autoLiterature

autoLiterature是一个基于Dropbox和Python的自动文献管理器。Inspired by Mu Li.

note.md被替换的三种情况：

# 情况一, 已发表文献，拥有DOI，识别规则为  r'- \[.*\]'
- [10.1038/s41598-021-92475-7]
# 情况二, 未发表文献，拥有arxiv_id，识别规则为  r'- \[.*\]'。请勿在arxiv_id后添加版本号，比如1809.10341v2。
- [1809.10341]
# 情况三，本地或者服务器图片链接， 识别规则为  r"\(.*?.png\)"
# 为了兼容服务器端，图片存放位置必须为Dropbox文件夹下。
# 比如，放在HOME/Dropbox/*.png，在note.md中用*.png指代。
![](your_picture.png)  # autoLiterature会自动上传Home/Dropbox/your_picture.png 

麻烦使用该邀请链接Dropbox注册Dropbox帐号，邀请者和被邀请者帐号都会增加一些空间。

特点

• 自动抓取文献元信息，并下载文献
• 自动上传文献到Dropbox，并生成Dropbox分享链接
• 自动上传图片到Dropbox，并生成分享链接替
• 替换上述内容到笔记中相应的位置

安装

1. 下载软件

git clone https://github.com/WilmerWang/autoLiterature.git
cd autoliterature

2. 安装依赖项

conda create -n autoliter python  # 新建一个conda环境
conda activate autoliter  # 激活环境
pip install -r requirements.txt  # 安装依赖项

软件参数

(autoliter) Name@Cat:~/autoLiterature$ python main.py -h
usage: main.py [-h] [-p ROOT_PATH] [-k DROPBOX_ACCESS_TOKEN] [-t INTERVAL_TIME]

autoLiterature

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -p ROOT_PATH, --root_path ROOT_PATH
                        The path to the folder.
  -k DROPBOX_ACCESS_TOKEN, --dropbox_access_token DROPBOX_ACCESS_TOKEN
                        https://www.dropbox.com/developers/documentation/python#tutorial
  -t INTERVAL_TIME, --interval_time INTERVAL_TIME
                        The interval time for monitoring folder.

使用

1. 获得Dropbox API 的 access token

   1. 注册Dropbox, 在App Console注册一个新的应用。
   2. 进入应用中，选择Permissions选项，将Files and folders权限开到最大，比如勾上files.metadata.write, files.content.write, sharing.write, file_requests.write, contacts.write.
   3. 选择应用中的Settings，勾选Access token expiration-->No expiration, 然后点Generated access token 生成一个永久Access token

2. 选择一个存放文献笔记的文件夹作为程序监视对象，比如./note, 选择监控频率t s/epoch.

3. 运行程序

   python main.py -p ./note -k your_access_token -t 1
   

   后台运行

   # Linux
   nohup python main.py -p ./note -k your_access_token -t 1 >main.log 2>&1 &
   
   #  Window
   pythonw main.py -p ./note -k your_access_token -t 1
   

4. 在./note中新建Markdown文件做文献笔记

   1. 当文档中出现- [DOI]或者- [Arxiv_id]，比如- [10.1038/s41598-021-92475-7]的时候，autoLiterature会自动抓取文献信息，下载pdf并上传到Dropbox,写入文献笔记。
   2. 当文献中出现![](*.png)的时候，autoLiterature会将本地或者服务器HOME/Dropbox/*.png图像推送到Dropbox，并生成共享链接来替换本地链接。

5. 同步attachment和note文件链接

   python scr/autosync.py -p ../note -k your_access_token

其它

TODO

• 做成类似有道云笔记软件（写文献笔记发现开了太多md文件，很杂乱。并且希望后端在自己想pull文献的时候才跑，平常不跑）
• 添加文章引用次数
• enhance 对错误ID的鲁棒性

建议

• Dropbox，Arxiv, Sci-hub貌似国内网络都不太好，建议配置一个proxychains。proxychains python main.py -p * -k * -t *