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Thermal adaptation of prokaryotic mRNA sequences

Notebooks

• Classification (conv1D network on raw mRNA sequences)
• Classification (conv1D network on raw secondary structure)

Review

Structural signatures of thermal adaptation of bacterial ribosomal RNA, transfer RNA, and messenger RNA

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5598986/

Dataset: https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/9DDRNU

Preprocessing

Extract RNA 2D structure using the RNAfold package of ViennaRNA.

./preprocessing/generate_mfe_structure.sh "data/rna_temp/seq/mrna/**/*.fasta"

The script iterates through files matching the pattern provided and creates one text file in the same location with extension .structure.txt.

Output file example:

..................(((((((((((((((.....(((((..((((((.....((((.((((((((......(((..(((.(((((..((((((..(((((..(((((((.......(((((((((......))))).).)))...((((((.......))))))......(((((.(((.........)))))))).(((((((..(((((((...((((((.((........)))))))).)))))))......))))))).))))))).)))))...))))))..)))))..)))..)))))))))))...))))..(((((((.........))))))).(((...((((((((((....((((...)))).((((((((.(((.....))))))))))).((((((.......((.(((((.((((....)))).)))))..)).....))))))(((...........)))..))))))))))...))).(((.(((.....))))))..(((...((((((((((.......))))))))))...)))...).)))))..)))))....)))))))((((.(((((.(((((((.((((...)))).)))))))..))))))))).))))))))....... (-176.60)