create_table.cql

CREATE KEYSPACE IF NOT EXISTS vepdb_keyspace WITH replication = {'class': 'SimpleStrategy', 'replication_factor': 1};

USE vepdb_keyspace;

CREATE TYPE IF NOT EXISTS vep_annotation (
    Allele text,
    Consequence text,
    IMPACT text,
    SYMBOL text,
    Gene text,
    Feature_type text,
    Feature text,
    BIOTYPE text,
    EXON text,
    INTRON text,
    HGVSc text,
    HGVSp text,
    cDNA_position text,
    CDS_position text,
    Protein_position text,
    Amino_acids text,
    Codons text,
    Existing_variation text,
    DISTANCE text,
    STRAND text,
    FLAGS text,
    SYMBOL_SOURCE text,
    HGNC_ID text,
    REFSEQ_MATCH text,
    GMAF text,
    CLIN_SIG text,
    SOMATIC text,
    PHENO text,
    GXA_EBV_transformed_lymphocyte text,
    GXA_Experiment text,
    GXA_adipose text,
    GXA_adipose_tissue text,
    GXA_adrenal text,
    GXA_adrenal_gland text,
    GXA_amygdala text,
    GXA_animal_ovary text,
    GXA_anterior_cingulate_cortex_BA24_of_brain text,
    GXA_aorta text,
    GXA_appendix text,
    GXA_arm_muscle text,
    GXA_artery text,
    GXA_atrial_appendage_of_heart text,
    GXA_bladder text,
    GXA_bone_marrow text,
    GXA_brain text,
    GXA_breast text,
    GXA_breast_mammary_tissue text,
    GXA_bronchus text,
    GXA_caudate_basal_ganglia_of_brain text,
    GXA_caudate_nucleus text,
    GXA_cerebellar_hemisphere_of_brain text,
    GXA_cerebellum text,
    GXA_cerebral_cortex text,
    GXA_cerebral_meninges text,
    GXA_cervix text,
    GXA_cervix_uterine text,
    GXA_chronic_myelogenous_leukemia text,
    GXA_colon text,
    GXA_cord_blood text,
    GXA_coronary_artery text,
    GXA_cortex_of_kidney text,
    GXA_diaphragm text,
    GXA_diencephalon text,
    GXA_duodenum text,
    GXA_dura_mater text,
    GXA_ectocervix text,
    GXA_endometrium text,
    GXA_epididymis text,
    GXA_esophagus text,
    GXA_esophagus_muscularis_mucosa text,
    GXA_eye text,
    GXA_fallopian_tube text,
    GXA_frontal_cortex_BA9 text,
    GXA_frontal_lobe text,
    GXA_gallbladder text,
    GXA_gastroesophageal_junction text,
    GXA_globus_pallidus text,
    GXA_heart text,
    GXA_heart_left_ventricle text,
    GXA_heart_muscle text,
    GXA_hippocampus text,
    GXA_hypothalamus text,
    GXA_kidney text,
    GXA_large_intestine text,
    GXA_lateral_ventricle text,
    GXA_left_atrium text,
    GXA_left_kidney text,
    GXA_left_renal_cortex text,
    GXA_left_renal_pelvis text,
    GXA_left_ventricle text,
    GXA_leg_muscle text,
    GXA_leukocyte text,
    GXA_liver text,
    GXA_locus_coeruleus text,
    GXA_lung text,
    GXA_lymph_node text,
    GXA_medulla_oblongata text,
    GXA_middle_frontal_gyrus text,
    GXA_middle_temporal_gyrus text,
    GXA_minor_salivary_gland text,
    GXA_mitral_valve text,
    GXA_mucosa_of_esophagus text,
    GXA_nasopharynx text,
    GXA_nucleus_accumbens_basal_ganglia text,
    GXA_occipital_cortex text,
    GXA_occipital_lobe text,
    GXA_olfactory_apparatus text,
    GXA_oral_mucosa text,
    GXA_ovary text,
    GXA_pancreas text,
    GXA_parathyroid_gland text,
    GXA_parietal_lobe text,
    GXA_parotid_gland text,
    GXA_penis text,
    GXA_pineal_gland text,
    GXA_pituitary_gland text,
    GXA_placenta text,
    GXA_prefrontal_cortex text,
    GXA_prostate text,
    GXA_prostate_gland text,
    GXA_pulmonary_valve text,
    GXA_putamen text,
    GXA_putamen_basal_ganglia text,
    GXA_rectum text,
    GXA_renal_cortex text,
    GXA_renal_pelvis text,
    GXA_right_renal_cortex text,
    GXA_right_renal_pelvis text,
    GXA_salivary_gland text,
    GXA_seminal_vesicle text,
    GXA_sigmoid_colon text,
    GXA_skeletal_muscle text,
    GXA_skin text,
    GXA_skin_of_lower_leg text,
    GXA_skin_of_suprapubic_region text,
    GXA_small_intestine text,
    GXA_smooth_muscle text,
    GXA_soft_tissue text,
    GXA_spinal_cord text,
    GXA_spinal_cord_cervical_c_1 text,
    GXA_spleen text,
    GXA_stomach text,
    GXA_subcutaneous_adipose_tissue text,
    GXA_submandibular_gland text,
    GXA_substantia_nigra text,
    GXA_temporal_lobe text,
    GXA_terminal_ileum_of_small_intestine text,
    GXA_testis text,
    GXA_thalamus text,
    GXA_throat text,
    GXA_thymus text,
    GXA_thyroid text,
    GXA_thyroid_gland text,
    GXA_tibial_artery text,
    GXA_tibial_nerve text,
    GXA_tongue text,
    GXA_tonsil text,
    GXA_trachea text,
    GXA_transformed_fibroblast text,
    GXA_transverse_colon text,
    GXA_triscuspid_valve text,
    GXA_trunk_muscle text,
    GXA_umbilical_cord text,
    GXA_urinary_bladder text,
    GXA_uterus text,
    GXA_vagina text,
    GXA_vas_deferens text,
    GXA_venous_blood text,
    GXA_visceral_omentum_adipose_tissue text,
    GXA_whole_blood text,
    GO text,
    CADD_PHRED text,
    CADD_RAW text,
    miRNA text,
    ExAC_AF text,
    ExAC_AF_AFR text,
    ExAC_AF_AMR text,
    ExAC_AF_Adj text,
    ExAC_AF_CONSANGUINEOUS text,
    ExAC_AF_EAS text,
    ExAC_AF_FEMALE text,
    ExAC_AF_FIN text,
    ExAC_AF_MALE text,
    ExAC_AF_NFE text,
    ExAC_AF_OTH text,
    ExAC_AF_POPMAX text,
    ExAC_AF_SAS text
);

CREATE TABLE IF NOT EXISTS vepdb (
    chrom bigint, pos bigint, ref text, alt text, annotations list<frozen<vep_annotation>>,
    PRIMARY KEY ((chrom), pos, ref, alt)
);