Skip to content

Commit

Permalink
Add model 2023-06-06-ner_deid_generic_pipeline_ar (#351)
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
jsl-models committed Jun 6, 2023
1 parent c11c684 commit a044ab7
Showing 1 changed file with 90 additions and 0 deletions.
90 changes: 90 additions & 0 deletions docs/_posts/mellahysf/2023-06-06-ner_deid_generic_pipeline_ar.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,90 @@
---
layout: model
title: Pipeline for Detect Generic PHI for Deidentification (Arabic)
author: John Snow Labs
name: ner_deid_generic_pipeline
date: 2023-06-06
tags: [licensed, deidentification, clinical, ar, generic]
task: Pipeline Healthcare
language: ar
edition: Healthcare NLP 4.4.1
spark_version: 3.0
supported: true
annotator: PipelineModel
article_header:
type: cover
use_language_switcher: "Python-Scala-Java"
---

## Description

This pretrained pipeline is built on the top of [ner_deid_generic](https://nlp.johnsnowlabs.com/2023/05/30/ner_deid_generic_ar.html) model.

{:.btn-box}
<button class="button button-orange" disabled>Live Demo</button>
<button class="button button-orange" disabled>Open in Colab</button>
[Download](https://s3.amazonaws.com/auxdata.johnsnowlabs.com/clinical/models/ner_deid_generic_pipeline_ar_4.4.1_3.0_1686078043466.zip){:.button.button-orange.button-orange-trans.arr.button-icon.hidden}
[Copy S3 URI](s3://auxdata.johnsnowlabs.com/clinical/models/ner_deid_generic_pipeline_ar_4.4.1_3.0_1686078043466.zip){:.button.button-orange.button-orange-trans.button-icon.button-copy-s3}

## How to use



<div class="tabs-box" markdown="1">
{% include programmingLanguageSelectScalaPythonNLU.html %}
```python
from sparknlp.pretrained import PretrainedPipeline
pipeline = PretrainedPipeline("ner_deid_generic_pipeline", "ar", "clinical/models")
text = '''ملاحظات سريرية - مريض الربو. التاريخ: 16 أبريل 2000. اسم المريضة: ليلى حسن. العنوان: شارع المعرفة، مبنى رقم 789، حي الأمانة، جدة. الرمز البريدي: 54321. البلد: المملكة العربية السعودية. اسم المستشفى: مستشفى النور. اسم الطبيب: د. أميرة أحمد. تفاصيل الحالة: المريضة ليلى حسن، البالغة من العمر 35 عامًا، تعاني من مرض الربو المزمن. تشكو من ضيق التنفس والسعال المتكرر والشهيق الشديد. تم تشخيصها بمرض الربو بناءً على تاريخها الطبي واختبارات وظائف الرئة. الخطة: تم وصف مضادات الالتهاب غير الستيرويدية والموسعات القصبية لتحسين التنفس وتقليل التهيج. يجب على المريضة حمل معها جهاز الاستنشاق في حالة حدوث نوبة ربو حادة. يتعين على المريضة تجنب التحسس من العوامل المسببة للربو، مثل الدخان والغبار والحيوانات الأليفة. يجب مراقبة وظائف الرئة بانتظام ومتابعة التعليمات الطبية المتعلقة بمرض الربو. تعليم المريضة بشأن كيفية استخدام جهاز الاستنشاق بشكل صحيح وتقنيات التنفس الصحيح.
''
result = pipeline.fullAnnotate(text)
```
```scala
import com.johnsnowlabs.nlp.pretrained.PretrainedPipeline
val pipeline = new PretrainedPipeline("ner_deid_generic_pipeline", "ar", "clinical/models")
val text = "ملاحظات سريرية - مريض الربو. التاريخ: 16 أبريل 2000. اسم المريضة: ليلى حسن. العنوان: شارع المعرفة، مبنى رقم 789، حي الأمانة، جدة. الرمز البريدي: 54321. البلد: المملكة العربية السعودية. اسم المستشفى: مستشفى النور. اسم الطبيب: د. أميرة أحمد. تفاصيل الحالة: المريضة ليلى حسن، البالغة من العمر 35 عامًا، تعاني من مرض الربو المزمن. تشكو من ضيق التنفس والسعال المتكرر والشهيق الشديد. تم تشخيصها بمرض الربو بناءً على تاريخها الطبي واختبارات وظائف الرئة. الخطة: تم وصف مضادات الالتهاب غير الستيرويدية والموسعات القصبية لتحسين التنفس وتقليل التهيج. يجب على المريضة حمل معها جهاز الاستنشاق في حالة حدوث نوبة ربو حادة. يتعين على المريضة تجنب التحسس من العوامل المسببة للربو، مثل الدخان والغبار والحيوانات الأليفة. يجب مراقبة وظائف الرئة بانتظام ومتابعة التعليمات الطبية المتعلقة بمرض الربو. تعليم المريضة بشأن كيفية استخدام جهاز الاستنشاق بشكل صحيح وتقنيات التنفس الصحيح.
"
val result = pipeline.fullAnnotate(text)
```
</div>
## Results
```bash
+---------------+----------------------+
|chunks |entities |
+---------------+----------------------+
|16 أبريل 2000 |DATE |
|ليلى حسن |NAME |
|789، |LOCATION |
|الأمانة، جدة |LOCATION |
|54321 |LOCATION |
|المملكة العربية |LOCATION |
|السعودية |LOCATION |
|مستشفى النور |LOCATION |
|أميرة أحمد |NAME |
|ليلى |NAME |
+---------------+---------------------+
```
{:.model-param}
## Model Information
{:.table-model}
|---|---|
|Model Name:|ner_deid_generic_pipeline|
|Type:|pipeline|
|Compatibility:|Healthcare NLP 4.4.1+|
|License:|Licensed|
|Edition:|Official|
|Language:|ar|
|Size:|1.2 GB|
## Included Models
- DocumentAssembler
- SentenceDetectorDLModel
- TokenizerModel
- WordEmbeddingsModel
- MedicalNerModel
- NerConverter

0 comments on commit a044ab7

Please sign in to comment.