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JGAF-RNAseq_mapping_hisat2.sh
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JGAF-RNAseq_mapping_hisat2.sh
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#!/bin/bash
#SBATCH --partition=fast
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem-per-cpu=2000
#SBATCH --job-name="RNAseq_aln"
#SBATCH --output=Lsat_RNAseq_aln-%j.out
# Modules needed ###############################################################
module load hisat2
module load samtools
module load freebayes
module load vcftools
# Refence genome ###############################################################
hisat2-build \
Lsat_mtDNA/Lsat_mtDNA.fasta \
Lsat_mtDNA/index
################################################################################
mkdir SRR085107
##SRR085107##
hisat2 \
-q \
-x Lsat_mtDNA/index \
--mp 2.0 \
-U SRR085107/SRR085107.fastq.gz \
-S SRR085107/SRR085107.mapped_reads.sam
samtools view -b \
SRR085107/SRR085107.mapped_reads.sam \
> SRR085107/SRR085107.mapped.bam
freebayes -f Lsat_mtDNA/Lsat_mtDNA.fasta \
SRR085107/SRR085107.mapped.bam > SRR085107/SRR085107.var.vcf
vcftools \
--vcf SRR085107/SRR085107.var.vcf \
--remove-indels \
--recode \
--recode-INFO-all \
--out SRR085107/SRR085107.SNPs.txt
################################################################################
mkdir SRR080725
##SRR080725##
hisat2 \
-q \
-x Lsat_mtDNA/index \
--mp 2.0 \
-U SRR080725/SRR080725.fastq.gz \
-S SRR080725/SRR080725.mapped_reads.sam
samtools view -b \
SRR080725/SRR080725.mapped_reads.sam \
> SRR080725/SRR080725.mapped.bam
freebayes -f Lsat_mtDNA/Lsat_mtDNA.fasta \
SRR080725/SRR080725.mapped.bam > SRR080725/SRR080725.var.vcf
vcftools \
--vcf SRR080725/SRR080725.var.vcf \
--remove-indels \
--recode \
--recode-INFO-all \
--out SRR080725/SRR080725.SNPs.txt