Exercices pratiques cadrés sur le module 3 Modèle linéaire : Maturation des ovocytes

Avant-propos

Cette séance d’exercices est en cours de développement. N’hésitez pas à vérifier le lien suivant afin de voir si des modifications n’ont pas été apportées dans les consignes : https://github.com/BioDataScience-Course/B03Ga_ovocyte

Introduction

ovo <- read("data/ovocyte.rds") %>.%
  mutate(., mat = as.factor(mat))

Le jeu de données ovocyte.rds que vous allez utiliser porte sur la maturation d’ovocytes. Afin de faire maturer les ovocytes, différentes concentrations connue d’hypoxantine sont testées.

La fonction suivante, vous donne une représentation des données contenues dans ovocyte.rds :

skimr::skim(ovo)

Name	ovo
Number of rows	280
Number of columns	3
_______________________
Column type frequency:
character	1
factor	1
numeric	1
________________________
Group variables	None

Data summary

Variable type: character

skim_variable	n_missing	complete_rate	min	max	empty	n_unique	whitespace
ind	0	1	1	1	0	7	0

Variable type: factor

skim_variable	n_missing	complete_rate	ordered	n_unique	top_counts
mat	0	1	FALSE	2	0: 174, 1: 106

Variable type: numeric

skim_variable	n_missing	complete_rate	mean	sd	p0	p25	p50	p75	p100	hist
conc	0	1	1.54	1.41	0	0.25	1	3	4	▇▂▂▂▂

La variable mat est a deux niveaux :

• 0 : l’ovocyte n’est pas en maturation
• 1 : l’ovocye a maturé

On dénombre pour chaque concentration d’hypoxantine le nombre suivant d’ovocyte :

ovo %>.%
  group_by(., as.factor(conc)) %>.%
  summarise(., number = length(mat)) %>.%
  spread(., key = `as.factor(conc)`, value = number)

## # A tibble: 1 x 7
##     `0` `0.25` `0.5`   `1`   `2`   `3`   `4`
##   <int>  <int> <int> <int> <int> <int> <int>
## 1    40     40    40    40    40    40    40

Objectif

Ce projet est un projet individuel, court et cadré qui doit être terminé pour la fin du module 3.

Consignes

1. Résumez le tableau de données afin d’obtenir la proportion d’ovocytes ayant maturé.

2. Réalisez un graphique permetant de représenter la proportion d’ovocytes ayant maturé en fonction de la concentration d’hypoxantine .

3. Réalisez un modèle linéaire génaralisé afin d’étudier la proportion d’ovocytes ayant maturé.

4. Consignez vos résultats dans un document structuré au format R Markdorwn. Utilisez le template (ovocytes.Rmd) mis à votre disposition dans le dossier docs. Ce document doit contenir :

   • une courte introduction sur l’hypoxantine et l’effet de cette substance sur les ovocytes.
   • une section analyse avec la description des données et la réalisation du modèle linéaire généralisé. Chaque tableau et graphique doit avoir une légende claire et précise comme montré dans l’exemple. Tout comme dans les revues scientifiques, les tableaux et graphiques doivent être cité dans le texte.
   • une section discussion et conclusion