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README.md

computational-genomics-with-jupyterlab-r

Binder

Computational Genomics with R を Jupyter Notebook (WebIDE として JupyterLab を使用) で記述したサンプル集です。

🏗 MyBinder を利用した JupyterLab (WebIDE)の起動

以下の URL にアクセスしてください。
https://mybinder.org/v2/gh/Imamachi-n/computational-genomics-with-jupyterlab-r/main?filepath=notebook%2F9_ChIP-seq_analysis_5_QC.ipynb

ローカルで環境構築することなく、Web ブラウザ上で JupyterLab を起動することができます。
(外部のデータベースにアクセス & データをキャッシュする処理を実行している箇所は、MyBinder ではエラーとなるので注意 🚧

🛠 環境構築(ローカル実行する場合)

  1. anaconda をインストールする。

  2. 以下のコマンドを実行(参考)。

    conda install -c conda-forge jupyterlab
  3. IRkernel をインストールする。

    R
    # 1/3) Installing via CRAN
    install.packages('IRkernel')
    
    # 2/3) Making the kernel available to Jupyter
    IRkernel::installspec()
    # 3/3) Make useful shortcuts available
    jupyter labextension install @techrah/text-shortcuts
  4. JupyterLab を起動する。

    jupyter-lab

9.ChIP-seq 解析のセットアップ

こちらからセットアップ方法を確認。

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Computational Genomics with R のサンプル集です

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