SDD I Module 2 : Workflow en biologie

Avant-propos

Il est possible que ce document évolue au cours du temps. N'hésitez pas à aller vérifier le lien suivant afin de voir les modifications dans les consignes : https://github.com/BioDataScience-Course/A02Gb_workflow

Objectif

Ce projet est un projet individuel, court et cadré qui doit être terminé pour la fin du module 2. Il porte sur la biométrie humaine. Son but est de vous faire réaliser l'intérêt de R Markdown pour écrire des documents scientifiques de manière à ce qu'ils soient reproductibles et faciles à mettre à jour.

Consignes

Vous êtes dans la peau d'un biologiste qui analyse des données de biométrie humaine. Vous avez à votre disposition deux jeux de données répartis en deux fichiers, disponibles à partir du sous-dossier data de ce projet.

• biometry_2014.xlsx
• biometry_2016.xlsx

Ces fichiers comprennent 7 variables :

• gender : homme (H) ou femme (F)
• db : date de naissance
• yb : année de naissance
• weight : masse en kg
• height : taille en cm
• wrist : circomférence du poignet en mm
• measurement_date : année de la prise de mesure

Analyse de biometry_2014.xlsx

• Utilisez ce jeu de données afin de réaliser un graphique de type nuage de points (choisissez-en un qui vous parait pertinent). Pour cela, utilisez le script R biometry_graphe.R qui est dans le sous-dossier R.

• Incorporez ensuite le graphique généré dans un rapport sous Microsoft Word (fichier nommé biometry_word.docx et placé dans le sous-dossier docs). Structurez votre rapport avec les différentes sections de la rédaction scientifique (introduction, but, matériel et méthodes, résultats, discussion et conclusions). Ajoutez une courte phrase relative à chaque section pour donner un peu de contenu à votre rapport, sans plus. Le graphique est à incorporer dans la section "résultats". Des explications détaillées sur la rédaction scientifique se trouvent dans l’annexe dédiée à cette dernière.

• Réalisez ensuite le même rapport mais dans un document R Markdown (format .Rmd). Pour cela, complétez le document biometry.Rmd mis à votre disposition dans le sous-dossier docs avec les différentes sections propre à un rapport scientifique. Copiez-y le texte que vous avez écrit précédemment, et utilisez le formattage propre à markdown. Incorporez-y également le graphique de type nuage de point dans la partie "résultats". Pour cela, copiez le code R issu du script biometry_graphe.R dans un chunks permettant de lire les données, et ensuite de réaliser le graphique.

• Compilez votre rapport R Markdown en trois formats différents : "HTML", "PDF" et "Word". Examinez le résultat, et comparez en particulier les deux version Word de votre rapport.

• Réalisez un commit signifiant la fin de cette première analyse.

Nouvelles données biometry_2016.xlsx

Après avoir réalisé une première version de vos rapports, l'un dans Word, et l'autre dans R Markdown, avec les données de data/biometry_2014.xlsx, vous recevez de nouvelles données (celles dansdata/biometry_2016.xlsx).

• Actualisez votre rapport sous Microsoft Word avec ces nouvelles données. Vous devez bien évidemment actualiser le graphique, ce qui revient donc à remplacer l'ancienne version par un graphique recalculé avec toutes les données 2014 + 2016.

• Faites de même pour votre rapport sous R Markdown.

Comparaison des deux méthodes

A la suite de vos analyses, répondez aux questions ci-dessous pour cadrer votre réflexion sur le workflow et la recherche reproductible.

Utilisez un fichier RMarkdown (.Rmd) pour y consigner vos réponses et placez-le dans votre projet RStudio. Nommez ce fichier workflow.Rmd

• Quel workflow vous semble le plus simple à l'utilisation, et pourquoi ?

• Comparez la façon dont les graphiques sont gérés dans les deux cas.

• Quel workflow vous semble le plus pertinent lorsque les données arrivent progressivement ?

• Quel workflow vous semble le plus simple et le plus approprié lorsque plusieurs personnes collaborent pour rédiger un rapport ?

Etat de progression

A la fin de ce module, vous devez avoir :

• un script R nommé biometry_graphe.R (dans le dossier R) qui comprend vos premiers graphique que vous utiliserez dans le document biometry_word.docx (dans le dossier docs)

• un fichier au format .doc ou .docx nommé biometry_word.docx (dans le dossier docs) comprend le nuage de point le plus à jour.

• un fichier au format .Rmd nommé biometry.Rmd (dans le dossier docs) qui comprend le nuage de point le plus à jour.

• un fichier au format .Rmd nommé workflow.Rmd (dans le dossier docs) qui comprend votre comparaison des workflows.