Algoritmo em python que recebe duas cadeias de bases nitrogenadas, faz a montagem dos nucleotideos e gera uma comparação visual entre elas.
Esta versão recebe dois arquivos em formato .fasta contendo as cadeias a serem comparadas e gera um arquivo em html contendo a representação visual das duas cadeias bem como a ocorrência dos nucleotideos presentes nelas. Também gera um gráfico de dispersão dessas duas cadeias.
Para que o mesmo funcione é preciso que os arquivos .fasta estejam dentro da pasta data
Coloque os arquivos .fasta na pasta data xecute o arquivo compare.exe ou abra o prompt de comando no diretório raiz do projeto execute o comando python compare.py selecione os arquivos e as opções de saídas desejadas
"Caso não exista o programa vai criar uma pasta chamada output onde estarão o arquivo de saída"
DNA é uma molécula presente em todos os seres vivos, que é responsável por armazenar as características hereditárias. Ela é composta por sequências de nucleotídeos, que podem de quatro tipos: adenina, timina, citosina ou guanina.
Estrutura do DNA. Fonte: https://se.wikipedia.org/wiki/Fiila:Dna-base-flipping.svg
"Computacionalmente" falando podemos representá-los através de 4 letras: A, T, C ou G.
Usando as sequências human_18s_rRNA_gene.fasta e escherichia_coli_strain_U_5_41_16S_rRNA_partial.fasta, presentes na pasta data, podemos avaliar se estruturas com funções parecidas (estamos usando sequências de RNA ribossomal) de organismos diferentes têm diferenças. Para isso vamos avaliar a quantidade de pares de nucleotídeos.
