pip install -r requirements.txt 安装必要的库
-i 输入文件目录
-o 输出文件目录，无则默认在当前工作目录创建新目录
-m 模式：a为对所有个体进行IBD搜索，e为对特殊某些个体进行IBD搜索，其定义于文件137行。
eg:
python IBD_mapping.py -i C:\Users\Administrator\Desktop\LW论文\IBD\IBD\ceshi -m a
-i 输入文件目录
-o 输出文件目录，无则默认在当前工作目录创建新目录
-w window size 滑动窗口大小
-s step size 步幅大小，默认等于-w
eg：
python New_Cal_het.py -i "C:\Users\Administrator\Desktop\pycode\1" -o "C:\Users\Administrator\Desktop\pycode\new" -w 50000 -s 30000
-m 模式,有G、L、C三种模式。G 为 对GATK的数据进行处理，L 为 对Lumpy的数据进行处理，C 为分别处理后合并成新的文件。
-ig GATK文件路径
-il Lumpy文件路径
-o 可选参数，输出文件路径,如果无此参数，则自动在当前工作目录下新建文件夹储存得到的文件。
eg：
python3 GLprocessing.py -m G -ig /home/Lunwen/GatkDate
这条命令会对/home/Lunwen/GatkDate下的所有以.g.vcf结尾的文件进行处理，然后在当前工作目录下生成m-Gatk-DATA文件夹，内存储所有处理好的同名Gatk文件。
python3 GLprocessing.py -m L -il /home/Lunwen/LumpyDate -o /home/Lunwen/LumpyTest
这条命令会对/home/Lunwen/LumpyDate下的所有以.vcf结尾的文件进行处理，然后在/home/Lunwen/LumpyTest内存储所有处理好的同名Lumpy文件。
python3 GLprocessing.py -m C -ig /home/Lunwen/GatkDate -il /home/Lunwen/LumpyDate
这条命令会对/home/Lunwen/GatkDate下的所有以.g.vcf结尾的文件进行处理，在/home/Lunwen/LumpyDate中寻找同名的以.vcf结尾的文件然后分别处理后合并，在当前工作目录下生成m-GLconcat-DATA文件夹，内存储所有处理好的合并文件。
PS:
1.如果运行中提示列名无法对应的情况，可以更改添加源码开头的MATCH_DICT字典。
对.igv格式文件进行z转化
-i 文件路径
-o 可选参数，输出文件路径,如果无此参数，则自动在当前工作目录下新建文件夹储存得到的文件。
eg:
python3 FST_to_Z.py -i /home/Lunwen/FSTest
该命令会处理 /home/Lunwen/FSTest下的所有以.igv结尾的文件，然后存储在FSTest_DATE文件中。
生成用bcftool处理的sh脚本
-i 输入文件目录
-o 输出文件目录，无则默认在当前工作目录
-w window size 滑动窗口大小
-s step size 步幅大小，默认等于-w
eg:
python3 PSC_Build_sh.py -i /home/Lunwen -s 10000 -w 50000
该命令会检测所有/home/Lunwen目录下以.gz结尾的文件，并在当前工作目录生成sh脚本，并且在输出文件目录/当前工作目录新建类似Pool_VT4H_50000_10000的文件夹，以准备存放bcftools处理后的vcf文件。
计算所有vcf文件，并生成对应的文件
-i 输入文件目录
-o 输出文件目录，无则默认在当前工作目录
eg：
python3 PSC_Calculate.py -i /home/Lunwen/Calu
该命令会检测Calu下的所有目录，然后对每个文件夹计算平均纯合度，对应保存在Vcf_analysis文件下。Calu应具有如下结构
|--Calu
|--Pool_VT4H_50000_50000
|--1_50000.vcf
|--50001_100000.vcf
……
|--Pool_VT4H_50000_10000
……
该脚本可以执行.sh脚本，并给出命令执行情况
-i sh脚本路径
-t 线程数