/
classify.py
30 lines (26 loc) · 1003 Bytes
/
classify.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
"""classify genomes"""
def subparser(subparsers):
subparser = subparsers.add_parser('classify')
subparser.add_argument('--db', nargs='+', action='append')
subparser.add_argument('--query', nargs='+', action='append')
subparser.add_argument('--threshold', metavar='T', type=int, default=5)
subparser.add_argument(
'-q', '--quiet', action='store_true',
help='suppress non-error output'
)
subparser.add_argument(
'-d', '--debug', action='store_true',
help='output debugging output'
)
subparser.add_argument(
'-o', '--output', metavar='FILE', default='-',
help='output CSV to the specified file; by default output to stdout'
)
subparser.add_argument('--scaled', type=float)
subparser.add_argument(
'--traverse-directory', action='store_true',
help='load all signatures underneath directories'
)
def main(args):
import sourmash
return sourmash.lca.command_classify.classify(args)