Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

difficulty to compile interface to LAMMPS (version 3 Nov 2022) #181

Open
afalaize opened this issue Nov 10, 2022 · 2 comments
Open

difficulty to compile interface to LAMMPS (version 3 Nov 2022) #181

afalaize opened this issue Nov 10, 2022 · 2 comments

Comments

@afalaize
Copy link

Hi,
We currently face some difficulties to compile LAMMPS with interface to nnp.
We followed the instructions provided here and could successfully compile the nnp library. But the compilation of lammps fails with the following error:

make mode=lib mpi -j
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make[1]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make -j mode=static mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Gathering installed package information (may take a little while)
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make[2]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_nnp.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../domain.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_improper.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../read_data.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_enforce2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../utils.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../dump_custom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_lj_cut_coul_cut.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_evaporate.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pe.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../imbalance_group.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_skip_size.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_size_multi_old_newton_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../molecule.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_heat_flux.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_zbl.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_half_multi_old_3d_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../error.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_bond_partial.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_ghost_bin_2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../comm_brick.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_fragment_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../body.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_improper_partial.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../region_cone.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_nsq_newtoff_ghost.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../delete_atoms.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_bin_newtoff.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_com_chunk.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../math_eigen.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../hashlittle.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../min_linesearch.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_half_multi_2d_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nbin_multi.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_press_berendsen.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_efield.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_print.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../arg_info.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_bond_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_dihedral_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_pair.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pressure.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../dump_movie.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_reduce_chunk.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_nvt_sllod.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_dihedral_all.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_improper_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../comm_tiled.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_property_local.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../improper.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_lj_cut.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../force.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_ke.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_soft.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_multi_3d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../library.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_spring_self.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../angle_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_angle.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_halffull_newton_trim.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_dummy.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../balance.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pe_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_skip_size_off2on.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../min_hftn.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_temp_sphere.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_zero.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_temp_region.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../angle_zero.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_wall_harmonic.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../atom_vec.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../bond_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_stress_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_respa.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../platform.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_bin_2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_size_bin_newton.cpp
../pair_nnp.cpp: Dans la fonction membre « virtual void LAMMPS_NS::PairNNP::init_style() »:
../pair_nnp.cpp:207:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::pair » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->pair = 1;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:45:7: note: déclaré protégé ici
   int pair;    // pair is set by default
       ^~~~
../pair_nnp.cpp:208:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::half » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->half = 0;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:54:7: note: déclaré protégé ici
   int half;    // half neigh list (set by default)
       ^~~~
../pair_nnp.cpp:209:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::full » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->full = 1;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:55:7: note: déclaré protégé ici
   int full;    // full neigh list
       ^~~~
make[2]: *** [pair_nnp.o] Erreur 1
make[2]: *** Attente des tâches non terminées....
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[1]: *** [mpi] Erreur 2
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make: *** [mpi] Erreur 2

Is there anything we can do on our side?

Best

Antoine Falaize
@afalaize
Copy link
Author

also, with LAMMPS version 29 oct 2020, we have several undefined symbols:

#make mpi -j
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src »
make[1]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
mpicxx -g -O3 main.o -L../../lib/nnp/lib       -L. -llammps_mpi        -o ../lmp_mpi
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::init_style() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:223 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::initialize(char const* const&, char const* const&, bool, bool, int, int, double, double, double, int, int) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:237 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getMaxCutoffRadius() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:217 : référence indéfinie vers « nnp::Log::registerCFilePointer(_IO_FILE** const&) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:219 : référence indéfinie vers « nnp::Log::registerCFilePointer(_IO_FILE** const&) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::PairNNP(LAMMPS_NS::LAMMPS*) » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:24 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::InterfaceLammps() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::transferNeighborList() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:319 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::addNeighbor(int, int, long, int, double, double, double, double) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::handleExtrapolationWarnings() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:329 : référence indéfinie vers « nnp::Mode::getNumExtrapolationWarnings() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:363 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::writeExtrapolationWarnings() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:413 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::clearExtrapolationWarnings() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:359 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::extractEWBuffer(char const* const&, int) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:367 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getEWBufferSize() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:370 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::fillEWBuffer(char* const&, int) const »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::compute(int, int) » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:44 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::setLocalAtoms(int, int const*) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:48 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::setLocalTags(int const*) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:54 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::process() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:62 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getForces(double* const* const&) const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:71 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getAtomicEnergy(int) const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:66 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getEnergy() const »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « nnp::Mode::~Mode() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../../lib/nnp/include/Mode.h:82 : référence indéfinie vers « vtable for nnp::Mode »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../../lib/nnp/include/Mode.h:82 : référence indéfinie vers « vtable for nnp::Mode »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTIN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTIN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x10) : référence indéfinie vers « typeinfo for nnp::Mode »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x10) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupElementMap() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x18) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupElements() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x20) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctions() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x28) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionScaling(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x30) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionGroups() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x38) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionCache(bool) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x40) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupNeuralNetwork() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x48) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupNeuralNetworkWeights(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&) »
collect2: error: ld a retourné le statut de sortie 1
make[1]: *** [../lmp_mpi] Erreur 1
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make: *** [mpi] Erreur 2

Any hint on how to get rid of these errors?
best
AF

@arn-all
Copy link

arn-all commented May 3, 2023 •
edited
Loading

This is an old question but for future readers:

This is caused by a change in the lammps interface in PR: lammps/lammps#3159 which broke the neighbor request call at commit lammps/lammps@799ab96, resulting in build error starting from release 24Mar2022.

As a workaround, you can revert commit lammps/lammps@799ab96 or modify the current LAMMPS src/neigh_request.h in order to list PairNNP as a friend class:

class NeighRequest : protected Pointers {   
  friend class Neighbor;                    
  friend class NBin;                        
  friend class NeighList;                   
  friend class NPair;                       
  friend class NStencil;                    
  friend class NeighborKokkos;              
  friend class NPairSkipIntel;              
  friend class FixIntel;                    
  friend class PairNNP;                     // addition

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Assignees
No one assigned
Labels
None yet
Projects
None yet
Milestone
No milestone
Development

No branches or pull requests
2 participants
@afalaize @arn-all