WIP Add test dataset #15
Conversation
| max_cpus = 2 | ||
| max_disk = 10.GB | ||
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||
| } |
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À confirmer avec @FelixAntoineLeSieur et @DamienGnst mais je crois que seulement la partie dans le scope params est nécessaire.
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oui je suis d'accord de ne pas changer plus que les paramètres pour l'instant. Les profils sont une bonne idée, mais surement dans un PR différent.
À noter que le changement des paramètres pourrait jouer avec la validation par nf-core schema
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J'ai inclus les changements sur le fichier nextflow.config pour l'instant pour qu'on puisse voir ce qui est différent et en parler. S'il n'y a pas de besoin immédiat, je crois que ce serait plus sage de ne pas le modifier pour ce PR, i.e. de restaurer la version originale. Si jamais on veut faire des changements, on peut les addresser dans un second temps dans des PR séparés. |
| @@ -240,7 +240,7 @@ process genotypeGVCF { | |||
| """ | |||
| echo $familyId > file | |||
| gatk -version | |||
| gatk --java-options "-Xmx8g" GenotypeGVCFs -R $referenceGenome/${params.referenceGenomeFasta} -V $exactGvcfFile -O ${familyId}.genotyped.vcf.gz | |||
| gatk --java-options "-Xmx8g" GenotypeGVCFs --allow-old-rms-mapping-quality-annotation-data -R $referenceGenome/${params.referenceGenomeFasta} -V $exactGvcfFile -O ${familyId}.genotyped.vcf.gz | |||
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Ici je vois une option de plus quand on roule la commande gatk: --allow-old-rms-mapping-quality-annotation-data.
Est-ce qu'on veut bien avoir cette option toujours? @DamienGnst
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Je crois que ce serait sage de mettre les fichiers de références sur git-lfs. @Remrem08007 a mentionné avoir essayé et eu des problèmes. Je vais l'essayer de mon côté aussi. Je vais tester sur une autre branche pour ne pas créer de conflits avec Remi s'il veut pousser des changements. |
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Je crois que ce serait bien d'ajouter une courte documentation sur la provenance des données et aussi quelques exemples de commandes pour rouler le tout. |
NOT READY TO MERGE