/
example_1.qmd
184 lines (132 loc) · 13.3 KB
/
example_1.qmd
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
---
title: A Sample Title - The SocioEconomic Aspects of Stock Assessments
subtitle: with non-English diacritics in the author names. See documentation.
author:
- name: Jane Doe
affiliations:
- name: Minnesota Department of Natural Resources
address: 500 Lafayette Road Saint Paul, MN 55155
- name: University of Minnesota
department: Department of Mathematics
- name: Eva Nováková
affiliations:
- name: Czech University of Life Sciences
address: Družstevní 666, Vikýřovice, Czechia
- name: Matti Meikäläinen
email: matti@jy.fi
affiliations:
- name: University of Kemijärvi
department: Department of Biological and Environmental Science
address: Kylmäniementie 79, 98120, KEMIJÄRVI, Finland
- name: Ashok Kumar
affiliations:
- name: University of Minnesota
department: Department of Mathematics
- name: HØnefoss Institute
address: R Tradição 35, Portugal 2950-726
bibliography: references.bib
format:
html: default
titlepage-pdf:
documentclass: scrbook
classoption: ["oneside", "open=any"]
number-sections: true
toc: true
lof: true
lot: true
titlepage: "bg-image"
titlepage-bg-image: "img/corner-bg.png"
titlepage-logo: "img/logo.png"
titlepage-header: "The Publisher"
titlepage-footer: |
NOAA Fisheries OpenSci\
Tools for Open Science\
[https://github.com/nmfs-opensci](https://github.com/nmfs-opensci)\
keep-tex: true
---
## YAML additions for themes
Some themes need some additional YAML information to work.
### `bg-image`
Needs info on the title page geometry so the title doesn't overlap the background image. Also you need to supply the background image and where to put it (UL, upperleft; UR, upperright; BL, bottomleft; BR, bottomright). Note, there are placeholders in the extension, but when you put your own image in, you'll need to add the YAML information.
```
format:
titlepage-pdf:
titlepage: bg-image
titlepage-geometry:
- top=3in
- bottom=1in
- right=1in
- left=1in
titlepage-bg-image: "img/corner-bg.png"
titlepage-theme:
bg-image-location: "UL"
bg-image-size: 0.5
```
## Document classes
The document class changes the look of your document. For the book document classes, you will need to pass in
```
number-sections: true
```
in your YAML because Quarto sets `number-sections: false` by default and that will mess up all your equation, figure and table numbers. It simple will not number them correctly at all.
For book document classes (like `scrbook`), if you want chapters to be allowed to start on even or odd pages and the left and right margins on even and odd pages to be the same, use
```
classoption: ["oneside", "open=any"]
```
# Introduction
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Proin eu tempor velit. Fusce accumsan ultrices fringilla. Praesent sed odio mi. Mauris non ligula turpis. Duis posuere lacus nec diam interdum dictum suscipit magna molestie. Vestibulum nibh dolor, interdum eget rhoncus ut, sodales eget justo. Morbi blandit lorem sit amet nulla egestas aliquam. Nunc pharetra est at nibh ullamcorper in commodo erat dignissim. Cras et suscipit enim.
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus neque ex, vehicula dictum risus fermentum, feugiat faucibus neque. Etiam purus quam, lacinia vel porta in, malesuada ac nisl. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Sed bibendum placerat tellus, ac finibus lectus euismod eget.
Nulla mattis diam vitae bibendum consequat. Etiam vitae eros tristique, porta sapien a, aliquet mauris. Praesent ultricies mi nulla, et dignissim nulla mattis at. Fusce rhoncus leo quis odio euismod, hendrerit facilisis risus tincidunt. Aenean at lectus justo. Cras fringilla lacus nisl, ac convallis odio tincidunt vel. Integer vel egestas nisi. Curabitur vitae imperdiet justo.
> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.\
## Supporting theory
Let $X_1, X_2, \ldots, X_n$ be a sequence of independent and identically distributed random variables with $\text{E}[X_i] = \mu$ and $\text{Var}[X_i] = \sigma^2 < \infty$, and let
$$
S_n = \frac{X_1 + X_2 + \cdots + X_n}{n}
= \frac{1}{n}\sum_{i}^{n} X_i
$$ {#eq-clt}
denote their mean. Then as $n$ approaches infinity, the random variables $\sqrt{n}(S_n - \mu)$ converge in distribution to a normal $\mathcal{N}(0, \sigma^2)$. Thus concludes the explanation about @eq-clt.
You can also use the LaTeX equation environment (equation, align, gather, etc) syntax, such as:
```
\begin{equation} \label{eq-eq2}
\int_{A_i}{\lambda (\mathbf{x})}
\end{equation}
```
The equation appears as
\begin{equation} \label{eq-eq2}
\int_{A_i}{\lambda (\mathbf{x})}
\end{equation}
But in this case, you cannot use `@eq-eq2` to reference the equation. You need to use `\ref{eq-eq2}`. You will need to add `Equation` if you want that prefix, e.g. Equation \ref{eq-eq2} or @eq-eq2.
# Materials and Methods
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus neque ex, vehicula dictum risus fermentum, feugiat faucibus neque. Etiam purus quam, lacinia vel porta in, malesuada ac nisl. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Sed bibendum placerat tellus, ac finibus lectus euismod eget.
## Study area
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus neque ex, vehicula dictum risus fermentum, feugiat faucibus neque. Etiam purus quam, lacinia vel porta in, malesuada ac nisl. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Sed bibendum placerat tellus, ac finibus lectus euismod eget. Nulla mattis diam vitae bibendum consequat.
{#fig-logo}
See @fig-logo for a picture of the study area. Etiam vitae eros tristique, porta sapien a, aliquet mauris. Praesent ultricies mi nulla, et dignissim nulla mattis at. Fusce rhoncus leo quis odio euismod, hendrerit facilisis risus tincidunt. Aenean at lectus justo. Cras fringilla lacus nisl, ac convallis odio tincidunt vel. Integer vel egestas nisi. Curabitur vitae imperdiet justo.
Curabitur efficitur in risus quis egestas. Suspendisse porta interdum leo ac ultricies. Pellentesque bibendum, felis vitae fermentum eleifend, nunc nunc fermentum nisi, ac maximus felis lacus lobortis risus. Suspendisse potenti. Nunc vitae consequat elit. Fusce id ligula sed lectus condimentum laoreet. Vestibulum faucibus commodo suscipit. Nulla tempor tellus vel massa efficitur euismod. Duis nec commodo mauris, sit amet tincidunt elit. Cras mollis non ante sed venenatis. In ultricies ante accumsan lectus rhoncus, vel pharetra sem convallis.
# Results
See @tbl-numbers for the table of results. Phasellus quis orci nec erat suscipit imperdiet. Aenean pulvinar enim ut ante convallis, vel sollicitudin purus malesuada. Sed sed ullamcorper urna. Morbi sed lobortis neque, sit amet hendrerit magna. Donec ultricies pretium lorem, eget sagittis metus posuere et. Aenean ex purus, aliquam sit amet tellus ut, pellentesque porttitor orci. Integer quis mi pharetra, bibendum neque nec, viverra nulla. Cras quis magna in erat facilisis consequat. Vivamus sed lectus iaculis, euismod ligula eu, fermentum sem.
| Thing | Value |
|:------|------:|
| A 42 | 18 |
| B 15 | 18 |
| C 34 | 17 |
| D 99 | 24 |
: Table of numbers. {#tbl-numbers}
# Discussion
Lorem ipsum dolor sit amet, @tbl-numbers, consectetur adipiscing elit. @knuth84 and all things LaTeX. Phasellus neque ex, vehicula dictum risus fermentum, feugiat faucibus neque. Etiam purus quam, lacinia vel porta in, malesuada ac nisl. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Sed bibendum placerat tellus, ac finibus lectus euismod eget. Nulla mattis diam vitae bibendum consequat. Etiam vitae eros tristique, porta sapien a, aliquet mauris. Praesent ultricies mi nulla, et dignissim nulla mattis at. Fusce rhoncus leo quis odio euismod, hendrerit facilisis risus tincidunt. Aenean at lectus justo. Cras fringilla lacus nisl, ac convallis odio tincidunt vel. Integer vel egestas nisi. Curabitur vitae imperdiet justo.
Curabitur efficitur in risus quis egestas. Suspendisse porta interdum leo ac ultricies. Pellentesque bibendum, felis vitae fermentum eleifend, nunc nunc fermentum nisi, ac maximus felis lacus lobortis risus. Suspendisse potenti. Nunc vitae consequat elit. Fusce id ligula sed lectus condimentum laoreet. Vestibulum faucibus commodo suscipit. Nulla tempor tellus vel massa efficitur euismod. Duis nec commodo mauris, sit amet tincidunt elit. Cras mollis non ante sed venenatis. In ultricies ante accumsan lectus rhoncus, vel pharetra sem convallis.
Phasellus quis orci nec erat suscipit imperdiet. Aenean pulvinar enim ut ante convallis, vel sollicitudin purus malesuada. Sed sed ullamcorper urna. Morbi sed lobortis neque, sit amet hendrerit magna. Donec ultricies pretium lorem, eget sagittis metus posuere et. Aenean ex purus, aliquam sit amet tellus ut, pellentesque porttitor orci. Integer quis mi pharetra, bibendum neque nec, viverra nulla. Cras quis magna in erat facilisis consequat. Vivamus sed lectus iaculis, euismod ligula eu, fermentum sem.
Quisque congue, ligula et mattis vulputate, arcu risus facilisis mauris, a feugiat mi mi et magna. Aliquam id malesuada neque. Sed dapibus justo mauris, sed mattis nibh sodales sit amet. Donec nec faucibus magna. Curabitur tincidunt porta egestas. In eleifend sed enim ac varius. Vivamus tempus ultrices vehicula. Vestibulum iaculis eleifend mattis. Quisque euismod dui et velit facilisis dapibus. Ut in mauris porttitor, congue orci et, sodales turpis. Pellentesque porttitor volutpat sapien vel pretium.
Aliquam ante diam, euismod in nisi sed, iaculis tincidunt lacus. Cras pellentesque magna id enim pulvinar porta. Proin quis feugiat quam. Nunc vitae ultricies nulla, a facilisis tortor. Aliquam semper mi et libero tincidunt, nec iaculis erat pharetra. Duis ac pharetra purus. Nunc condimentum ex massa, a vestibulum risus bibendum in. Suspendisse suscipit, lectus pharetra vulputate fringilla, ligula sem condimentum purus, eget dapibus diam libero vitae lorem. Nam blandit pulvinar augue, non gravida risus rhoncus sed.
# Conclusion
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus neque ex, vehicula dictum risus fermentum, feugiat faucibus neque. Etiam purus quam, lacinia vel porta in, malesuada ac nisl. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Sed bibendum placerat tellus, ac finibus lectus euismod eget. Nulla mattis diam vitae bibendum consequat. Etiam vitae eros tristique, porta sapien a, aliquet mauris. Praesent ultricies mi nulla, et dignissim nulla mattis at. Fusce rhoncus leo quis odio euismod, hendrerit facilisis risus tincidunt. Aenean at lectus justo. Cras fringilla lacus nisl, ac convallis odio tincidunt vel. Integer vel egestas nisi. Curabitur vitae imperdiet justo.
Curabitur efficitur in risus quis egestas. Suspendisse porta interdum leo ac ultricies. Pellentesque bibendum, felis vitae fermentum eleifend, nunc nunc fermentum nisi, ac maximus felis lacus lobortis risus. Suspendisse potenti. Nunc vitae consequat elit. Fusce id ligula sed lectus condimentum laoreet. Vestibulum faucibus commodo suscipit. Nulla tempor tellus vel massa efficitur euismod. Duis nec commodo mauris, sit amet tincidunt elit. Cras mollis non ante sed venenatis. In ultricies ante accumsan lectus rhoncus, vel pharetra sem convallis.
Phasellus quis orci nec erat suscipit imperdiet. Aenean pulvinar enim ut ante convallis, vel sollicitudin purus malesuada. Sed sed ullamcorper urna. Morbi sed lobortis neque, sit amet hendrerit magna. Donec ultricies pretium lorem, eget sagittis metus posuere et. Aenean ex purus, aliquam sit amet tellus ut, pellentesque porttitor orci. Integer quis mi pharetra, bibendum neque nec, viverra nulla. Cras quis magna in erat facilisis consequat. Vivamus sed lectus iaculis, euismod ligula eu, fermentum sem.
Quisque congue, ligula et mattis vulputate, arcu risus facilisis mauris, a feugiat mi mi et magna. Aliquam id malesuada neque. Sed dapibus justo mauris, sed mattis nibh sodales sit amet. Donec nec faucibus magna. Curabitur tincidunt porta egestas. In eleifend sed enim ac varius. Vivamus tempus ultrices vehicula. Vestibulum iaculis eleifend mattis. Quisque euismod dui et velit facilisis dapibus. Ut in mauris porttitor, congue orci et, sodales turpis. Pellentesque porttitor volutpat sapien vel pretium.
Aliquam ante diam, euismod in nisi sed, iaculis tincidunt lacus. Cras pellentesque magna id enim pulvinar porta. Proin quis feugiat quam. Nunc vitae ultricies nulla, a facilisis tortor. Aliquam semper mi et libero tincidunt, nec iaculis erat pharetra. Duis ac pharetra purus. Nunc condimentum ex massa, a vestibulum risus bibendum in. Suspendisse suscipit, lectus pharetra vulputate fringilla, ligula sem condimentum purus, eget dapibus diam libero vitae lorem. Nam blandit pulvinar augue, non gravida risus rhoncus sed.
# Author Contributions
Author1 designed the research. Author2 carried out all simulations, analyzed the data. Author1 and Author2 wrote the article.
# Acknowledgments
We thank G. Harrison, B. Harper, and J. Doe for their help.
# References
::: {#refs}
:::