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Development vault for Chem plugin, providing chemistry support for Obsidian. Will archive this soon.

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Acylation/obsidian-chem-indev

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Obsidian Chem

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Obisidian Chem 为Obisidian 提供结构式绘制、渲染等功能,使您能够在笔记中添加化学式、结构式 项目语言&多语言问题,支持中英文提交issue(后期国际维护者多了再切换Guidance),建议双语,添加到Contributing、Welcoming/Issue工单中,原生自带汉化?

开发状态/Status

  • 2022-12-26: 该插件正在构想阶段
  • 2022-12-27: 行内渲染 powered by smiles-drawer
  • 2022-12-31: 完成技术选型,暂时搁置
  • 2023-02-21: 项目重启
  • 2023-04-01: 搭建框架
  • 2023-04-20: 导包成功,暂时搁置,下一步是调试深浅主题
  • 2023-04-29: 仓库迁移,深浅和主题配置成功,纯typescript项目,下一步计划清理本仓库,计划本仓库仅用于框架级别实验

设计理念

  • 数据存储可移植,能够方便地移植到非Obsidian场景,保留数据但不渲染
  • 渲染方法按照 Obisidian & Markdown 原生语法优化

Features

2D Sketcher

  • Ketcher Integration (Standalone version)
  • 在笔记中渲染SMILES字符串/InCHI字符串为Chem Canvas, with 内置结构编辑窗口,参考obsidian-admonition
  • OpenSmiles标准支持http://opensmiles.org/
  • 提供选项,是否展示化合物信息(Analysis Window)
  • 在笔记中插入化学结构链接,with 独立结构编辑窗口/Chemdraw联用器,以附件形式插入
  • 在Canvas中插入化学对象
  • ChemDraw Clipboard Support
  • Import/Export *.mol files, *.gjf files etc.
  • Export graphs/string/name etc.
  • OCR, 调用已有ChemOCR 库,或使用联网的Ketcher
  • 【长期】重写编辑器,提供类似ChemDraw的使用体验,需要处理翻译器、渲染器、交互、样式设计等复杂问题,预计用 Cpp+Qt 实现初版,打包后移植上nodejs
  • 【Optional】InChI Integration
  • Ketcher Canvas Support, saved and rendered as svg

3D Sketcher, Crystals, Bio & supermolecule

  • miew
  • Diamond embedded

Chemical Formula Supoort

  • 字符串处理库,cpp or ts
  • Obsidian渲染,使用Markdown内建LaTex 或 HTML 编辑
  • 在线渲染方案,以 Plain String 存储
  • 输入转换方案,以 Formatted String 存储
  • 中英文俗名-化学式对应库,允许用户编辑,整合自动填充
  • 复制导出格式:Word、HTML、图片等
  • 化学方程式支持及自动配平校正,提供标准的等号、箭头、物态标注方案,需要强大的数学库,热力学、动力学数据标记支持
  • 整合结构式的化学方程式
  • 核方程式

Chemical Support

  • 结构式、化学式、CAS、商城直通,基本数据、理化性质、MSDS数据做表
  • 内建Markdown表格或DB,提供导出方案(ChemDraw for Excel)

Spectrum Support

单独编写一个光谱库,导入为js

  • 化学常用谱图
  • 谱图类型
    • IR
      • FFT/原始图
    • MS
    • NMR
    • UV-Vis
  • 基本浏览功能

ChemGraphs

  • 仪器装置图
  • 反应流程图

Development

技术选型

  • 框架:React
  • 语言:Typescript
  • Core:Smiles-drawer/RDKit.js, CDK, Ketcher & Indigo

兼容性

  • InChI & SMILES support by Ketcher
  • MOL files and other coordinate files
  • RDKit
  • Open Babel

项目任务

  • 帮助文档
    • installation
    • usage & demo
    • roadmap
    • contribution
  • License: GPLv2 with openbabel depenency/MIT
  • 发布版本,迁移仓库,并重新上传
  • Github 工作流
  • Roadmap in Github Project
  • 移动端兼容
  • i18n
  • a11y

项目致谢

  • obsidian-projects
  • obsidian-admonition
  • smiles-drawer

About

Development vault for Chem plugin, providing chemistry support for Obsidian. Will archive this soon.

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