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Curso prático de Ciência Aberta focado em ferramentas para reprodutibilidade: OSF, Zenodo, Zotero, Git/GitHub, RStudio/Quarto, e Docker. Aprenda a tornar sua pesquisa transparente, colaborativa e reprodutível. Ideal para pós-graduandos e cientistas de todas as áreas.

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Sobre esse repositório

Repositório do curso "Artigo à Prova de Futuro: Jornada de Open Science na Prática". Nesse README, você encontrará algumas instruções gerais sobre esse repositório e o curso. Maiores detalhes sobre a programação do curso estão disponíveis no site do curso.

Trata-se de um curso intermitente, e por isso, a cada versão, que pode ou não sofrer atualizações de conteúdo, será criado um realease. O deploy do curso sempre se refere à última versão disponível. Caso queira acessar uma versão específica, basta acessar a aba de releases e baixar o arquivo zip correspondente. Cada versão é nomeada pela data de lançamento (mês e ano) e um número de versão. Se o número da versão não mudar, nada alterou, exceto o calendário do curso.

Sobre o curso

O curso tem objetivo de introduzir os conceitos relacionados com a ciência aberta e a prática da pesquisa reprodutível. O curso aborda temas introdutórios sobre ciência aberta, com foco no ferramental disponível para tornar a pesquisa mais transparente, reprodutível e acessível. O curso é voltado para pesquisadores e estudantes de pós-graduação, mas aberto a qualquer pessoa interessada em aprender sobre a prática da ciência aberta. O protagonista do curso é o pesquisador brasileiro que deseja aprimorar a qualidade e a transparência de sua pesquisa, e que busca ferramentas para tornar-lá mais eficiente e acessível.

O curso sempre acontecerá de forma remota e síncrona, com aulas expositivas e práticas. As aulas serão gravadas e disponibilizadas no canal do YouTube do projeto Psico&Econo_METRIA. Nesse sentido, o material do curso organizado nesse repositório refere-se ao roteiro estruturado de tudo que se vê nas aulas síncronas e conteúdos adicionais (bibliografia, notas de aulas, links, etc).

Estrutura do curso

O curso é dividido em 8 módulos, com cerca de duas horas de duração cada módulo, totalizando 16 horas de curso. A seguir, a ementa do curso:

  1. Módulo 1: Introdução à Ciência Aberta
  2. Módulo 2: Repositórios da Ciência Aberta
  3. Módulo 3: Gerenciamento de Referências e Bibliotecas
  4. Módulo 4: Gestão de Dados e Projetos
  5. Módulo 5: Controle de Versão
  6. Módulo 6: Documentos Reprodutíveis
  7. Módulo 7: Controle de Ambiente (containers)
  8. Módulo 8: IA Aplicada à Pesquisa Científica

Pré-requisitos

O curso não exige conhecimento prévio em programação, mas é recomendável que o aluno tenha familiaridade com o uso de computadores e com a escrita de textos científicos. Nesse sentido, não é necessário ter conhecimento prévio sobre as ferramentas e plataformas que utilizaremos no curso: Zotero, OSF, Zenodo, Git, Github, RStudio, Quarto/RMarkdown, Docker, etc; mas desejável que o aluno já as tenha instalado e/ou cadastro nas plataformas.

  • Primeiramente, se cadastre no Github: https://github.com/signup, pois com ele você poderá acessar o material do curso e interagir com os demais participantes. E com a conta do Github você também poderá se cadastrar em outras plataformas, como o Zenodo, OSF, etc. Algumas features que aprenderemos no curso exigem o vínculo entre as contas. Se for professor ou estudante, você pode solicitar o GitHub Education e ter acesso, por exemplo, ao Copilot, uma das ferramentas de IA que abordaremos no último módulo. Por isso, é importante que você se cadastre com um e-mail institucional. Use o mesmo e-mail para se cadastrar em todas plataformas.

  • Versão mais recente do Git: https://git-scm.com/downloads. O Git é uma ferramenta de controle de versão, e o Github é uma plataforma que utiliza o Git. O Git é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta, e é uma das ferramentas mais importantes para o pesquisador que deseja tornar sua pesquisa mais transparente e reprodutível.

  • Versão mais recente do Zotero: https://www.zotero.org/download/ e cadastro no Zotero: https://www.zotero.org/user/register/. Vamos discutir sobre o Zotero e diversos plugins que são úteis no dia-a-dia do pesquisador. Atualmente, o Zotero é a ferramenta mais completa para gerenciamento de referências e bibliotecas, e se integra nativamente com o RStudio.

  • Cadastro no OSF: https://osf.io/register/. Como veremos, essa plataforma é uma das mais importantes para a prática da ciência aberta. Ela está no começo (pré-registro) e no final (repositório de dados e pré-print) do ciclo de vida (workflow) de um projeto de pesquisa.

  • Cadastro no Zenodo: https://zenodo.org/login/. O Zenodo também é um repositório de dados e publicações científicas, e possui integração particular com o Github e o OSF, principalmente, para geração de DOI de repositórios.

  • Versão mais recente do RStudio: https://posit.co/download/rstudio-desktop/. O RStudio é uma Integrated Development Environment (IDE) para a linguagem R. O RStudio é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta em R, pois integra as principais soluções que abordaremos no curso (Zotero, Quarto, Git/Github, etc.). A empresa RStudio recentemente mudou o nome para Posit, com o objetivo refletir melhor a expansão da empresa para além do desenvolvimento de ferramentas para R, incluindo Python e outras linguagens. Nesse mesmo link você pode baixar o R, que é a linguagem de programação que utilizaremos no curso.

  • Versão mais recente do Quarto: https://www.quarto.org/. O Quarto é uma linguagem de marcação que permite a criação de documentos reprodutíveis e dinâmicos. Ele é uma evolução e tende a substituir o RMarkdown, que é a principal linguagem de marcação do R. O Quarto engloba e adiciona diversas outras vantagens ao RMarkdown, tal como a possibilidade de criar documentos reprodutíveis em Python, Julia, etc. Se você já tem algum conhecimento de RMarkdown, não se preocupe, pois o Quarto é uma extensão natural.

  • Versão mais recente do Docker e cadastro: https://www.docker.com/products/docker-desktop. O Docker é uma plataforma para desenvolvimento, envio e execução de aplicativos. O Docker é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta, pois permite a criação de ambientes reprodutíveis.

Outras soluções iremos discutir e testar durante o curso, como alguns pacotes do R, e aplicações de IA no último módulo, que na sua maioria requerem cadastros rápidos, e podem ser feitos de forma instantânea via conta Google/Microsoft/Apple. Vamos deixar para fazer isso durante o curso, pois são soluções que estão em constante atualização e opções novas surgem a todo momento.

Contribuindo com o curso

Esse curso é um projeto em constante desenvolvimento, e por isso, sugestões e contribuições são bem-vindas. Se você deseja contribuir com o curso, você pode fazer isso de diversas formas:

  1. Reportando erros: Se você encontrar algum erro no material do curso, você pode reportá-lo abrindo uma issue nesse repositório.

  2. Sugestões de conteúdo: Se você tem sugestões de conteúdo para o curso, você pode abrir uma issue nesse repositório.

  3. Contribuindo com código: Se você deseja contribuir com código, você pode abrir um pull request nesse repositório.

Licença

Esse curso é licenciado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International License. Isso significa que você pode compartilhar, adaptar e redistribuir o material do curso, desde que dê crédito ao autor original.

FAQ

  1. Como faço para citar o curso?

    Você pode citar o curso utilizando a seguinte DOI:

  2. Como faço para baixar o material do curso?

    Você pode baixar o material do curso clicando no botão verde "Code" e depois em "Download ZIP".

  3. Como faço para atualizar o material do curso?

    Você pode atualizar o material do curso baixando a versão mais recente do repositório.

  4. Como faço para acessar uma versão específica do curso?

    Você pode acessar uma versão específica do curso clicando na aba "Releases" e baixando o arquivo zip correspondente.

  5. Como faço para acessar o site do curso?

    Você pode acessar o site do curso clicando aqui.

  6. Como faço para acessar o canal do YouTube do curso?

    Você pode acessar o canal do YouTube do curso clicando aqui.

  7. Como faço para acessar o site do projeto Psico&Econo_METRIA?

    Você pode acessar o site do projeto Psico&Econo_METRIA clicando aqui.

Contato

Você pode entrar em contato com o autor do curso enviando um e-mail para pablorogers@ufu.br

About

Curso prático de Ciência Aberta focado em ferramentas para reprodutibilidade: OSF, Zenodo, Zotero, Git/GitHub, RStudio/Quarto, e Docker. Aprenda a tornar sua pesquisa transparente, colaborativa e reprodutível. Ideal para pós-graduandos e cientistas de todas as áreas.

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