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todo.md

File metadata and controls

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Raw

VERSION ONE

step 1

  • 上传sequence并保存
  • 上传文件并保存
  • 将上传或处理后的文件调用predict.py, 并将结果文件保存
  • ~~ 输出结果文件~~

todo: 解决两个子进程的顺序问题

step 2

  • 将job信息添加至数据库
  • eamil发送jobID， job完成后发送email

step 3

  • status显示任务信息
  • search 数据库
  • 完成prediction后Jobinfo页面变化
  • chart 加虚线，超过部分变色, 隐藏X轴下标
  • chart size 适应话改变， 增加下载功能，增加显示序列功能
  • chart 改按button显示

step 4

  • 实现点击任务列表跳转结果显示界面, 分页效果
  • predict完成可直接点击任务号查看结果
  • 添加404页面
  • 解决外连样式问题

step 5

  • 增加zoom in/out 功能
  • 添加drag to zoom和reset to default的按钮
  • 修改sequence错误
  • 添加列表搜索框功能
  • 更改seq显示样式
  • 增加多选功能
  • 增加返回顶部功能(悬浮框)
  • 增加chart导航
  • 更改tool tip 样式，改为显示附近的序列

step 6

  • 增加数据库自动清理功能
  • 增加查询结果不存在情况
  • 更换数据传输

step 7

  • 增加存ip数据表
  • 增加获取IP函数
  • 增加等待执行列表
  • 增加ip用户任务大小检测
  • 客户端ip地址获取修改
  • 增加用户删除任务功能
  • 增加保存chart功能

step 8

  • 增加hmmscan功能
  • 可视化hmmscan结果
  • fix 没有结果bug

step 9

  • 增加structure scan 功能
  • 可视化结果
  • fix 响应超时bug
  • 改进btn样式 & 图表矩形互相响应（同属一个family的seg rect 的响应）

VERSION UPDATE

更改deepdom predict过程，command写进一脚本后整体调用

Add run SCOP superfamily scripts in back-end

  • 下载相关module并test
  • 加进运行队列
  • 修改 superfamily.pl 中文件名获取、命令的路径 和 ass3.pl 中的文件路径
  • 新增convert2csv.py脚本，转化结果到csv文件

Add run CATH scripts in back-end

  • 下载相关module并test
  • 编写perl脚本cath.pl运行整个pipline
  • 修改assign_cath_superfamilies.py的两个文件路径
  • 加进运行队列

Redesign result showing page

  • SCOP 完成
  • CATH 完成
  • DEEPDOM 完成
  • 自动显示结果最佳匹配

sciprts plugins

  • 增加SCOP和CATH结果domain ID对应的名称，同时添加外联接
  • new script CATH/des_addon.py

ADD USER MAP AND STATISTIC ON INDEX PAGE

  • 在首页设置map，控制点呼吸
  • 根据用户ip自动转换成坐标，于首页显示(新用户使用时自动添加坐标信息到数据库，首页直接读取数据库内容再显示)
  • 首页添加用户信息与查询信息
  • fix querys number 在定期删除后的显示错误

修复了query名不匹配bug,\r\n分行的区别，以及读入文件末尾有空行bug

ADD PAGE INSTRUCTION FUNCTION ON EACH PAGE

  • 基础页面添加完毕
  • 添加example页面

step

  • 整体UI设计规划/ footer
  • 任务等待页设计
  • 邮件样式设计

step

  • 上线测试

RESTFUL ROUTES

name url verb desc.

INDEX / GET show the landing page UPLOAD /upload GET show the upload page SEQPROCESS /upload/sequence POST deal with sequence, then redirect FILEPROCESS /upload/file POST deal with uploaded file, then redirect JOBINFO /upload/:id GET show the current job info to user

RESULT1 /result/id POST get job from database by id, then rediredct to result page RESULT2 /result/name POST get job from database by nick name, then rediredct to result list RESULT3 /result/seq POST get job from database by sequence, then rediredct to result list

SEARCH /jobs GET show the page to search jobs SHOW /jobs/:id GET show the result JOBSLIST /jobs/all GET show all tasks info DOWNLOAD /jobs/download/:id GET download the result file DELETE /jobs/delete/:id POST delete the selected job

SCOP /process/scop/:id POST get current job scop result CATH /process/cath/:id POST do the gene3D hmmscan of post seq LOCATION /process/location/ POST analysis user's location and save in DB LOCATION /process/location/ GET return users' locations to index page USER_NUMBER /process/statistic/users GET return the number of users QUERYS_NUMBER /process/statistic/querys GET return the number of jobs

var jobInfoSchema = new mongoose.Schema({ nickName: String, sequence: String, file: String, email: String, status: String, finishedTime: Date, ipAddress: String });

var userInfoSchema = new mongoose.Schema({ ipAddress: String, capacity: Number, lat: Number, lon: Number });