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STARから得られる結果のSAMファイルからアライメントをパースする際に以下のようなエラーが発生することがあります:
これは、SAMファイルから各行のアライメントの塩基配列を読み込む際、
F[9]
(SAMファイルの10カラム目)ではなくread.seq
(pysamを使っている場合の塩基配列の取得方法)を使っていることが原因となっており、未定義変数であるread
へのアクセスがエラーを引き起こしています。このエラーは特に、ブレークポイントの間にinserted sequenceが検出された場合に発生するようですが、実運用時でもエラーが発生するケースはあまり多くなく比較的発生しにくい事象と思われます。
このPRでは、
read.seq
をF[9]
に直すことでエラーを修正しています。