可能になります.\n",
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