ddskkで作成したユーザー辞書を読み込むと [ のような変換候補が表示される

[ogaken-1]

** ] だけの候補？

おおk /大/多/[き/大/]/[く/多/大/]/

のようなエントリのことをおしゃっているのでしょう。

このようなエントリは個人辞書の送りありエントリでしか見られません。

.skk で skk-henkan-okuri-strictly を t にセットすると、検索の際、送り
仮名の厳密なマッチを要求するようになります。このとき、検索の手順は、お
およそ次のようになります。例えば、`OoKi' とタイプすると、

(1)`おおk' を見出しとして個人辞書を検索。

(2)見つかったら、次は同一行に `[き' があるかどうか検索する (あった!)。

(3)見つかったら、次に現われる `]' までの間に挟まれている候補だけを出力す
る (「大」だ!)。

従い、「多」については、候補として含まれているにもかかわらず、出力され
ません。

skk-henkan-okuri-strictly が nil の場合は、上記 (2), (3) のプロセスは
省略され、見出し語が見つかったら `[(送り仮名)' のような候補が出てくる
までの候補を全て出力します (上記の例ですと、「大」と「多」)。

skk-henkan-strict-okuri-precedence を t にセットすると、送り仮名がマッ
チするものを優先的に出力し、マッチしないものも劣後的に出力します。

http://openlab.jp/skk/skk/dic/READMEs/committers.txt

以上に記載されている内容をパースできていないものと考えています。

ddskkと辞書の互換性があるとは明記されていないと思いますが、同時に利用すると問題があるようなので報告します。