A ideia aqui é manter o vim o mais enxuto possível e apenas com o que for necessário e produtivo. Todos os plugin estão instalados através do Pathogen e utilizando submódulos do git com as versões mais recentes no Github.
Crie um link do vimrc controlado pelo git para o seu $HOME, por exemplo:
$ ln -s ~/.vim/vimrc ~/.vimrc
Para atualizar todos os plugins com a última versão no Github:
$ git submodule update --init
Todos os arquivos do plugin, como /doc, /syntax e etc ficam em seu diretório específico dentro do vim/bundle. Para remover o plugin basta remover o diretório, sem ter que ficar caçando onde tem arquivos do plugin. Além disso ao rodar o update do submodule todos os plugins estarão com a última versão de desenvolvimento que está no GitHub.
Notas:
Para que o plugin TagList funcione adequadamente é necessário a instação do ctags/exuberant-ctags. Também é necessário a instalação do phpcs, que pode ser instalado via pear: # pear install PHP_CodeSniffer