Alignement de séquences

English version here

alignement_deterministe.py

• algorithme de Needleman-Wunsch : alignement global
• algorithme de Smith-Waterman : alignement local
• distance de Levenshtein : nombre d'opérations (ajout, suppression, modification) minimal pour passer d'une séquence à une autre

blast.py : heuristique pour trouver des alignements locaux dans de très longues chaînes

main.py : exemples d'usages des algorithmes présentés

recuperation_donnees.py : récupérations de mots grâce à nltk

1. On installe nltk avec # apt-get install nltk
2. On télécharge le corpus Swadesh avec

>>> import nltk
>>> nltk.download()

utils.py : quelques fonctions bien utiles mais inclassables