Mejora la estructura de la app

Agrega primeras carpeta de test - renombra modulos como mod_* - separa una funcion que formatea fechas que se repite en todos los modulos para mejorar el testeo - remueve parte del data wrangling fuera del modulo de mapa_covid_departamentos - agrega github action R CMD check que estaba en falta - Agrega badge de lifecycle experimental
Fernandez-Lab-WSU · Dec 22, 2023 · acd313f · acd313f
1 parent 9ab455e
commit acd313f
Show file tree

Hide file tree

Showing 46 changed files with 290 additions and 93 deletions.
diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
@@ -4,3 +4,4 @@
 ^.*\.Rproj$
 ^\.Rproj\.user$
 ^\.github$
+_\.new\.png$
diff --git a/.github/workflows/R-CMD-check.yaml b/.github/workflows/R-CMD-check.yaml
@@ -0,0 +1,29 @@
+# Workflow derived from https://github.com/r-lib/actions/tree/v2/examples
+# Need help debugging build failures? Start at https://github.com/r-lib/actions#where-to-find-help
+on:
+  push:
+    branches: [main, master]
+  pull_request:
+    branches: [main, master]
+
+name: R-CMD-check
+
+jobs:
+  R-CMD-check:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    env:
+      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
+      R_KEEP_PKG_SOURCE: yes
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v3
+
+      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
+        with:
+          use-public-rspm: true
+
+      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
+        with:
+          extra-packages: any::rcmdcheck
+          needs: check
+
+      - uses: r-lib/actions/check-r-package@v2
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -4,4 +4,6 @@
 .Ruserdata
 data/
 .DS_Store
-inst/rasters/
+inst/rasters/
+# {shinytest2}: Ignore new debug snapshots for `$expect_values()`
+*_.new.png
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -39,3 +39,7 @@ Imports:
 Depends: 
     R (>= 2.10)
 LazyData: true
+Suggests: 
+    shinytest2,
+    testthat (>= 3.0.0)
+Config/testthat/edition: 3
diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
@@ -18,7 +18,8 @@ export(Partidos_Server)
 export(Partidos_UI)
 export(ReporteServer)
 export(ReporteUI)
-export(runapp)
+export(formatted_date)
+export(run_app)
 export(server)
 export(ui)
 importFrom(shiny,shinyApp)
diff --git a/R/data.R b/R/data.R
@@ -0,0 +1,54 @@
+#' bsas: Partidos de Buenos Aires
+#'
+#' Dataset de clase sf con los polígonos de los partidos de Buenos Aires y 
+#' las coordenadas de la bounding box de cada uno. Ver el repositorio de 
+#' GeoCovid BsAs para mas detalle de estas Variables
+#'
+#' @format ## `bsas`
+#' Este 
+#' \describe{
+#'   \item{partido}{Nombre del partido de prov de Buenos Aires}
+#'   \item{lat1}{Latitud}
+#'   \item{lat2}{Latitud}
+#'   \item{lng1}{Longitud}
+#'   \item{lng2}{Longitud}
+#'   \item{geom}{sfc_POLYGON}
+#' }
+"bsas"
+
+#' mini_data_sisa_deploy: Extrato del dataset de casos de COVID-19
+#'
+#' Ver el repositorio de GeoCovid BsAs para mas detalle de estas Variables
+#' 
+#' @format ## `mini_data_sisa_deploy`
+#' Una extracto de la abse de datos con 2230 filas y 4 columnas:
+#' \describe{
+#'   \item{id_evento_caso}{ID}
+#'   \item{residencia_provincia_nombre}{Provincia}
+#'   \item{residencia_departamento_nombre}{Departamento, partido}
+#'   \item{fecha_enfermo}{Fecha reporte caso COVID-19}
+#'   }
+"mini_data_sisa_deploy"
+
+#' px_baires: Valores promedio de movilidad ciudadana por partido
+#'
+#' Ver el repositorio de GeoCovid BsAs para mas detalle de estas Variables.
+#' Se esta empleando solo un extracto de la base de datos para este dataset de 
+#' ejempplo.
+#' 
+#' @format ## `px_baires`
+#' Una extracto de la abse de datos con 4080 filas y 11 columnas:
+#' \describe{
+#'   \item{fecha}{ID}
+#'   \item{locacion}{Provincia}
+#'   \item{tipo_de_raster}{Cambio porcentual prepandemia (pc) o semanal (7dpc)}
+#'   \item{partido}{Partido o departamento}
+#'   \item{noche_0}{Promedio para el raster de la noche}
+#'   \item{mañana_8}{Promedio para el raster de la mañana}
+#'   \item{tarde_16}{Promedio para el raster de la tarde}
+#'   \item{px_mean_dianoche}{Promedio para los rasters de mañana y tarde}
+#'   \item{criterio}{Vuelve variable categorica px_mean_dianoche}
+#'   \item{criterio_noche}{Vuelve variable categorica noche_0}
+#'   \item{geom}{sfc_POLYGON}
+#'   }
+"px_baires"
diff --git a/R/fun_conversion_fecha.R b/R/fun_conversion_fecha.R
@@ -0,0 +1,21 @@
+#' Convierte el formato de la fecha de %Y-%m-%dT%H:%M:%S a "%Y-%m-%d"
+#'
+#' @param fecha Fecha 
+#'
+#' @return Fecha en formato "%Y-%m-%d"
+#' @export
+#'
+#' @examples
+#' 
+#' formatted_date("2020-05-10T07:00:00.000Z")
+#'  
+formatted_date <- function(fecha){
+
+# Conservo solo la fecha
+parsed_date <- lubridate::ymd_hms(fecha)
+
+# Format the date to "YYYY-MM-DD" format
+formatted_date <- format(parsed_date, format = "%Y-%m-%d") 
+
+formatted_date
+}
diff --git a/R/config.R → R/global.R b/R/config.R → R/global.R
@@ -78,7 +78,7 @@ base_raster <- all_files[grep(".tif$",
 
 
 
-# Define an alias 'images' for the directory 'inst/www/images'
+# Permite leer el directorio imagenes dentro de www/'
 shiny::addResourcePath(prefix = "imagenes", 
                 directoryPath = system.file("www/imagenes", 
                                             package = "geocovidapp"))

diff --git a/R/fecha_momento.R → R/mod_fecha_momento.R b/R/fecha_momento.R → R/mod_fecha_momento.R
diff --git a/R/grafico_casos_covid.R → R/mod_grafico_casos_covid.R b/R/grafico_casos_covid.R → R/mod_grafico_casos_covid.R
diff --git a/R/histograma_raster.R → R/mod_histograma_raster.R b/R/histograma_raster.R → R/mod_histograma_raster.R
@@ -61,14 +61,9 @@ HistogramaRaster_Server <- function(id,
           formatted_date <- format("2020-05-03", format = "%Y-%m-%d")
           }else{
 
-        # Fecha original
-        original_date <- fecha()
-
-        # convierto a formato fecha
-        parsed_date <- lubridate::ymd_hms(original_date)
-
+
         # Convierto a formato "YYYY-MM-DD" 
-        formatted_date <- format(parsed_date, format = "%Y-%m-%d")
+        formatted_date <- formatted_date(fecha()) 
 
         }
 
@@ -138,7 +133,7 @@ raster_hist <- reactive({
 
       output$histograma <- renderPlot({
         par(mar=c(4,1,3,1)) # bottom, left, top, right
-print(terra::values(raster_hist()))
+
         hist(terra::values(raster_hist()),
              breaks = c(50,  40, 30 ,
                         20 , 10, 1, -1,

diff --git a/R/mapa_baires.R → R/mod_mapa_baires.R b/R/mapa_baires.R → R/mod_mapa_baires.R
diff --git a/R/mapa_covid_departamentos.R → R/mod_mapa_covid_departamentos.R b/R/mapa_covid_departamentos.R → R/mod_mapa_covid_departamentos.R
@@ -177,7 +177,7 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
 
   })
 
-  formatted_date <- shiny::reactive({
+  fecha_formato <- shiny::reactive({
 
   # Agrego un dia por default para que renderice si no hay otras fechas.
     if(is.null(fechas$casos_covid())){
@@ -186,10 +186,8 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
 
 
     }else{
-
-      parsed_date <- lubridate::ymd_hms(fechas$casos_covid())
-
-      format(parsed_date, format = "%Y-%m-%d")
+      fecha = fechas$casos_covid()
+      formatted_date(fecha = fecha) 
 
     }
 
@@ -201,7 +199,7 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
     paste('Movilidad ciudadana',
           if(input$tipo_tab == 'pc'){ 'prepandemia'}else{ 'semanal'},
           'para', if(input$momento == 'criterio'){ 'el promedio mañana y tarde'}else{ 'la noche'},
-          'de', format(formatted_date(), format = "%d-%m-%Y"))
+          'de', format(fecha_formato(), format = "%d-%m-%Y"))
   })
 
       # Datos de casos de COVID para el bubble map
@@ -211,7 +209,7 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
 
          comunas <- data_sisa |>
           dplyr::filter(residencia_provincia_nombre == 'CABA' &
-                          fecha_enfermo == formatted_date()) |>
+                          fecha_enfermo == fecha_formato()) |>
           dplyr::group_by(residencia_provincia_nombre) |>
           dplyr::summarize(n_casos = dplyr::n()) |>
           dplyr::rename('partido' = residencia_provincia_nombre )
@@ -220,7 +218,7 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
 
         casos_diarios <- dplyr::filter(data_sisa,
                                        residencia_provincia_nombre == 'Buenos Aires' &
-                                         fecha_enfermo == formatted_date() ) |>  #combino horarios
+                                         fecha_enfermo == fecha_formato() ) |>  #combino horarios
           dplyr::group_by(residencia_departamento_nombre) |>
           dplyr::summarize(n_casos = dplyr::n()) |>
           dplyr::rename(partido = residencia_departamento_nombre) |>
@@ -262,44 +260,9 @@ base::colnames(px_baires)[2] <- as.character("Noche")
 
        # st_read('data/rasters/px_baires.gpkg')  
        px_baires |>
-        dplyr::filter(fecha == formatted_date(),
+        dplyr::filter(fecha == fecha_formato(),
                       tipo_de_raster == input$tipo_tab
-                      ) |>
-         dplyr::mutate(criterio = dplyr::case_when(px_mean_dianoche > 40 ~ "mas de 40",
-                                     40 > px_mean_dianoche & px_mean_dianoche > 30 ~ "40 - 30",
-                                     30 > px_mean_dianoche & px_mean_dianoche > 20 ~ "30 - 20",
-                                     20 > px_mean_dianoche & px_mean_dianoche > 10 ~ "20 - 10",
-                                     10 > px_mean_dianoche & px_mean_dianoche > 1 ~ "10 - 1",
-                                     1 > px_mean_dianoche & px_mean_dianoche> -1 ~ "sin cambios",
-                                     -1 > px_mean_dianoche& px_mean_dianoche > -10 ~ "-1 - -10",
-                                     -10 > px_mean_dianoche& px_mean_dianoche > -20 ~ "-10 - -20",
-                                     -20 > px_mean_dianoche& px_mean_dianoche > -30 ~ "-20 - -30",
-                                     -30 > px_mean_dianoche& px_mean_dianoche > -40 ~ "-30 - -40",
-                                     -40 > px_mean_dianoche  ~ "menor a -40"),
-                criterio_noche = dplyr::case_when(noche_0 > 40 ~ "mas de 40",
-                                     40 > noche_0 & noche_0 > 30 ~ "40 - 30",
-                                     30 > noche_0 & noche_0 > 20 ~ "30 - 20",
-                                     20 > noche_0 & noche_0 > 10 ~ "20 - 10",
-                                     10 > noche_0 & noche_0 > 1 ~ "10 - 1",
-                                     1 > noche_0 & noche_0> -1 ~ "sin cambios",
-                                     -1 > noche_0 & noche_0 > -10 ~ "-1 - -10",
-                                     -10 > noche_0 & noche_0 > -20 ~ "-10 - -20",
-                                     -20 > noche_0 & noche_0 > -30 ~ "-20 - -30",
-                                     -30 > noche_0 & noche_0 > -40 ~ "-30 - -40",
-                                     -40 > noche_0  ~ "menor a -40")) |>
-         dplyr::mutate(criterio = forcats::fct_relevel(criterio, c("mas de 40", "40 - 30",
-                                                   "30 - 20","20 - 10","10 - 1",
-                                                   "sin cambios",
-                                                   "-1 - -10", "-10 - -20",
-                                                   "-20 - -30", "-30 - -40",
-                                                   "menor a -40")),
-                criterio_noche = forcats::fct_relevel(criterio_noche, c("mas de 40", "40 - 30",
-                                                   "30 - 20","20 - 10","10 - 1",
-                                                   "sin cambios",
-                                                   "-1 - -10", "-10 - -20",
-                                                   "-20 - -30", "-30 - -40",
-                                                   "menor a -40"))) |> sf::st_as_sf()
-
+                      ) 
       })
 
 burbujas_plot <- shiny::reactive({

diff --git a/R/mapa_covid_elecciones_input.R → R/mod_mapa_covid_elecciones_input.R b/R/mapa_covid_elecciones_input.R → R/mod_mapa_covid_elecciones_input.R
diff --git a/R/mapa_partido.R → R/mod_mapa_partido.R b/R/mapa_partido.R → R/mod_mapa_partido.R
@@ -77,14 +77,8 @@ MapaPartido_Server <-  function(id,
         }else{
 
 
-   # Original date string
-   original_date <- fecha()
 
-   # Parse the original date string
-   parsed_date <- ymd_hms(original_date)
-
-   # Format the date to "YYYY-MM-DD" format
-   formatted_date <- format(parsed_date, format = "%Y-%m-%d") }
+   formatted_date <- formatted_date(fecha())  }
 
 
 

diff --git a/R/partidos_input.R → R/mod_partidos_input.R b/R/partidos_input.R → R/mod_partidos_input.R
diff --git a/R/reporte.R → R/mod_reporte.R b/R/reporte.R → R/mod_reporte.R
@@ -51,10 +51,10 @@ ReporteServer <- function(id,
           formatted_date <- format(fecha, format = "%Y-%m-%d")
           formatted_date
         }else{
-          fecha = fecha()
-      parsed_date <- lubridate::ymd_hms()
-      formatted_date <- format(parsed_date, format = "%Y-%m-%d")
-      formatted_date}
+
+      formatted_date <- formatted_date(fecha()) 
+      formatted_date
+      }
     })
 
 

diff --git a/R/geocovidapp.R → R/run_app.R b/R/geocovidapp.R → R/run_app.R
@@ -7,9 +7,9 @@
 #'
 #' @examples
 #' \dontrun{
-#' runapp()
+#' run_app()
 #' }
-runapp <- function() {
+run_app <- function() {
 
   shiny::shinyApp(ui = ui, server = server)
 }
diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd
@@ -19,6 +19,7 @@ knitr::opts_chunk$set(
 <!-- badges: start -->
 
 [![R-CMD-check](https://github.com/Fernandez-Lab-WSU/geocovid_app/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/Fernandez-Lab-WSU/geocovid_app/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)
+[![Lifecycle: experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://lifecycle.r-lib.org/articles/stages.html#experimental)
 <!-- badges: end -->
 
 ESTE PAQUETE SE ENCUENTRA EN REVISION.

diff --git a/README.md b/README.md
@@ -5,9 +5,11 @@
 <!-- badges: start -->
 
 [![R-CMD-check](https://github.com/Fernandez-Lab-WSU/geocovid_app/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/Fernandez-Lab-WSU/geocovid_app/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)
+[![Lifecycle:
+experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://lifecycle.r-lib.org/articles/stages.html#experimental)
 <!-- badges: end -->
 
-ESTE PAQUETE SE ENCUENTRA EN REVISION Y LA APP DISPONIBLE ES UNA VERSION PRELIMINAR.
+ESTE PAQUETE SE ENCUENTRA EN REVISION. ES UNA VERSION PRELIMINAR.
 
 ## Instalación
 

diff --git a/man/Dygraph_Server.Rd b/man/Dygraph_Server.Rd
diff --git a/man/Dygraph_UI.Rd b/man/Dygraph_UI.Rd
diff --git a/man/FechaMomentoUI.Rd b/man/FechaMomentoUI.Rd
diff --git a/man/FechaMomento_Server.Rd b/man/FechaMomento_Server.Rd
diff --git a/man/HistogramaRaster_Server.Rd b/man/HistogramaRaster_Server.Rd
diff --git a/man/HistogramaRaster_UI.Rd b/man/HistogramaRaster_UI.Rd
diff --git a/man/MapaBaires_Server.Rd b/man/MapaBaires_Server.Rd
diff --git a/man/MapaBaires_UI.Rd b/man/MapaBaires_UI.Rd
diff --git a/man/MapaCovidDepartamentos_Server.Rd b/man/MapaCovidDepartamentos_Server.Rd