Description

高通量测序数据分析

Environment

测试环境：

• 上游分析：成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36
• 下游分析：Debian GNU/Linux 12 (bookworm)

conda 环境搭建：

git clone https://github.com/yuanj82/NGS-analysis.git
cd NGS-analysis/environment
cp .condarc ~/
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
conda env create --file rna-seq-env.yml   # RNA-seq
conda env create --file atac-seq-env.yml  # ATAC-seq

Docs

• 转录组学分析基础——测序技术
• RNA-seq 上游分析学习
• RNA-seq 上游分析实践
• 详解 ATAC-seq
• 单细胞转录组技术综述
• 表观遗传学之 Chip-Seq
• 表观遗传学之 WGBS
• 挖掘 TFBS 的利器——DAP-Seq