Bienvenue au cours d'introduction à la Bioinformatique. Vous trouverez sur ce dépôt toutes les informations et ressources nécessaires.
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- Fidèle TIENDREBEOGO, INERA/CNRST,
<fidele.tiendrebeogo@wave-center.org >(responsable) - Ezechiel B. TIBIRI, Post-Doc INERA,
<e.tibiri@agshare.today>(co-responsable)
Dans un premier temps, nous vous suggérons d'apprendre les bases du dogme central de la biologie moléculaire, et de la génomique et séquençage d'ADN.
Temps estimé : 4 heures.
Ensuite, nous vous demandons de lire le cours en ligne qui sera mis à jour au fure et à mésure que le cours progresse.
Chapitres à traiter :
- Définitions et Rappels
- Obtention des données Données de TP
- Alignement
- Évaluation de la diversité
- Phylogénie
- Recombinaison
- Conclusion
- Temps estimé : 4 heures.*
-
Jeu de données de l'exercice de maison à télécharger ici. Le résultat doit être fourni en format
csv(en suivant l'exemple du tableau ci-dessous) et envoyer au email suivant :e.tibiri@agshare.today. NCBI, BLAST(nucléotide et protéine) et Google pourront vous aider. bon courage! -
Télécharger et installer les logiciels MEGAX & BIOEDIT
| Seq | Organism name | N°accession | Sequence Size (bp) | origin country | Molecule type | Gene number |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Seq1 | Sweet potato... | KF3860.. | 11000 | China | DNA | 1 |
- Obtention des séquences (NCBI)
- Assemblage de séquences nucléotidiques
- Nettoyage des séquences brutes
- Assemblage de novo
- Assemblage avec génome de réference
- Annotation
- Alignement de séquences
- Constitution de jeu de données
- Construction d'arbre phylogénétique
- A Télécharcher Temps estimé : 12 heures.
Temps estimé : 3 heures.
Temps estimé : 3 heures.
- Construire un arbre phylogenetique avec les données du SARS-Cov2 à télécharger ici.
- Les numéros d'accession des variants majeurs connus (Sud Africain, Britanique et Bresilien) devront être representés sur votre arbre (au moins un individu par variant). Au besoin, vous devriez les (variants...) télécharger et les ajouter à votre jeu de donnée.
- L'arbre doit avoir une bonne topologie, bien lisible et doit être deposé sous format .jpeg ou .jpn
- Votre de travail devra être deposé sur ce lien (https://drive.google.com/drive/folders/1v_M6IUwlmze-5g1Z4v3E8Py_gySDZim0?usp=sharing) avant le 14 février 2021 sous le format de nom de fichier suivant: bioinfo_M1-groupX.jpeg (X = numéro du groupe exemple bioinfo_M1-group1.jpeg).
- Vous pouvez me contacter sur slack pour toutes questions
- Bon courage à tous.t.e.s
- Groupe 1
| Groupe 1 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | AMADOU | Oumarou Moustapha |
| 2 | ILLIASSOU | Hamza |
| 3 | MAIGA | Amadou |
| 4 | OUEDRAOGO | Adjaratou |
| 5 | OUEDRAOGO | Souleyman |
| 6 | OUEDRAOGO | Sylvain |
| 7 | SANFO | Aboul Rachid |
| 8 | SAWADOGO | Abdoul Aziz |
- Groupe 2
| Groupe 2 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | ARIKEWUSOLA | Aboudulkodi Ayindé |
| 2 | BARMOU | Abdoul Razack |
| 3 | DIABO | Jacqueline Dorothée |
| 4 | ILBOUDO | Assita |
| 5 | KASSINGA | Véronique |
| 6 | OUEDRAOGO | Flavien |
| 7 | OZONAN | Bassia |
| 8 | ROUAMBA | Samuel |
- Groupe 3
| Groupe 3 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | ADAMOU | Garba Ferdosse |
| 2 | AROUNA | Djibrilla Hassane |
| 3 | HADI | Zacharia Ali |
| 4 | KABORE | Valentin |
| 5 | OUEDRAOGO | Zoulbila |
| 6 | SANDWIOLI | Yolande |
| 7 | SAWADOGO | Issaka |
- Groupe 4
| Groupe 4 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | BAMOGO | Haguinata |
| 2 | BOUNELE | Myriam |
| 3 | COMPAORE | Abdoul Razack |
| 4 | OUATTARA | Alhassane |
| 5 | DA | Thô Abou |
| 6 | ONADJA | Igor |
| 7 | PARE | Yasmine |
| 8 | SALAMBERE | Inoussa |
| 9 | SAWADOGO | Adama |
| 10 | SAWADOGO | Moumini |
| 11 | TOUGBA | Salfo |
| 12 | ZOUNDI | Stéphanie |
- Groupe 5
| Groupe 5 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | BOLLY | Moussa |
| 2 | BOURGOU | Blaise |
| 3 | GHANKOBA | Maligbéti |
| 4 | KINDO | Abdoul Rahim |
| 5 | POUYA | Lucien |
| 6 | ROUAMBA | Vincent |
| 7 | SANA | Mahamadi |
| 8 | SELE | Siaka |
| 9 | SAWADOGO | Modeste |
| 10 | SOUSSOUBALI | Siriki |
| 11 | TOUGBA | Inoussa |
- Groupe 6
| Groupe 6 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | GUEDJE | Deborah Améli E. |
| 2 | KOLOGO | W. Barnabé |
| 3 | KOUHOUMOURI | P. Justine |
| 4 | OUEREMI | Albert |
| 5 | SAMA | W. Alexis |
| 6 | SAVADOGO | Mousso |
| 7 | SAWADOGO | Salam |
| 8 | SEREME | Emmanuel |
| 9 | TASSEMBEDO | Fadilatou |
| 10 | THIO | Marie Leslie Eléonone |
- Groupe 7
| Groupe 7 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | KABORE | Tarwendsia M. Alexia |
| 2 | KAGAMBEGA | Yves Donald |
| 3 | KANE | Isaie |
| 4 | KINDA | Teed Wende Charlotte |
| 5 | KONE | Ousmane |
| 6 | KOURAOGO | Ludovic |
| 7 | LASISI | Nadiyah |
| 8 | OUEDRAOGO | Blandine |
| 9 | OUEDRAOGO | Larissa |
| 10 | SOME | Nadia Léticia |
| 11 | ZIGANI | San Ny Anou Stéphane |
- Groupe 8
| Groupe 8 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | BISSIRI | Souleymane |
| 2 | IBRANGO | Enock |
| 3 | ILBOUDO | Sadia |
| 4 | IVO | Lassina |
| 5 | KINORE | Mikaïla |
| 6 | MIEN | Oumarou |
| 7 | MOYENGA | Alassane |
| 8 | NAGALO | Issa |
| 9 | OUANDE | Yacouba |
| 10 | OUEDRAOGO | François Larba |
| 11 | OUEDRAOGO | Rasmata |
- Groupe 9
| Groupe 9 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | SAMTOUMA | Dorcas |
| 2 | SANKARA | Issaka |
| 3 | SANOU | Madou |
| 4 | SAVADOGO | Rahamane |
| 5 | SAWADOGO | Mamady |
| 6 | SOME | Ernest |
| 7 | TRAORE | Salimata |
| 8 | ZAMPALIGRE | Adama |
| 9 | ZAPRE | Aïcha |
| 10 | ZONGO | Sandrine |
| 11 | ZOUNGRANA | Ali |
- Groupe 10
| Groupe 10 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | GO | Inoussa |
| 2 | KABRE | Souleymane |
| 3 | KONATE | Zegué Amidou |
| 4 | KUDAWO | H. Wilfried |
| 5 | NIKIEMA | K. Rocsane |
| 6 | SAWADOGO | Elisé |
| 7 | SAWADOGO | Abdou |
| 8 | SAWADOGO | Saidou |
| 9 | SORGHO | Vanessa |
| 10 | TIENE | Wouleyon |
- Groupe 11
| Groupe 11 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | BADO | Bigné |
| 2 | BADO | Salamani |
| 3 | COMPAORE | Aristide |
| 4 | GOUDJA | Moussa Ibet |
| 5 | MAMAN | Sanoussi H. M |
| 6 | OUEDRAOGO | Amadiv |
| 7 | OUEDRAOGO | Martine |
| 8 | SAMA | Nenbie Florant |
| 9 | SAWADOGO | W. Accée |
| 10 | TIENDREBEOGO | W. Patrick B |
| 11 | YEMBONNE | Maïmouna |
- Groupe 12
| Groupe 12 | Noms | Prénoms |
|---|---|---|
| 1 | SAMTOUMA | Dorcas |
| 2 | SANKARA | Issaka |
| 3 | SANOU | Madou |
| 4 | SAWADOGO | Rahamane |
| 5 | SAWADOGO | Mamady |
| 6 | SOME | Ernest |
| 7 | TRAORE | Salimata |
| 8 | ZAMPALIGRE | Adamav |
| 9 | ZAPRE | Aïcha |
| 10 | ZONGO | Sandrine |
| 11 | ZOUNGRANA | Ali |