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エジプトはアトラス山脈にある魔術師・錬金術師の協会。巨人の穴倉ともいう。 かつて機能していた魔術協会───その三大部門の一つ、蓄積と計測の院。 中世から主流となった現代錬金術とは異なる、魔術の祖、世界の理を解明する錬金術師の集団だった。 魔術師というよりは自身の肉体をマン・マシーンとして扱う異能者たちで、自身の肉体を『正しく、強く、速く』知性を働かせるための容れ物として扱っていた。 人間とは運動機能（五感）をもった類い希なる計算装置である。情報を収集し、解析し、生まれ出る数々の問題に、労働力としてダイレクトに対応できるよう進化した知的生命体が我々人間である、というのが彼らの信条だった。 その正しさは魔術の絶えたEXTRA世界で奇しくも証明された。 アトラスの錬金術師たちは魔術回路が乏しく、魔力に頼った活動をしてこなかった者たちである。 魔力に頼っていなかった（正しくは『頼れなかった』のだが）彼らは魔力枯渇の後でも魔術の徒として探求を続けられた。 しかし長く次代の子供たちが誕生しなくなり、古参の錬金術師たちの自決死が続いていたアトラス院は魔術枯渇とは関係なく滅びようとしている。 アトラス院にはもはや一人のホムンクルスしか存在しない。最後のアトラスはホムンクルスを鋳造した後に病死し、洞窟には最後の作品だけが残された。 錬金術師たちが消え、未知の技術体系によって作られた研究施設だけが連なる地下都市は、さながら巨大な墓標のようだとも。