-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
protocol.html
376 lines (313 loc) · 10.1 KB
/
protocol.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta charset="utf-8" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<meta name="generator" content="pandoc" />
<title>Протокол анализа данных</title>
<script src="site_libs/jquery-1.11.3/jquery.min.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<link href="site_libs/bootstrap-3.3.5/css/flatly.min.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/tabsets.js"></script>
<style type="text/css">
h1 {
font-size: 34px;
}
h1.title {
font-size: 38px;
}
h2 {
font-size: 30px;
}
h3 {
font-size: 24px;
}
h4 {
font-size: 18px;
}
h5 {
font-size: 16px;
}
h6 {
font-size: 12px;
}
.table th:not([align]) {
text-align: left;
}
</style>
<link rel="stylesheet" href="my_styles.css" type="text/css" />
<style type = "text/css">
.main-container {
max-width: 940px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
code {
color: inherit;
background-color: rgba(0, 0, 0, 0.04);
}
img {
max-width:100%;
height: auto;
}
.tabbed-pane {
padding-top: 12px;
}
.html-widget {
margin-bottom: 20px;
}
button.code-folding-btn:focus {
outline: none;
}
summary {
display: list-item;
}
</style>
<style type="text/css">
/* padding for bootstrap navbar */
body {
padding-top: 60px;
padding-bottom: 40px;
}
/* offset scroll position for anchor links (for fixed navbar) */
.section h1 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.section h2 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.section h3 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.section h4 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.section h5 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.section h6 {
padding-top: 65px;
margin-top: -65px;
}
.dropdown-submenu {
position: relative;
}
.dropdown-submenu>.dropdown-menu {
top: 0;
left: 100%;
margin-top: -6px;
margin-left: -1px;
border-radius: 0 6px 6px 6px;
}
.dropdown-submenu:hover>.dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-submenu>a:after {
display: block;
content: " ";
float: right;
width: 0;
height: 0;
border-color: transparent;
border-style: solid;
border-width: 5px 0 5px 5px;
border-left-color: #cccccc;
margin-top: 5px;
margin-right: -10px;
}
.dropdown-submenu:hover>a:after {
border-left-color: #ffffff;
}
.dropdown-submenu.pull-left {
float: none;
}
.dropdown-submenu.pull-left>.dropdown-menu {
left: -100%;
margin-left: 10px;
border-radius: 6px 0 6px 6px;
}
</style>
<script>
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu anchor
href = window.location.pathname
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1)
if (href === "")
href = "index.html";
var menuAnchor = $('a[href="' + href + '"]');
// mark it active
menuAnchor.parent().addClass('active');
// if it's got a parent navbar menu mark it active as well
menuAnchor.closest('li.dropdown').addClass('active');
});
</script>
<!-- tabsets -->
<style type="text/css">
.tabset-dropdown > .nav-tabs {
display: inline-table;
max-height: 500px;
min-height: 44px;
overflow-y: auto;
background: white;
border: 1px solid #ddd;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active:before {
content: "";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li.active:before {
content: "";
border: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open:before {
content: "";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active {
display: block;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:focus,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
border: none;
display: inline-block;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li {
display: block;
float: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li {
display: none;
}
</style>
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open')
});
});
</script>
<!-- code folding -->
</head>
<body>
<div class="container-fluid main-container">
<div class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#navbar">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="index.html">Proteomics course</a>
</div>
<div id="navbar" class="navbar-collapse collapse">
<ul class="nav navbar-nav">
<li>
<a href="index.html">Начало</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">
Конспект
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="00_introduction.html">О модуле Анализ протеомных данных</a>
</li>
<li class="divider"></li>
<li>
<a href="01_introduction_to_r.html">Знакомство с R</a>
</li>
<li>
<a href="02_data_preprocessing.html">Предварительная обработка данных</a>
</li>
<li>
<a href="03_classification.html">Классификация</a>
</li>
<li>
<a href="04_differential_expression_analysis.html">Дифференциальная экспрессия</a>
</li>
<li class="divider"></li>
<li>
<a href="protocol.html">Протокол анализа данных</a>
</li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="resources.html">Ссылки и ресурсы</a>
</li>
<li>
<a href="coding_practices.html">Правила хорошего кода</a>
</li>
</ul>
<ul class="nav navbar-nav navbar-right">
</ul>
</div><!--/.nav-collapse -->
</div><!--/.container -->
</div><!--/.navbar -->
<div class="fluid-row" id="header">
<h1 class="title toc-ignore">Протокол анализа данных</h1>
</div>
<ol style="list-style-type: decimal">
<li>Правильно ли открылись данные? Правильно ли определены типы переменных?</li>
<li>Сколько пептидов и сколько проб в файле с экспрессией? Для всех ли проб указаны значения факторов в файле с факторами? (т.е. соответствует ли число строк в файле с факторами числу столбцов в файле с экспрессией?)</li>
<li>Сколько групп закодировано в каждом факторе? Сколько проб входит в каждую из групп?</li>
<li>Сколько пропущенных значений экспрессии для каждого из пептидов? Если есть пропуски — проводим импутацию.</li>
<li>Нужна ли нормализация? RI-plot или боксплот. Если нужно — нормализуем.</li>
<li>Лог-трансформируем данные.</li>
<li>(Не обязательно, но возможно) Разведочный кластерный анализ, чтобы выяснить нет ли таких отдельных пептидов или проб, которые сильно отличаются от других. Можно выявить технические ошибки.</li>
<li>Усредняем технические повторности. (К сожалению, не могу предложить вам универсального способа сделать это в R, кроме как напрямую усреднить соответствующие столбцы)</li>
<li>Строим дендрограмму проб. Получаем значения поддержки ветвей (и/или считаем другие индексы оценки качества кластеризации).</li>
<li>Проводим анализ дифференциальной экспрессии. Полную таблицу дифференциально-экспрессируемых пептидов можно включить в приложения. Краткую таблицу и/или тепловую карту экспрессии всех дифференциальных пептидов можно включить в текст.</li>
</ol>
<p>В итоге у вас должны получится:</p>
<ul>
<li>Дендрограмма проб.</li>
<li>Таблица дифференциально-экспрессируемых пептидов (краткая или полная).</li>
<li>Тепловая карта экспрессии дифференциальных пептидов.</li>
</ul>
<p><small>
(C) 2019 Marina Varfolomeeva, Arina Maltseva
</small></p>
</div>
<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.header').parent('thead').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML";
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>